CCYV山东黄瓜分离物基因组结构特征及致病相关蛋白研究
发布时间：2022-01-14 07:06
黄瓜（Cucumis sativus）是我国重要的设施蔬菜作物之一,其营养价值丰富,经济价值较高,在丰富居民菜篮子、满足蔬菜周年供应、农村致富及农民增收中起着重要作用。但是近年来随着耕作模式的调整及环境的变化黄瓜上的病毒病呈现多发常发态势,给黄瓜作物安全生产造成了严重的困扰。瓜类褪绿黄化病毒（Cucurbit chlorotic yellows virus,CCYV）是一种侵染危害多种瓜类作物的粉虱传植物病毒,该病毒自2010年传入我国以来,给多个省市的甜瓜、西瓜、黄瓜等作物生产造成了严重的损失。2016年,我们在对山东寿光等地黄瓜上病毒病进行调查时发现当地黄瓜上出现一种叶片表现黄化植株伴有轻微矮缩的病害,为明确其中伴随的病毒种类,我们对田间采集病样进行了分子检测,结果从中检测到了瓜类褪绿黄化病毒,进一步的CP基因克隆及序列分析也证实了这一结果,这是该病毒在山东侵染黄瓜的首次报道,山东一方面是我国重要的蔬菜生产基地,CCYV的发生可能会给当地黄瓜生产造成严重的威胁,另一方面山东亦是全国重要的种苗基地,全国范围的种苗调运极有可能进一步加剧CCYV在更大范围的扩散蔓延,因此该病害在黄瓜上的...
【文章来源】：长江大学湖北省
【文章页数】：90 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
CCYV病毒基因组结构
2.2 结果与分析 2.2.1 病害田间症状 2016 年本研究在对山东省黄瓜病毒病进行调查时在寿光地区温室种植的黄瓜上发现一种叶片表现黄化症状的病害，该病害在当地发生已较为普遍，常规棚室的发病率多在 3%～10%，重发棚室发病率超过 30%。病株田间表现症状为叶片发黄和矮化等。叶片主要表现为脉间黄化，叶脉仍绿。早期症状主要发生在中下部叶片，与缺素症状非常接近，后期整株都会表现明显的黄化，同时植株会伴有矮化症状（图 2.2.1），对黄瓜的产量和品质有较大影响。
22得基因组序列，将获得的CCYV基因组序列与已公开的CCYV不同分离物及同属其它病毒的基因组序列进行分析，序列多重比对、同源性分析等除新增软件BioEdit之外，其余使用软件同2.1.13。进化树的可信度使用1000次自导复制验证[91]。3.2结果与分析3.2.1CCYV基因组克隆策略鉴于CCYV基因组包含RNA1和RNA2两条链：且每条链的长度都≥8kb，因此我们制定了分段克隆的策略：通过设计特异引物（8对），将两条链各分成4个片段分别进行扩增和克隆，相邻片段之间重叠部分序列（图3.2.1），确保后续序列组装的准确，从而获得整个基因组序列。图3.2.1本研究中使用的CCYV片段的克隆策略Fig.3.2.1ThecloningstrategyforCCYVfragmentsusedinthisresearch3.2.2CCYV基因组分段克隆基于制定的分段法克隆基因组序列策略，CCYV编码的两条RNA链（RNA1和RNA2），每条链设计四对特异性引物（表3.1.4），使用8对引物分别进行PCR克隆，均能得到与目的片段大小一致的特异性条带（图3.2.2），经两次扩增以获取浓度更高的目的片段，分别割胶回收目的条带，将回收产物与PMD18-T进行过夜连接，经转化、菌落PCR筛癣酶切验证等步骤，最终得到阳性克隆，经分析公司测定序列准确无误后，通过将每条链的序列进行拼接组装从而获得CCYV山东黄瓜分离物两条RNA链的全基因组序列信息。
【参考文献】：
期刊论文
[1]甜瓜褪绿黄化病毒病综合防控技术[J]. 马二磊,臧全宇,丁伟红,王毓洪,黄芸萍,应泉盛,张华峰. 中国瓜菜. 2019(02)
[2]黄瓜常见病害种类及其防治技术[J]. 史云国. 上海蔬菜. 2018(06)
[3]黄瓜绿斑驳花叶病毒CP基因克隆及亚细胞定位[J]. 范小燕,杨柳,季英华,任春梅,缪倩,韩玉春,章松柏,程兆榜,鲁红学. 江苏农业学报. 2018(02)
[4]北京、山东和广东黄瓜病毒检测[J]. 史利雪,张圣平,苗晗,薄凯亮,谢庆,王烨,顾兴芳. 中国蔬菜. 2018(04)
[5]间作芹菜和薄荷对设施辣椒烟粉虱的控制作用[J]. 陆海锋,石英跃,胡军明,衡森,张海波,陈学好,吴晓霞,周福才. 环境昆虫学报. 2017(04)
[6]广西三种甜瓜病毒分离物的分子检测与鉴定[J]. 杨世安,李战彪,秦碧霞,谢慧婷,崔丽贤,苏琴,邓铁军,蔡健和. 植物保护. 2017(03)
[7]重庆黄瓜病毒病病原分子鉴定及序列分析[J]. 熊艳,孙淼,王鹤冰,向华丰,陈新中,张洪成,青玲. 农业生物技术学报. 2017(04)
[8]瓜类褪绿黄化病毒新疆分离物基因组分析[J]. 彭斌,刘莉铭,刘珊珊,张以和,吉艳玲,吴洋,张学军,古勤生. 植物病理学报. 2017(06)
[9]瓜类褪绿黄化病毒（Cucurbit chlorotic yellows virus）在湖南省的首次报道及其流行动态研究[J]. 唐鑫,张德咏,李凡,燕飞,周序国,张友军,史晓斌,刘勇. 植物病理学报. 2017(04)
[10]吐鲁番首次发生甜瓜褪绿黄化病毒病[J]. 潘卫萍,张以和,吉艳玲. 蔬菜. 2017(02)
硕士论文
[1]广西西瓜甜瓜病毒种类及主要病毒遗传多样性研究[D]. 杨世安.广西大学 2017
[2]黄瓜枯萎病生防菌的筛选与鉴定及其生物有机肥的作用效果[D]. 马兴.甘肃农业大学 2017
[3]湖北省蔬菜病毒病田间调查及毒源种类鉴定[D]. 张艳超.华中农业大学 2015
[4]浙江省和江西省蔬菜病毒鉴定与变异研究[D]. 刘雪建.浙江大学 2015
[5]甜瓜褪绿黄化病病原的分子多样性分析及发生规律研究[D]. 刘珊珊.中国农业科学院 2013
[6]香蕉条斑病毒编码蛋白间的互作研究[D]. 林湛松.海南大学 2011
[7]应用酵母双杂交体系筛选FXR1P相互作用蛋白[D]. 孙春莉.南华大学 2006
本文编号：3588052
【文章来源】：长江大学湖北省
【文章页数】：90 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
CCYV病毒基因组结构
2.2 结果与分析 2.2.1 病害田间症状 2016 年本研究在对山东省黄瓜病毒病进行调查时在寿光地区温室种植的黄瓜上发现一种叶片表现黄化症状的病害，该病害在当地发生已较为普遍，常规棚室的发病率多在 3%～10%，重发棚室发病率超过 30%。病株田间表现症状为叶片发黄和矮化等。叶片主要表现为脉间黄化，叶脉仍绿。早期症状主要发生在中下部叶片，与缺素症状非常接近，后期整株都会表现明显的黄化，同时植株会伴有矮化症状（图 2.2.1），对黄瓜的产量和品质有较大影响。
22得基因组序列，将获得的CCYV基因组序列与已公开的CCYV不同分离物及同属其它病毒的基因组序列进行分析，序列多重比对、同源性分析等除新增软件BioEdit之外，其余使用软件同2.1.13。进化树的可信度使用1000次自导复制验证[91]。3.2结果与分析3.2.1CCYV基因组克隆策略鉴于CCYV基因组包含RNA1和RNA2两条链：且每条链的长度都≥8kb，因此我们制定了分段克隆的策略：通过设计特异引物（8对），将两条链各分成4个片段分别进行扩增和克隆，相邻片段之间重叠部分序列（图3.2.1），确保后续序列组装的准确，从而获得整个基因组序列。图3.2.1本研究中使用的CCYV片段的克隆策略Fig.3.2.1ThecloningstrategyforCCYVfragmentsusedinthisresearch3.2.2CCYV基因组分段克隆基于制定的分段法克隆基因组序列策略，CCYV编码的两条RNA链（RNA1和RNA2），每条链设计四对特异性引物（表3.1.4），使用8对引物分别进行PCR克隆，均能得到与目的片段大小一致的特异性条带（图3.2.2），经两次扩增以获取浓度更高的目的片段，分别割胶回收目的条带，将回收产物与PMD18-T进行过夜连接，经转化、菌落PCR筛癣酶切验证等步骤，最终得到阳性克隆，经分析公司测定序列准确无误后，通过将每条链的序列进行拼接组装从而获得CCYV山东黄瓜分离物两条RNA链的全基因组序列信息。
【参考文献】：
期刊论文
[1]甜瓜褪绿黄化病毒病综合防控技术[J]. 马二磊,臧全宇,丁伟红,王毓洪,黄芸萍,应泉盛,张华峰. 中国瓜菜. 2019(02)
[2]黄瓜常见病害种类及其防治技术[J]. 史云国. 上海蔬菜. 2018(06)
[3]黄瓜绿斑驳花叶病毒CP基因克隆及亚细胞定位[J]. 范小燕,杨柳,季英华,任春梅,缪倩,韩玉春,章松柏,程兆榜,鲁红学. 江苏农业学报. 2018(02)
[4]北京、山东和广东黄瓜病毒检测[J]. 史利雪,张圣平,苗晗,薄凯亮,谢庆,王烨,顾兴芳. 中国蔬菜. 2018(04)
[5]间作芹菜和薄荷对设施辣椒烟粉虱的控制作用[J]. 陆海锋,石英跃,胡军明,衡森,张海波,陈学好,吴晓霞,周福才. 环境昆虫学报. 2017(04)
[6]广西三种甜瓜病毒分离物的分子检测与鉴定[J]. 杨世安,李战彪,秦碧霞,谢慧婷,崔丽贤,苏琴,邓铁军,蔡健和. 植物保护. 2017(03)
[7]重庆黄瓜病毒病病原分子鉴定及序列分析[J]. 熊艳,孙淼,王鹤冰,向华丰,陈新中,张洪成,青玲. 农业生物技术学报. 2017(04)
[8]瓜类褪绿黄化病毒新疆分离物基因组分析[J]. 彭斌,刘莉铭,刘珊珊,张以和,吉艳玲,吴洋,张学军,古勤生. 植物病理学报. 2017(06)
[9]瓜类褪绿黄化病毒（Cucurbit chlorotic yellows virus）在湖南省的首次报道及其流行动态研究[J]. 唐鑫,张德咏,李凡,燕飞,周序国,张友军,史晓斌,刘勇. 植物病理学报. 2017(04)
[10]吐鲁番首次发生甜瓜褪绿黄化病毒病[J]. 潘卫萍,张以和,吉艳玲. 蔬菜. 2017(02)
硕士论文
[1]广西西瓜甜瓜病毒种类及主要病毒遗传多样性研究[D]. 杨世安.广西大学 2017
[2]黄瓜枯萎病生防菌的筛选与鉴定及其生物有机肥的作用效果[D]. 马兴.甘肃农业大学 2017
[3]湖北省蔬菜病毒病田间调查及毒源种类鉴定[D]. 张艳超.华中农业大学 2015
[4]浙江省和江西省蔬菜病毒鉴定与变异研究[D]. 刘雪建.浙江大学 2015
[5]甜瓜褪绿黄化病病原的分子多样性分析及发生规律研究[D]. 刘珊珊.中国农业科学院 2013
[6]香蕉条斑病毒编码蛋白间的互作研究[D]. 林湛松.海南大学 2011
[7]应用酵母双杂交体系筛选FXR1P相互作用蛋白[D]. 孙春莉.南华大学 2006
本文编号：3588052
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