马铃薯纺锤块茎类病毒结构变异对复制及转运功能的影响初探

发布时间：2022-01-14 01:10

　　马铃薯为世界第四大粮食作物,在种植过程中易受病毒感染。马铃薯纺锤茎块类病毒（Potato spindle tuber viroid,PSTVd）是一种严重危害马铃薯生产的类病毒,当前对PSTVd的生物学特性、检测技术、基因组预测序等研究已较成熟,但其复制、转运及致病机理尚不明晰。PSTVd基因组中包含27个茎环结构,其具体功能尚不明晰。基于病毒、类病毒结构简单、RNA分子较小的特殊性.利用病毒、类病毒进行RNA二级结构及功能研究是当前研究中的热点。本研究通过RT-PCR技术,获得了一个PSTVd分离物;并通过关闭PSTVd的部分茎环结构获得不同突变体,之后利用原位杂交技术、荧光定量PCR技术了解了关闭茎环结构对PSTVd转运与复制的影响;此外,也基于高通量测序技术分析了 PSTVd在烟草中的变异特点。主要研究内容如下:（1）以马铃薯块茎为实验材料,提取总RNA,通过RT-PCR扩增得到359bp特异性条带,后经过克隆、测序,显示此分离物与GenBank中其它PSTVd分离物的同源性为 96.5%-98.1%。（2）以烟草叶片为实验材料,利用纤维素酶和果胶酶制备的酶液避光酶解烟草叶片,再... 

【文章来源】：东北林业大学黑龙江省 211工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：73 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图２－１马铃薯总ＲＮＡ提取电泳结果??Ｍ：?ＤＬ２０００?Ｍａｒｋｅｒ，?１－２：不同马铃薯样品??

２?ＰＳＴＶｄ?的?ＲＴ－ＰＣＲ?检测??２．３．２?ＰＣＲ?检测??利用ＲＴ－ＰＣＲ技术，对马铃薯块茎中的ＰＳＴＶｄ进行检测，扩增出了预期３５９ｂｐ的??片段，如图２－２中Ａ所示。利用ＤＮＡ纯化试剂盒对ＰＣＲ产物进行了纯化，如图２－２中??Ｂ所示，去除ＰＣＲ产物中的蛋白质、无机盐、寡核苷酸及其他有机物，有利于后续测??序反应。??Ａ?Ｍ?１?２?ＮＴＣ?Ｂ?Ｍ?１?２?ＮＴＣ??＿??２０００ｂｐ—２０００ｂｐ—??１０００ｂｐ—１〇〇〇ｂｐ—??７５０ｂｐ—７５０ｂｐ—??５〇〇ｂｐ－＾｜．?ｒ??图２－２?ＰＳＴＶｄ?ＲＴ－ＰＣＲ产物电泳结果??图Ａ：纯化前的ＰＣＲ产物，图Ｂ：纯化后的ＰＣＲ产物。Ｍ：?ＤＬ２０００?Ｍａｒｋｅｒ，?１－２：马铃薯样品，??ＮＴＣ：对照??２．３．３?ＰＳＴＶｄ序列比对与分析??对纯化ＰＣＲ产物进行了测序，将测序得到的序列在ＮＣＢＩ上进行ＢＬＡＳＴ分析。??ＢＬＡＳＴ分析显示测序结果与ＧｅｎＢａｎｋ中其它ＰＳＴＶｄ分离物的同源性为９６．５％？９８．１％，??因此确定该序列为ＰＳＴＶｄ特异序列。与ＰＳＴＶｄ基因组全序列、ＰＳＴＶｄ美国地区分离物??序列进行了多序列比对，如图２－３所示，结果显示此分离物缺失部分起始片段，另有１７??个碱基发生变异，差异碱基主要集中在基因组两端。??构建系统发育树分析本研究分离物与其他分离物的关系，如图２－４所示。１３个不同??分离物分成两个亚组，分析显示本研究中的分离物与加拿大、美国地区分离物的亲缘关??系较近，与新西兰、伊朗、荷兰地区分离物亲缘关系较远。??－１３－??

图２－４?ＰＳＴＶｄ系统发育树??Ｐｏｔａｔｏ?ｓｐｉｎｄ］ｅ?ｔｕｂｅｒ?ｖｉｒｏｉｄ：本研究中获得的ＰＳＴＶｄ分离物??


本文编号：3587502