粳稻苗期耐碱性全基因组关联分析及候选基因挖掘

发布时间：2021-06-06 05:54

　　盐碱胁迫是世界范围内限制粮食生产的主要环境因素之一。水稻作为世界上最重要的粮食作物之一,其种植面积是国家粮食安全的重要保证。但由于盐碱土壤的不断恶化,耕地面积的逐年减少,水稻的生长和产量已经受到了严重的影响。因此,研究水稻的耐盐碱性、培育耐盐碱水稻品种对提高盐碱土地的利用率、确保我国水稻稳定生产都具有重要的现实意义。盐碱土壤中,以NaHC03和Na2C03为主要成分的碱性盐胁迫（简称碱胁迫）对植物造成的伤害要比以NaCl和Na2S04为主要成分的中性盐胁迫（简称盐胁迫）更加严重。目前为止,关于水稻耐碱性基因的挖掘与利用明显落后于盐胁迫研究,且多数研究还处于QTL初定位阶段。本研究对295个粳稻品种组成的自然群体进行了平均测序深度为14.62×的重测序基因分型,在最小等位基因频率（MAF）≥5%和缺失率（Missing data）20%的前提下,共计获得了 788,396个高质量的群体SNP。利用全基因组关联分析的方法,对苗期的碱害级别、地上部Na+浓度、地上部K+浓度、地上部Na+/K+、根部Na+浓度、根部K+浓度、根部Na+/K+、相对地上部鲜重、相对地上部干重、相对根部鲜重、相对... 

【文章来源】：东北农业大学黑龙江省 211工程院校

【文章页数】：126 页

【学位级别】：博士

【部分图文】：

图１－３技术路线图??Ｆｉｇｕｒｅ?１－３?Ｔｈｅ?ｔｅｃｈｎｉｃａｌ?ｒｏｕｔｅ??１７??

图３－ｌｂ耐碱相关性状在粳稻群体中的频率分布??Ｆｉｇｕｒｅ?３－ｌｂ?Ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ?ｏｆ?

群体ＳＮＰ?ｃａｌｌｉｎｇ总计获得３４３．８万个非冗佘ＳＮＰ。以最小等位基因频率（ＭＩＦ）?２?５％，??缺失率（ｍｉｓｓｉｎｇｄａｔａ）?￡?２０％为标准过滤后，总计获得了?７８８，３９６个高质量ＳＮＰ标记用于后??续分析。这些标记可以比较均匀的覆盖在水稻１２条染色体上（图３－２）。其中，第６染色体??上分布的ＳＮＰ标记数最多（９６，３７７个），平均每Ｍｂ范围内有３，１０９个ＳＮＰ标记。第３号染??色体分布的标记数最少（３９，４５４个），平均每Ｍｂ范围内有ｌ，０６６?个ＳＮＰ标记（表３－３）。??５Ｍｂ?１?热ｆｔ）?１４Ｍｂ?１９Ｍｂ?２４Ｍｂ?２９Ｍｂ?３４Ｍｔ＞?３８Ｍｂ?４３Ｍｂ??加■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■??加―——＾——??⑶?ｌＢ８ＢｉＢＢｉＢＢｉｉｉＢＢＩＩｉＢｉＢＢｉｉＢＢｉｉｉｉＢＢＩＭＩｉｌｌ?＿９２４??－?＿?Ｍｌｍ??ｃｆｓ，°?（４６２０??Ｅｌ?ＩＳＴｓ??．．ｒ－?＾?：＜?＇－ｈｍ?＊：７３９２??图３－２本研究所用ＳＮＰ在染色体上的分布??Ｆｉｇｕｒｅ?３－２?Ｔｈｅ?ｃｈｒｏｍｏｓｏｍａｌ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ?ｏｆ?ｔｈｅ?ＳＮＰｓ?ｕｓｅｄ?ｆｏｒ?ＧＷＡＳ?ｉｎ?ｔｈｉｓ?ｓｔｕｄｙ??３３??

【参考文献】：
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本文编号：3213749