关联分析和连锁分析定位控制水稻有效穗数QTL
发布时间：2021-02-24 06:14
世界上有超过一般的人口以水稻为主食,日益增长的人口以及日趋严峻的水稻生产环境给进一步提高水稻单产带来挑战。水稻单产由三要素构成,包括单位面积有效穗数、每穗实粒数以及千粒重,而有效穗数是三要素中最基本的要素。实践证明理想株型育种结合杂交育种是实现水稻超高产育种的新途径,而水稻穗数是理想株型的重要组成部分之一。因此,定位控制水稻有效穗数QTL对水稻育种极为重要。本研究利用1090份水稻种质资源以及双亲衍生的次级分离群体,利用全基因组关联分析与连锁分析共同定位影响水稻有效穗数的QTL,主要研究结果如下:1.水稻种质资源的全基因组关联分析（GWAS）本研究以1090份遗传基础丰富的水稻种质资源为材料,2016年在三亚和深圳两个环境测定水稻有效穗数,利用4.8M的SNP进行有效穗数的GWAS分析,定位到6个QTL,分别位于第1、2、4、8染色体上。利用位于基因编码区的非同义突变显著SNP进行单倍型分析,最终,确定了位于第2、4染色体上的共2个QTL的6个候选基因。2.利用Lemont背景的近等基因系进行有效穗数主效QTL Qpn4的精细定位前人利用有效穗数较多的特青（TQ）导入有效穗数较少的Le...
【文章来源】：中国农业科学院北京市
【文章页数】：61 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
SNP在全基因组中的分布
图 2.2 1090 份材料的 PCA3D 图igure 2.2 PCA 3D plot of the first three principal components (PC) in 1090 accessio 分别代表了主成分分析中的前三个主成分，主成分 1，主成分 2，主成分 3，每个圆圈代表了蓝色圆圈代表着热带粳稻，橙色圆圈代表着温带粳稻，紫色圆圈代表着 AUS，绿色圆圈代表（Bas），黄色圆圈代表着混合性粳稻。component 1), PC2(principal component 2) and PC3 (principal component 3) representated tal component analysis (PCA). Each circle represents a sample. Among them, the red circle represeneng, the orange circle represented temperate Geng, purple circle represented AUS, the green circleented Bas, and the yellow circle represented Geng-adm.效穗数表型料在两个环境中均表现出了广泛的遗传变异（图 2.3，表 2.2）。
图 2.2 1090 份材料的 PCA3D 图re 2.2 PCA 3D plot of the first three principal components (PC) in 1090 accession别代表了主成分分析中的前三个主成分，主成分 1，主成分 2，主成分 3，每个圆圈代表了一圆圈代表着热带粳稻，橙色圆圈代表着温带粳稻，紫色圆圈代表着 AUS，绿色圆圈代表着as），黄色圆圈代表着混合性粳稻。ponent 1), PC2(principal component 2) and PC3 (principal component 3) representated theomponent analysis (PCA). Each circle represents a sample. Among them, the red circle represente, the orange circle represented temperate Geng, purple circle represented AUS, the green circle red Bas, and the yellow circle represented Geng-adm.数表型在两个环境中均表现出了广泛的遗传变异（图 2.3，表 2.2）。
【参考文献】：
期刊论文
[1]控制水稻叶形基因CLF1的图位克隆[J]. 邢豹,陈振华,张治国. 生物技术通报. 2017(09)
[2]Rice molecular markers and genetic mapping: Current status and prospects[J]. Ghulam Shabir,Kashif Aslam,Abdul Rehman Khan,Muhammad Shahid,Hamid Manzoor,Sibgha Noreen,Mueen Alam Khan,Muhammad Baber,Muhammad Sabar,Shahid Masood Shah,Muhammad Arif. Journal of Integrative Agriculture. 2017(09)
[3]水稻株型基因的研究现状及应用前景[J]. 蔡星星,张盛,王欢,吕锐玲,李兴华,周强. 分子植物育种. 2017(07)
[4]水稻穗长和有效穗数的QTL定位分析[J]. 刘颖,叶生鑫,彭强,张大双,吴健强,王际凤,黄培英,朱速松. 江苏农业科学. 2016(04)
[5]水稻功能基因组育种数据库（RFGB）:3K水稻SNP与InDel子数据库[J]. 郑天清,余泓,张洪亮,吴志超,王文生,太帅帅,迟璐,阮珏,韦朝春,石建新,高用明,傅彬英,周永力,赵秀琴,张帆,McNally Kenneth L.,李自超,张耕耘,李家洋,张大兵,徐建龙,黎志康. 科学通报. 2015(04)
[6]水稻分蘖特性及成穗规律研究进展[J]. 詹可,邹应斌. 作物研究. 2007(S1)
[7]基于QTL定位的水稻有效穗数杂种优势预测[J]. 赵彦宏,朱军,徐海明,杨剑,高用明,宋佑胜,石春海,邢永忠. 中国水稻科学. 2007(04)
[8]水稻分蘖相关性状的QTL定位与分析[J]. 梁永书,张启军,叶少平,刘明伟,殷得所,李平. 中国农学通报. 2005(12)
[9]高产水稻群体发展规律及其调控途径[J]. 黄峰伟. 中国稻米. 2005(05)
[10]秧田秧苗分蘖结构对水稻生长发育的影响[J]. 廖学群,隗溟,朱自均. 西南农业大学学报(自然科学版). 2005(01)
本文编号：3048922
【文章来源】：中国农业科学院北京市
【文章页数】：61 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
SNP在全基因组中的分布
图 2.2 1090 份材料的 PCA3D 图igure 2.2 PCA 3D plot of the first three principal components (PC) in 1090 accessio 分别代表了主成分分析中的前三个主成分，主成分 1，主成分 2，主成分 3，每个圆圈代表了蓝色圆圈代表着热带粳稻，橙色圆圈代表着温带粳稻，紫色圆圈代表着 AUS，绿色圆圈代表（Bas），黄色圆圈代表着混合性粳稻。component 1), PC2(principal component 2) and PC3 (principal component 3) representated tal component analysis (PCA). Each circle represents a sample. Among them, the red circle represeneng, the orange circle represented temperate Geng, purple circle represented AUS, the green circleented Bas, and the yellow circle represented Geng-adm.效穗数表型料在两个环境中均表现出了广泛的遗传变异（图 2.3，表 2.2）。
图 2.2 1090 份材料的 PCA3D 图re 2.2 PCA 3D plot of the first three principal components (PC) in 1090 accession别代表了主成分分析中的前三个主成分，主成分 1，主成分 2，主成分 3，每个圆圈代表了一圆圈代表着热带粳稻，橙色圆圈代表着温带粳稻，紫色圆圈代表着 AUS，绿色圆圈代表着as），黄色圆圈代表着混合性粳稻。ponent 1), PC2(principal component 2) and PC3 (principal component 3) representated theomponent analysis (PCA). Each circle represents a sample. Among them, the red circle represente, the orange circle represented temperate Geng, purple circle represented AUS, the green circle red Bas, and the yellow circle represented Geng-adm.数表型在两个环境中均表现出了广泛的遗传变异（图 2.3，表 2.2）。
【参考文献】：
期刊论文
[1]控制水稻叶形基因CLF1的图位克隆[J]. 邢豹,陈振华,张治国. 生物技术通报. 2017(09)
[2]Rice molecular markers and genetic mapping: Current status and prospects[J]. Ghulam Shabir,Kashif Aslam,Abdul Rehman Khan,Muhammad Shahid,Hamid Manzoor,Sibgha Noreen,Mueen Alam Khan,Muhammad Baber,Muhammad Sabar,Shahid Masood Shah,Muhammad Arif. Journal of Integrative Agriculture. 2017(09)
[3]水稻株型基因的研究现状及应用前景[J]. 蔡星星,张盛,王欢,吕锐玲,李兴华,周强. 分子植物育种. 2017(07)
[4]水稻穗长和有效穗数的QTL定位分析[J]. 刘颖,叶生鑫,彭强,张大双,吴健强,王际凤,黄培英,朱速松. 江苏农业科学. 2016(04)
[5]水稻功能基因组育种数据库（RFGB）:3K水稻SNP与InDel子数据库[J]. 郑天清,余泓,张洪亮,吴志超,王文生,太帅帅,迟璐,阮珏,韦朝春,石建新,高用明,傅彬英,周永力,赵秀琴,张帆,McNally Kenneth L.,李自超,张耕耘,李家洋,张大兵,徐建龙,黎志康. 科学通报. 2015(04)
[6]水稻分蘖特性及成穗规律研究进展[J]. 詹可,邹应斌. 作物研究. 2007(S1)
[7]基于QTL定位的水稻有效穗数杂种优势预测[J]. 赵彦宏,朱军,徐海明,杨剑,高用明,宋佑胜,石春海,邢永忠. 中国水稻科学. 2007(04)
[8]水稻分蘖相关性状的QTL定位与分析[J]. 梁永书,张启军,叶少平,刘明伟,殷得所,李平. 中国农学通报. 2005(12)
[9]高产水稻群体发展规律及其调控途径[J]. 黄峰伟. 中国稻米. 2005(05)
[10]秧田秧苗分蘖结构对水稻生长发育的影响[J]. 廖学群,隗溟,朱自均. 西南农业大学学报(自然科学版). 2005(01)
本文编号：3048922
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