基于RNA二级结构的玉米IncRNA识别算法研究

发布时间：2021-04-26 19:21

　　长链非编码RNA（lncRNA）是细胞内潜在的一类功能性RNA分子,其长度大于200个核苷酸,位于细胞质或者细胞核内,没有过长的开放阅读框（ORF）,同时也没有编码蛋白质的能力,却在基因印记、基因表达、招募染色质修饰物、调节染色体失活等生物活动中起着重要的作用。近年来,人们在人和动物基因组中发现大量的lncRNA,但是在植物中进展却相对较少。lncRNA识别是研究其分类、功能和作用机制的基础,因此,研究有效的lncRNA识别算法具有重要意义。目前缺少有效的lncRNA识别算法,导致植物中发现的lncRNA较少而影响植物lncRNA研究进展。目前已有的识别算法主要存在假阳性问题。本文通过引入二级结构特征可以有效减少假阳性结果的产生。为引入二级结构特征,本文首先需要预测lncRNA二级结构,然而目前的二级结构预测局限于序列整体结构的准确性,忽略局部结构保守的功能组件,不适用于长序列的预测需求。为满足lncRNA二级结构预测的需求,本文提出lncRNA分段二级结构预测方法,对获得的二级结构进行统计分析,提取二级结构特征。由于玉米是重要的粮食作物和工业原料,因此本文以玉米为例,挖掘lncRNA... 

【文章来源】：吉林大学吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：57 页

【学位级别】：硕士

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摘要
Abstract
第1章 绪论
    1.1 研究背景
    1.2 研究意义
    1.3 国内外研究现状
    1.4 论文整体结构
第2章 lncRNA相关研究
    2.1 lncRNA形成方式
    2.2 lncRNA分类与作用机制
    2.3 lncRNA结构分类与比较算法研究
    2.4 本章小结
第3章 玉米lncRNA二级结构特征识别
    3.1 RNA二级结构及表示方法
    3.2 RNA二级结构预测算法
    3.3 lncRNA二级结构预测算法
    3.4 玉米lncRNA结构特征识别
    3.5 本章小结
第4章 玉米lncRNA识别建模
    4.1 lncRNA识别模型总体设计
    4.2 lncRNA序列特征和结构特征
    4.3 长链非编码RNA识别算法
        4.3.1 环境搭建与数据收集
        4.3.2 基于序列长度和CPC的筛选
        4.3.3 基于开放阅读框的序列筛选
        4.3.4 基于与已知蛋白同源性的筛选
        4.3.5 基于和小RNA序列比对的筛选
        4.3.6 基于二级结构特征的筛选
    4.4 结果验证及分析
    4.5 本章小结
第5章 总结与展望
参考文献
致谢



本文编号：3161975