丁香假单胞菌番茄变种DC3000肽脯酰异构酶1.6?晶体结构研究

发布时间：2022-10-23 19:57

　　本文的研究内容是利用结构生物学方法研究丁香假单胞菌番茄变种DC3000肽脯酰异构酶（PSPTO-PPIase）的晶体结构。通过生物信息学方法分析可知,PSPTO-PPIase作为肽脯酰异构酶（PPIase）超家族FKBP亚家族的一员,具有催化靶蛋白肽链中脯氨酸顺反构象转化的活性,并与FK506或者雷帕霉素这类免疫抑制剂具有相互作用。我们从丁香假单胞菌番茄变种DC3000基因组中克隆到PSPTO-PPIase基因,利用PHAT2表达载体在大肠杆菌中表达蛋白,通过亲和层析、离子交换和排阻色谱三步纯化方法获得纯度95%以上的PSPTO-PPIase蛋白,经过结晶筛选与晶体优化,最终利用X-射线晶体学方法解析了分辨率达1.6?的PSPTO-PPIase蛋白C端部分的三维结构。通过与同源蛋白三维结构的比较发现,PSPTO-PPIase蛋白C端部分尤其是疏水的活性中心区域,具有典型的FKBP结构域特征;生化实验也证实,PSPTO-PPIase可以结合FK506,解离常数是1.45uM,说明PSPTO-PPIase是FKBP家族的一员。PSPTO-PPIase C端结构域与同源蛋白具有最大结构差异的... 

【文章页数】：72 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
英文缩写一览表
前言
第一篇 文献综述
    第一章 PPIASE概述
        1.1 PPIASE简介
        1.2 PPIASE的催化原理
        1.3 PPIASE的分类、结构与功能
        1.4 丁香假单胞菌DC3000 PPIASE酶
    第二章 蛋白质晶体学概述
        2.1 蛋白质晶体学简介
        2.2 蛋白质结晶原理
        2.3 蛋白质结晶方法
        2.4 蛋白质晶体结构解析基本原理
第二篇 研究内容
    第一章 PSPTO-PPIASE重组表达载体构建和蛋白表达、纯化
        1.1 材料与方法
        1.2 方法
        1.3 结果与分析
        1.4 小结
    第二章 PSPTO-PPIASE蛋白的结晶与结构解析和修正
        2.1 PSPTO-PPIASE蛋白的结晶与数据收集
        2.2 PSPTO-PPIASE的结构解析与修正
        2.3 小结
    第三章 PSPTO-PPIASE蛋白的结构分析以及生化功能
        3.1 整体结构以及FKBP结构域活性中心的描述
        3.2 同源蛋白FKBP结构域的结构比较
        3.3 PSPTO-PPIASE和FK506的相互作用
        3.4 表面等离子共振仪检测PSPTO-PPIASE与FK506分子的相互作用
        3.5 小结
结论
讨论
文献
附录A 缓冲液配方及核酸胶、SDS-PAGE制备
附录B DNA凝胶回收试剂盒操作流程
附录C 质粒小提试剂盒操作流程
附录D PRE-CRYSTALLIZATION TEST使用流程
作者简介
致谢


【参考文献】：
期刊论文
[1]脊椎动物Cyclophilin A肽基脯氨酰顺反异构酶活性及遗传变异分析[J]. 任丽倩,刘薇,李文博,刘文军,孙蕾.  遗传. 2016(08)
[2]植物FKBP基因家族的结构及生物学功能[J]. 于彦丽,李艳娇,庞凯元,张发军,孙琦,李文才,孟昭东.  遗传. 2014(06)
[3]表面等离子共振技术在生物分子互作研究中的应用[J]. 王海明,钱凯先.  浙江大学学报(工学版). 2003(03)
[4]SPR生物传感器及其应用进展[J]. 程慧,黄朝峰,段子渊.  中国生物工程杂志. 2003(05)



本文编号：3697027