EST-SNP分子标记技术在茶和咖啡中的开发与应用
发布时间：2021-07-03 17:54
基于表达序列标签（Expressed Sequence Tags,EST）开发的单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphism,SNP）EST-SNP分子标记,具有数量丰富、多态性高、适合于高通量分析等优点,不仅可用于种质资源遗传多样性评价、构建遗传图谱、品种选育、进化和种群多样性等研究,且EST-SNP直接与功能基因相关,可为遗传性状功能解析和功能基因克隆提供了便利。茶[Caimellia snensis（L.）O Kuntze]是世界三大无酒精饮料之一,也是我国重要的经济作物。饮料植物咖啡（CoffeaL.）在热带和亚热带亚洲、非洲和拉丁美洲国家大量种植,咖啡目前也是全球最广泛消费的无酒精饮料之一,代表着全球数十亿美元的产业。本论文主要利用EST-SNP分子标记技术,以两大饮料植物茶和咖啡为研究对象,进行了相应物种SNP分子标记的开发与应用研究,取得的成果如下:1.利用NCBI中茶树EST和核苷酸序列数据,开发了 1786个候选SNP位点,筛选出96个SNP标记;并用中国40个茶树品种对其进行验证。基于验证结果,筛选出具有多态性的60个SNP标记。最后...
【文章来源】：南京农业大学江苏省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：122 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
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【参考文献】：
期刊论文
[1]茶树良种场不同品种的SSR鉴定研究[J]. 姜燕华,张成才,成浩. 茶叶学报. 2016(03)
[2]Identification of the varietal origin of processed loose-leaf tea based on analysis of a single leaf by SNP nanofluidic array[J]. Wanping Fang,Lyndel W.Meinhardt,Huawei Tan,Lin Zhou,Sue Mischke,Xinghua Wang,Dapeng Zhang. The Crop Journal. 2016(04)
[3]咖啡种质资源多样性研究[J]. 周华,张洪波,夏红云,杨积忠,郭铁英,李锦红,白学慧. 中国热带农业. 2015(05)
[4]SNP检测方法的研究进展[J]. 许家磊,王宇,后猛,李强. 分子植物育种. 2015(02)
[5]利用RAPD标记分析咖啡种质资源的遗传多样性[J]. 黄丽芳,董云萍,王晓阳,陈鹏,林兴军,范睿,闫林. 热带作物学报. 2014(12)
[6]利用SSR分子标记快速鉴别中粒种与小粒种咖啡[J]. 王晓阳,董云萍,黄丽芳,闫林,周华,陈金焕,孙燕,林兴军. 热带作物学报. 2014(04)
[7]菊花EST-SNP的发掘与特征分析[J]. 万志兵,王言言,陈黎. 东北林业大学学报. 2013(05)
[8]EST-SSR分子标记在茶树品种鉴别中的应用[J]. 张毅,胡定金. 湖北农业科学. 2012(23)
[9]基于EST数据库进行SNP分子标记开发的研究进展及在猕猴桃属植物中的应用研究[J]. 周锦,刘义飞,黄宏文. 热带亚热带植物学报. 2011(02)
[10]应用AFLP技术鉴别不同地区的普洱茶晒青毛茶[J]. 季鹏章,吕才有,梁名志,张俊,黄兴奇. 食品科学. 2010(24)
硕士论文
[1]茶树SSR分子标记开发及遗传连锁图谱构建[D]. 谭礼强.四川农业大学 2013
[2]茶树SNP标记的开发与应用[D]. 张成才.中国农业科学院 2012
[3]葡萄EST-SNP标记的开发及应用[D]. 李猛.河南科技大学 2012
[4]14个茶树新品种在杭州的适应性及EST-SSR分子指纹图谱建立[D]. 章志芳.中国农业科学院 2011
[5]利用SSR标记研究我国茶树无性系品种的遗传多样性和亲缘关系[D]. 段云裳.南京农业大学 2009
[6]绿茶在贮藏过程中品质变化规律及影响因素研究[D]. 崔峰.浙江大学 2008
本文编号：3263070
【文章来源】：南京农业大学江苏省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：122 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
图２－３?４０个茶树种质资源基于模型的遗传结构图??Ｆｉｇｕｒｅ?２－３?Ｍｏｄｅｌ－ｂａｓｅｄ?ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ?ｏｆ?４０?Ｃｈｉｎｅｓｅ?ｔｅａ?ａｃｃｅｓｓｉｏｎｓ?ｖａｒｉｅｔｉｅｓ??
?ＥＳＴ－ＳＮＰ分子标记技术在茶和咖啡中的开发与应用???图４－１加工福建白茶的形态特征??（品种ａ?“白毫银针”，ｂ?“白牡丹”，ｃ?“贡眉”和ｄ?“寿眉”）??Ｆｉｇｕｒｅ?４－１?Ｍｏｒｐｈｏｌｏｇｉｃａｌ?ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ?ｏｆ?ｐｒｏｃｅｓｓｅｄ?Ｆｕｊｉａｎ?Ｗｈｉｔｅ?Ｔｅａ??（ｖａｒｉｅｔｙ?（ａ）?Ｓｉｌｖｅｒ?Ｎｅｅｄｌｅ，?（ｂ）?Ｗｈｉｔｅ?Ｐｅｏｎｙ，?（ｃ）Ｇｏｎｇｍｅｉ?ａｎｄ?（ｄ）Ｓｈｏｕｍｅｉ）??ｆ?■??图４－２新鲜福建白茶的形态特征??（品种Ａ?“福鼎大白”，Ｂ?“福鼎大毫”，Ｃ?“福云６号”和Ｄ?“福安大白”）??Ｆｉｇｕｒｅ?４－２?Ｍｏｒｐｈｏｌｏｇｉｃａｌ?ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ?ｏｆ?ｆｒｅｓｈ?Ｆｕｊｉａｎ?Ｗｈｉｔｅ?Ｔｅａ??（ｖａｒｉｅｔｙ?（Ａ）Ｆｕｄｉｎｇ?Ｄａｉｂａｉ，?（Ｂ）Ｆｕｄｉｎｇ?Ｄａｈａｏ，（Ｃ）Ｆｕｙｉｉｎ６?ａｎｄ?（Ｄ）Ｆｕａｎ?Ｄａｂａｉ＇）??４．２．２具有多态性的ＳＮＰ标记的筛选??筛选出的１９２个ＳＮＰ标记中，有１６６个（８６．５％）成功应用于基因分型。剩余??２６个失败的ＳＮＰ标记可能是由于序列的复杂性或侧翼序列多态性引起。然而，在??１６６个ＳＮＰ标记中有３５个在１２５个ＤＮＡ样品中表现出单态性存在（在所有材料中??仅鉴定出一个ＳＮＰ）；有３５个标记在扩增中有高于５％的缺失。因此，在后续数据??分析不包括这些标记。经过验证后，总共有９６个稳定的具有多态性的ＳＮＰ标记（图??４－３）被用于后续分析。侧翼序列和９６个具有多态性ＳＮＰ标记信息见表４－３，ＳＮＰ??标记对应的侧翼序列信息见附录１。??５４
?ＥＳＴ－ＳＮＰ分子标记技术在茶和咖啡中的开发与应用???图４－１加工福建白茶的形态特征??（品种ａ?“白毫银针”，ｂ?“白牡丹”，ｃ?“贡眉”和ｄ?“寿眉”）??Ｆｉｇｕｒｅ?４－１?Ｍｏｒｐｈｏｌｏｇｉｃａｌ?ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ?ｏｆ?ｐｒｏｃｅｓｓｅｄ?Ｆｕｊｉａｎ?Ｗｈｉｔｅ?Ｔｅａ??（ｖａｒｉｅｔｙ?（ａ）?Ｓｉｌｖｅｒ?Ｎｅｅｄｌｅ，?（ｂ）?Ｗｈｉｔｅ?Ｐｅｏｎｙ，?（ｃ）Ｇｏｎｇｍｅｉ?ａｎｄ?（ｄ）Ｓｈｏｕｍｅｉ）??ｆ?■??图４－２新鲜福建白茶的形态特征??（品种Ａ?“福鼎大白”，Ｂ?“福鼎大毫”，Ｃ?“福云６号”和Ｄ?“福安大白”）??Ｆｉｇｕｒｅ?４－２?Ｍｏｒｐｈｏｌｏｇｉｃａｌ?ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ?ｏｆ?ｆｒｅｓｈ?Ｆｕｊｉａｎ?Ｗｈｉｔｅ?Ｔｅａ??（ｖａｒｉｅｔｙ?（Ａ）Ｆｕｄｉｎｇ?Ｄａｉｂａｉ，?（Ｂ）Ｆｕｄｉｎｇ?Ｄａｈａｏ，（Ｃ）Ｆｕｙｉｉｎ６?ａｎｄ?（Ｄ）Ｆｕａｎ?Ｄａｂａｉ＇）??４．２．２具有多态性的ＳＮＰ标记的筛选??筛选出的１９２个ＳＮＰ标记中，有１６６个（８６．５％）成功应用于基因分型。剩余??２６个失败的ＳＮＰ标记可能是由于序列的复杂性或侧翼序列多态性引起。然而，在??１６６个ＳＮＰ标记中有３５个在１２５个ＤＮＡ样品中表现出单态性存在（在所有材料中??仅鉴定出一个ＳＮＰ）；有３５个标记在扩增中有高于５％的缺失。因此，在后续数据??分析不包括这些标记。经过验证后，总共有９６个稳定的具有多态性的ＳＮＰ标记（图??４－３）被用于后续分析。侧翼序列和９６个具有多态性ＳＮＰ标记信息见表４－３，ＳＮＰ??标记对应的侧翼序列信息见附录１。??５４
【参考文献】：
期刊论文
[1]茶树良种场不同品种的SSR鉴定研究[J]. 姜燕华,张成才,成浩. 茶叶学报. 2016(03)
[2]Identification of the varietal origin of processed loose-leaf tea based on analysis of a single leaf by SNP nanofluidic array[J]. Wanping Fang,Lyndel W.Meinhardt,Huawei Tan,Lin Zhou,Sue Mischke,Xinghua Wang,Dapeng Zhang. The Crop Journal. 2016(04)
[3]咖啡种质资源多样性研究[J]. 周华,张洪波,夏红云,杨积忠,郭铁英,李锦红,白学慧. 中国热带农业. 2015(05)
[4]SNP检测方法的研究进展[J]. 许家磊,王宇,后猛,李强. 分子植物育种. 2015(02)
[5]利用RAPD标记分析咖啡种质资源的遗传多样性[J]. 黄丽芳,董云萍,王晓阳,陈鹏,林兴军,范睿,闫林. 热带作物学报. 2014(12)
[6]利用SSR分子标记快速鉴别中粒种与小粒种咖啡[J]. 王晓阳,董云萍,黄丽芳,闫林,周华,陈金焕,孙燕,林兴军. 热带作物学报. 2014(04)
[7]菊花EST-SNP的发掘与特征分析[J]. 万志兵,王言言,陈黎. 东北林业大学学报. 2013(05)
[8]EST-SSR分子标记在茶树品种鉴别中的应用[J]. 张毅,胡定金. 湖北农业科学. 2012(23)
[9]基于EST数据库进行SNP分子标记开发的研究进展及在猕猴桃属植物中的应用研究[J]. 周锦,刘义飞,黄宏文. 热带亚热带植物学报. 2011(02)
[10]应用AFLP技术鉴别不同地区的普洱茶晒青毛茶[J]. 季鹏章,吕才有,梁名志,张俊,黄兴奇. 食品科学. 2010(24)
硕士论文
[1]茶树SSR分子标记开发及遗传连锁图谱构建[D]. 谭礼强.四川农业大学 2013
[2]茶树SNP标记的开发与应用[D]. 张成才.中国农业科学院 2012
[3]葡萄EST-SNP标记的开发及应用[D]. 李猛.河南科技大学 2012
[4]14个茶树新品种在杭州的适应性及EST-SSR分子指纹图谱建立[D]. 章志芳.中国农业科学院 2011
[5]利用SSR标记研究我国茶树无性系品种的遗传多样性和亲缘关系[D]. 段云裳.南京农业大学 2009
[6]绿茶在贮藏过程中品质变化规律及影响因素研究[D]. 崔峰.浙江大学 2008
本文编号：3263070
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