基于SNP芯片的云南玉米自交系遗传多样性和群体遗传结构分析

发布时间：2021-04-14 04:32

　　【目的】对107个云南玉米自交系进行遗传多样性和群体遗传结构分析,为云南省玉米种质创新、遗传改良、品种管理等提供理论依据,也为今后深入挖掘优良性状相关基因打下基础。【方法】以云南当地推广的107个优良玉米自交系为供试材料,以45个我国常用玉米骨干自交系作为杂种优势群划分的参照,在Axiom^?Maize56K SNP Array平台上利用玉米SNP芯片（56K）进行玉米全基因组扫描,并使用Treebest的NJ-tree模型构建系统发育进化树,利用GCTA（全基因组复杂性状分析）工具进行主成分分析,揭示其遗传多样性与群体遗传结构。【结果】从107个云南玉米自交系中检出5533个均匀分布的高质量SNP分子标记位点。基于这些SNP分子标记位点分析结果可知,107个云南玉米自交系的Nei’s基因多样性指数（H）为0.2981～0.5000,平均为0.4832;多态信息含量（PIC）为0.2536～0.3750,平均为0.3662;最小等位基因频率为0.5000～0.8178,平均为0.5744。群体遗传结构分析结果显示,K=6时△K最大即供试自交系可划分为六大类群,分别为... 

【文章来源】：南方农业学报. 2020,51(09)北大核心CSCD

【文章页数】：8 页

【部分图文】：

107个云南玉米自交系的群体遗传结构分析结果

△K的变化曲线

基于个体基因型SNP，使用主成分分析方法将不同基因型品种聚类成不同亚群，以明确107个云南玉米自交系的遗传结构。主成分分析图的前三个维度能解释所有材料变异情况，也是遗传变异最多的3个维度（Yang et al.,2011）。本研究分别将维度1v2、1v3和2v3提取出来制成二维图，结果发现PCA1v2最能代表所有材料的遗传变异，PCA1v3和PCA2v3次之。由图4可知，107个云南玉米自交系与45个我国常用玉米骨干自交系能明显区分，大部分云南玉米自交系集中在我国常用玉米骨干自交系附近，但有少数云南玉米自交系与我国常用玉米骨干自交系距离较远，其中，与欧洲母本血缘、欧洲父本血缘1和欧洲父本血缘2等3个杂种优势群距离相对较近的自交系极少，还有部分自交系与10个杂种优势群距离均较远，未与我国常用玉米骨干自交系归为一类，与群体遗传结构和系统发育进化树分析结果相似。3 讨论

【参考文献】：
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本文编号：3136665