基于基因组重测序的银杏种群进化历史研究

发布时间：2021-10-08 13:27

　　正如达尔文所言,“活化石”物种提供了研究物种灭绝、竞争和适应性等进化生物学重要科学问题的绝佳机会。然而,几个世纪以来关于“活化石”是否为进化末端以及人类对“活化石”保存和复兴的作用等问题仍然是未解之谜。银杏（Ginkgo biloba L.）是最古老的“活化石”植物之一,为我们研究人类如何帮助物种传播和复兴提供了一个激动人心的例子。尽管银杏进化历史取得了诸多研究进展,但是仍有一系列问题有待解决,如是否存在更多“避难所”、“避难所”谱系形成的进化过程、种群响应更新世气候变化的动态历史、走出“避难所”和走出中国的历史等。这些问题的解决有助于“活化石”进化末端和人类辅助保育假说的探讨。本研究在课题组前期研究基础上,进一步对全球51个种群545棵银杏大树进行了基因组重测序（数据）和分析,ADMIXTURE遗传分组、邻接树（NJ）法、主成分分析（PCA）法及遗传多样性等分析确定了中国存在4个古老的遗传成分和3个“避难所”谱系（分别位于中国东部、西南部、南部）,并获得了物种分布模型（SDM）的支持。基于单个基因组的递次式对偶溯祖法（PSMC）分析和基于多个体基因组的统计模拟（Fastsimcoal... 

【文章来源】：浙江大学浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：91 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

银杏种群遗传结构（a）假定祖先数K=2–10的ADMIXTURE种群遗传结构分析，X轴标记为银杏种群，Y轴为模拟出的每个样本各假定祖先成分；（b）银杏种群地理分布图，饼图的半径对应种群大小，颜色表示假定祖先成分（对应a图中K=4的结果）

.1 基于叶绿体基因组数据构建的银杏国内 458 个体邻接树 颜色分别代表不同谱ig 4.1 Neighbor-joining (NJ) tree of 458 ginkgo samples from China based on plastodatasets. Colored labels represent individuals of different lineages.

33基于叶绿体基因组数据构建的银杏三个谱系（东部 南部和西南部谱系）297 个接树 颜色分别代表不同谱系 4.2 Neighbor-joining (NJ) tree of 458 ginkgo samples from three lineages (i.e., EAH and SWEST) based on plastome datasets. Colored labels represent individuals of lineages.

【参考文献】：
期刊论文
[1]从保护遗传学到保护基因组学[J]. 谭鑫鑫,李明.  安徽大学学报(自然科学版). 2018(06)
[2]从《物种起源》谈术语“活化石”的由来[J]. 孙启高.  地质论评. 2009(04)
[3]中国第四纪冰期数值年表初步划分[J]. 易朝路,崔之久,熊黑钢.  第四纪研究. 2005(05)
[4]孑遗植物银杏群体遗传多样性的ISSR分析[J]. 葛永奇,邱英雄,丁炳扬,傅承新.  生物多样性. 2003(04)
[5]活化石植物——亟待拯救、保护和研究[J]. 汤彦承,路安民,陈之端.  生物多样性. 1997(04)
[6]天目山银杏群体遗传变异的同工酶分析[J]. 吴俊元,陈品良,汤诗杰.  植物资源与环境. 1992(02)
[7]银杏的雌雄同株(初报)[J]. 李正理.  Journal of Integrative Plant Biology. 1957(03)

硕士论文
[1]银杏天目山“避难所”群体的小尺度遗传结构与基因流研究[D]. 谢春香.浙江大学 2014



本文编号：3424254