基于转录组测序开发糜子SSR标记

发布时间：2021-02-28 06:08

　　【目的】以6份不同地理来源的糜子资源为试验材料,基于前期转录组测序获得的1 000对SSR引物,选出200对进行多态性检测,以期构建一批可以准确评估糜子种质遗传差异的分子标记。【方法】用Primer Premier5.0软件设计引物,改良CTAB法提取DNA,PCR扩增DNA和聚丙烯酰胺凝胶电泳筛选引物多态性;用PowerMarker3.25和PopGen 1.32计算遗传多样性参数。【结果】200对引物中97对呈单态性,80对呈多态性。单碱基序列重复引物有20对,10对具多态性,其重复基元是A（50%）和T（50%）。二碱基序列重复引物有36对,15对具多态性,其碱基重复类型有7种（AG最多,TC、GC和GA次之,CA、TA和AC最少）。三碱基序列重复引物有144对,55对具多态性,其碱基重复类型有24种（GGC、GCG和GCC最多,GAA、GCT和CGC等次之,ACC、AGG、CAG、CGT、AAG、AAC、TCG、CGA、ATT、CAA和CCA最少）。就引物分辨率（Rp）值而言,1—3碱基序列重复引物分别为0.67—4.67（平均2.07）、1.33—4.33（平均2.73）和0... 

【文章来源】：中国农业科学. 2020,53(10)北大核心

【文章页数】：10 页

【文章目录】：
0 引言
1 材料与方法
    1.1 试验材料
    1.2 试验方法
        1.2.1 引物设计
        1.2.2 DNA提取和PCR扩增
        1.2.3 聚丙烯酰胺凝胶电泳检测
    1.3 数据处理
2 结果
    2.1 DNA质量和浓度检测
    2.2 引物的开发
    2.3 引物筛选及分析
    2.4 80对引物基元的Rp值分析
    2.5 引物多态性及遗传参数分析
3 讨论
    3.1 SSR标记的多态率及开发率
    3.2 SSR的Rp值及遗传多样性衡量参数
    3.3 SSR的碱基组成
4 结论


【参考文献】：
期刊论文
[1]糜子EST-SSR分子标记的开发及种质资源遗传多样性分析[J]. 何杰丽,石甜甜,陈凌,王海岗,高志军,杨美红,王瑞云,乔治军.  植物学报. 2019(06)
[2]利用EST-SSR评估糜子资源遗传差异[J]. 石甜甜,何杰丽,高志军,陈凌,王海岗,乔治军,王瑞云.  中国农业科学. 2019(22)
[3]利用荧光SSR分析中国糜子的遗传多样性和群体遗传结构[J]. 寇淑君,霍阿红,付国庆,纪军建,王瑶,左振兴,刘敏轩,陆平.  中国农业科学. 2019(09)
[4]基于SSR标记的黍稷种质资源遗传多样性及亲缘关系研究[J]. 薛延桃,陆平,乔治军,刘敏轩,王瑞云.  中国农业科学. 2018(15)
[5]糜子特异性SSR标记的开发[J]. 王璐琳,王瑞云,何杰丽,薛延桃,陈凌,王海岗,乔治军.  山西农业科学. 2018(01)
[6]Production and genetic improvement of minor cereals in China[J]. Xianmin Diao.  The Crop Journal. 2017(02)
[7]利用荧光SSR分析中国糜子遗传多样性[J]. 王瑞云,季煦,陆平,刘敏轩,许月,王纶,王海岗,乔治军.  作物学报. 2017(04)
[8]利用SSR分子标记研究国内外黍稷地方品种和野生资源的遗传多样性[J]. 连帅,陆平,乔治军,张琦,张茜,刘敏轩,王瑞云.  中国农业科学. 2016(17)
[9]糜子骨干种质遗传多样性和遗传结构分析[J]. 董俊丽,王海岗,陈凌,王君杰,曹晓宁,王纶,乔治军.  中国农业科学. 2015(16)
[10]构建黍稷分子遗传图谱SSR引物的筛选[J]. 王银月,刘敏轩,陆平,乔治军,杨天育,李海,崔喜艳.  作物杂志. 2014(04)

硕士论文
[1]青篱柴转录组高通量测序分析及SSR分子标记的开发[D]. 黄建敏.贵州师范大学 2018
[2]基于怀山药转录组测序的SSR分子标记的开发与应用[D]. 张文芳.河南师范大学 2018
[3]利用高基元SSR分析中国糜子资源的遗传多样性[D]. 刘笑瑜.山西农业大学 2017



本文编号：3055441