超级稻内2优6号产量性状QTL的定位

发布时间：2021-06-28 12:57

　　水稻是世界上最重要的粮食作物之一,对高产品种产量性状的解析在保证粮食安全上有重要意义。水稻产量三要素为有效穗数、每穗粒数和千粒重。内2优6号是一个高产优质的三系超级籼稻品种,本研究利用其亲本内2B（Nei2B）和中恢8006（R8006）创新性地构建了重组自交姊妹系群体,随后利用全基因组重测序技术构建高密度遗传图谱并对产量性状QTL进行定位以及验证,所得主要结果如下:1、构建来源于杂交稻亲本内2B/R8006的重组自交姊妹系,自F₇代一个家系从中挑选2个单株继续自交至F₁₅代完全无分离为止。在F₁₅从重组自交姊妹系中选取386个单株进行全基因组重测序。一共获得了1.05T的数据。双亲内2B和R8006平均测序深度分别为60.48-fold和79.38-fold。386个重组自交姊妹系的平均测序深度是8.10-fold,一共比对到4983203个SNP和1232964个InDel位点。过滤偏分离及覆盖度低于75%的标记,一共得到了3203个有效Bin标记,包含902969个SNP标记。最终得到遗传图谱的总图距为1951.1... 

【文章来源】：中国农业科学院北京市

【文章页数】：82 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

重组自交姊妹系群体的构建Fig.2-1Theconstructionprocessofrecombinantsisterinbredlines

中国农业科学院硕士学位论文第二章内2优6号高密度遗传图谱的构建14图2-2亲本测序深度分布图Fig.2-2Parentalsequencingdepthmap(a-b)是测序深度分布，横坐标表示单碱基测序深度，纵坐标表示特定深度的碱基数占比，单碱基深度符合正态分布。（c-d）是测序深度累积分布，横坐标表示单碱基累积测序深度，纵坐标表示特定累积深度的碱基占总数的百分比。(a-b)Thesequencingdepthdistribution.Theabscissaindicatesthesequencingdepthofasinglebase.Theordinateindicatestheproportionofbasesataspecificdepth.Thesinglebasedepthconformstothenormaldistribution.(c-d)Thecumulativedistributionofsequencingdepth.Theabscissareprentssinglebasecumulativesequencingdepth,theordinaterepresentsthepercentageofthetotalcumulativebasesataspecificcumulativedepth.2.2.2基因组变异分析2.2.2.1亲本间变异分析亲本内2B和R8006的测序数据分别同R498（蜀恢498，http://www.mbkbase.org/R498/）参考基因组做比对，内2B和R498之间一共有1140658个SNP，其中有34853个同义替换的SNP（占3.06%），有46692个非同义替换的SNP（占4.09%）。R8006和R498之间一共有816386个SNP，其中同义替换的位点25698个，非同义替换的有33261个，分别占3.15%和4.07%（表2-3）。对于InDel变异，内2B和R498之间有270741个InDel突变，4.09%的位于基因的外显子上，6739个造成移码突变；R8006和R498之间有203676个InDel变异，3.93%位于外显子上，5109个造成移码突变。经过比对内2B同R8006基因组差异，筛选出来内2B和R8006之间的可靠SNP有1589836个，同义替换的占3.11%，非同义替换的占4.13%，位于外显子的SNP占总数的7.37%，在5′UTR和3′UTR的分别有48255和24151。内2B和R8006之间

中国农业科学院硕士学位论文第二章内2优6号高密度遗传图谱的构建16表2-4重组自交姊妹系群体SNP和InDel位点统计Table2-4SNPandInDelamongRISLpopulationChr.SNPInDelChr1459897122502Chr2489811122492Chr3461353109393Chr4480919113804Chr535304084490Chr635640994217Chr742216797720Chr8407525101806Chr933956578558Chr1030406373266Chr11530876131992Chr12377578102724Total49832031232964图2-3SNP在全基因组中的分布Fig.2-3DistributionofSNPmarkersonchromosomes注：横坐标表示物理距离，纵坐标表示染色体；不同颜色表示SNP密度。Annotation:Thehorizontalaxisrepresentsthephysicaldistance,andtheverticalaxisrepresentsthechromosome;DifferentcolorsindicateSNPdensity.

【参考文献】：
期刊论文
[1]日本晴/中嘉早17重组自交系产量性状QTL定位[J]. 张应洲,罗荣剑,圣忠华,焦桂爱,唐绍清,胡培松,魏祥进.  中国农业科学. 2017(19)
[2]水稻穗粒数遗传基础研究进展[J]. 郭泽西,马海燕,马亚飞,袁雪.  天津农业科学. 2017(07)
[3]水稻穗长和有效穗数的QTL定位分析[J]. 刘颖,叶生鑫,彭强,张大双,吴健强,王际凤,黄培英,朱速松.  江苏农业科学. 2016(04)
[4]超级杂交稻两优培九产量杂种优势标记与QTL分析[J]. 辛业芸,袁隆平.  中国农业科学. 2014(14)
[5]全球水稻生产现状与制约因素分析[J]. 朱德峰,程式华,张玉屏,林贤青,陈惠哲.  中国农业科学. 2010(03)
[6]提高水稻成穗率的化学调控技术研究[J]. 张祖德.  福建稻麦科技. 2006(02)
[7]插秧量与行距配置对水稻分蘖及穗重的影响[J]. 王建林,徐正进.  沈阳农业大学学报. 2003(06)
[8]水稻株高、抽穗期和有效穗数的QTL与环境的互作分析[J]. 袁爱平,曹立勇,庄杰云,李润植,郑康乐,朱军,程式华.  遗传学报. 2003(10)
[9]水稻分蘖的分子机理研究[J]. 李学勇,钱前,李家洋.  中国科学院院刊. 2003(04)
[10]水稻单株有效穗数和每穗粒数的QTL剖析[J]. 徐建龙,薛庆中,罗利军,黎志康.  遗传学报. 2001(08)

博士论文
[1]水稻每穗颖花数的遗传基础剖析及其主效QTLs精细定位[D]. 刘头明.华中农业大学 2009
[2]分子标记遗传图谱构建和稻米品质性状的遗传分析[D]. 王令强.华中农业大学 2007



本文编号：3254363