高通量测序鉴定西瓜新病毒

发布时间：2022-07-19 15:07

　　西瓜是世界上重要的水果作物之一,而病毒病害的普遍发生严重影响其产量和品质,目前国内外有关西瓜新病毒的研究比较少。本研究对2015-2016年间采自于河南省开封市瓜田呈现典型病毒病症状的标样进行高通量测序,通过序列拼接和比对共鉴定出8种西瓜病毒,分别为5种已知病毒:西瓜花叶病毒（Watermelon mosaic virus,WMV）,小西葫芦黄花叶病毒（Zucchini yellow mosaic virus,ZYMV）,甜瓜蚜传黄化病毒（Melon aphid-borne yellows virus,MABYV）黄瓜绿斑驳花叶病毒（Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV）以及1种国内未报道过的西瓜隐潜病毒（Citrullus lanatus cryptic virus,CiLCV）;3种未知RNA病毒,分别暂命名为:西瓜皱叶病毒1号（Watermelon crinkle leaf virus 1,WCLV-1）,西瓜皱叶病毒2号（Watermelon crinkle leaf virus2,WCLV-2）和西瓜病毒A（Watermelon v... 

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【学位级别】：硕士

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摘要
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英文缩略表
第一章 引言
    1.1 植物病毒鉴定方法研究进展
        1.1.1 生物学检测法
        1.1.2 血清学方法
        1.1.3 电子显微镜检测法
        1.1.4 分子生物学方法
        1.1.5 高通量测序技术
    1.2 西瓜病毒病害研究进展
    1.3 研究目的和意义
    1.4 技术路线
第二章 西瓜标样的RNA-seq和sRNA-seq分析
    2.1 材料与方法
        2.1.1 样品采集
        2.1.2 试剂与仪器
        2.1.3 TRIzol法提取西瓜样品中的总RNA
        2.1.4 小RNA测序及转录组测序
        2.1.5 原始数据处理与分析
        2.1.6 RT-PCR检测及验证
    2.2 结果与分析
        2.2.1 高通量测序结果分析
        2.2.2 候选病原物的确定及RT-PCR验证
    2.3 小结与讨论
第三章 西瓜新病毒的分子鉴定及生物学研究
    3.1 材料与方法
        3.1.1 样品准备
        3.1.2 试剂及溶液配制
        3.1.3 仪器
        3.1.4 西瓜样品总RNA提取
        3.1.5 dsRNA提取
        3.1.6 RACE扩增全基因组
        3.1.7 病毒粒体形态观察
        3.1.8 生物学测定
        3.1.9 生物信息学分析
    3.2 结果与分析
        3.2.1 小RNA测序和转录组测序鉴定2种未知的西瓜负单链RNA病毒
        3.2.2 小RNA测序和转录组测序鉴定西瓜病毒A（WVA）
        3.2.3 小RNA测序鉴定西瓜隐潜病毒（CiLCV）
        3.2.4 田间样品多种病毒复合侵染分析
    3.3 小结与讨论
第四章 全文结论
参考文献
附录
致谢
作者简历



本文编号：3663641