水稻种子萌发及赤霉素响应的转录组与小RNA分析
发布时间：2021-07-15 21:52
种子萌发一般是指从种子休眠到植株生长的一个过渡阶段,是植物新一轮生命周期的开始。水稻,是世界上最重要的农作物之一,也是单子叶植物的模式植物。随着基因测序技术和“组学”研究手段的快速发展,转录组测序成为了研究种子萌发机理的新策略。种子吸胀损伤是影响水稻直播成苗的一个重要因素。为了揭示与种子吸胀相关的胁迫响应基因,本研究利用RNA测序技术对干燥状态（0 h）,吸胀状态（24h）和萌发状态（48 h）的韭菜青种子进行动态转录组分析。结果表明,在种子萌发早期（0-24h）共检测到1452个差异表达基因,包括648个上调表达差异基因、804个下调表达差异基因:,在种子萌发后期（24-48 h）共鉴定到625个差异表达基因,包括230个上调表达差异基因、395个下调表达差异基因。GO和MapMan进一步分析发现,在种子萌发早期的391个差异表达基因,以及在种子萌发后期的164个差异表达基因参与胁迫响应。这些与种子吸胀相关的胁迫响应差异表达基因,包括非生物胁迫（abiotic stress）、激素（hormone）、过氧化物酶（peroxidases）、信号（signaling）、转录（transc...
【文章来源】：南京农业大学江苏省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：107 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图２．４早期（０－２４ｈ）和晚期（２４－４８ｈ）的差异表达基因??Ｆｉｇｕｒｅ?２．４?Ｉｎ?ｔｈｅ?ｅａｒｌｙ?（０?ｔｏ?２４?ｈ）?ａｎｄ?ｌａｔｅ?（２４－４８?ｈ）?ｏｆ?ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌｌｙ?ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ?ｇｅｎｅｓ??注：ｕｐ－ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ?表示上调，ｄｏｗｎ－ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ?表示下调
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?水稻种子萌发及赤霉素响应的转录组与小ＲＮＡ分析???３．２实验结果与分析??３．２．１小ＲＮＡ测序数据的初步分析??３．２．１．１序歹丨撤其月处理和ｍａｐｐｉｎｇ??从公司得到的ｃｌｅａｎ?ｄａｔａ后，首先进行序列长度分布分析，结果如图３．４，从图中??司以看出大部分序列分布在２０－２４ｂｐ。??Ｓｅｑｕｅｎｃｅ?ｌｅｒｉｇｔｈ?ｄ＞ｓｔｒｉｂｕＴｋ＞ｎ?Ｓｅｑｕｅｎｃｅ?ｌｅｎｇｔｈ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ?Ｓｅｑｕｅｎｃｅ?ｌｅｎｇｔｈ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ??（ＣＫ１）?ＧＡ３１?ＰＡＣ１??■Ｋ．ＩＸＯ？?ＫＯｉＯＳＶ?ＳＣｉＸＯＱＨ??？咖?．．．?Ｉ＇?一，?＾?＾?＾??Ｉ—?！．?．?■：卜￣??Ｓ?＊１；?ｔ?—凌?５?？＊〇■？?．?｜ｌ??Ｉ?…．Ｊ?．．?！？似、．．?．．?．．Ｉ－?．．?．．?．?ｉ?．．．?．．??■ｒ?ＳＭ９Ｓ?ＫＣＣＣＣＶ?２３?（３ＪＸ°，?，…，肩??〇〇〇〇＞＜＞?０３５ｔＣ＼?■?＿?—?？?？?ＤＯＯＫｉ％?—．??ｉ８！Ｓ？２ｊａ：Ｓ？Ｓ２？７７？？Ｋ３：３ｉ?Ｓ３ｌ）３］￡２：２１２？ＳＳ２７ｌ？？９０）｜Ｋ?ＵｌＳＸ２２２３ＵＨＵｉＣ７ｒ？？ＳＪＩ３３??Ｌｅａｊ！ｆｔ｛ｍ）?ｉｅｎｐｎ（ｎｔ）?ｌｅｎｇｉＮｎｔｔ??Ｓｅｑｕｅｎｃｅ?ｌｅｎｇｔｈ?ｄｉｉｔｒｌｂｕｔｌｏｎ?Ｓｅｑｕｅｎｃｅ?ｌｅｎｇｔｈ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ?Ｓｅｑｕｅｎｃｅ?ｌｅｎｇｔｈ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ??（ＣＫ２）?ＧＡ３２?ＰＡＣ１??ＫｔＯＷＶ?Ｔ０！０？，?
【参考文献】：
期刊论文
[1]降解组测序技术在植物miRNA研究中的应用[J]. 董淼,黄越,陈文铎,徐涛,郎秋蕾. 植物学报. 2013(03)
博士论文
[1]转录因子和microRNA组成的基因调控网络的生物信息学分析[D]. 苏乃芳.北京大学 2013
硕士论文
[1]水稻miR393基因家族的表达模式及其对植株生长发育的影响[D]. 解亚坤.浙江大学 2011
本文编号：3286528
【文章来源】：南京农业大学江苏省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：107 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图２．４早期（０－２４ｈ）和晚期（２４－４８ｈ）的差异表达基因??Ｆｉｇｕｒｅ?２．４?Ｉｎ?ｔｈｅ?ｅａｒｌｙ?（０?ｔｏ?２４?ｈ）?ａｎｄ?ｌａｔｅ?（２４－４８?ｈ）?ｏｆ?ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌｌｙ?ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ?ｇｅｎｅｓ??注：ｕｐ－ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ?表示上调，ｄｏｗｎ－ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ?表示下调
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?水稻种子萌发及赤霉素响应的转录组与小ＲＮＡ分析???３．２实验结果与分析??３．２．１小ＲＮＡ测序数据的初步分析??３．２．１．１序歹丨撤其月处理和ｍａｐｐｉｎｇ??从公司得到的ｃｌｅａｎ?ｄａｔａ后，首先进行序列长度分布分析，结果如图３．４，从图中??司以看出大部分序列分布在２０－２４ｂｐ。??Ｓｅｑｕｅｎｃｅ?ｌｅｒｉｇｔｈ?ｄ＞ｓｔｒｉｂｕＴｋ＞ｎ?Ｓｅｑｕｅｎｃｅ?ｌｅｎｇｔｈ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ?Ｓｅｑｕｅｎｃｅ?ｌｅｎｇｔｈ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ??（ＣＫ１）?ＧＡ３１?ＰＡＣ１??■Ｋ．ＩＸＯ？?ＫＯｉＯＳＶ?ＳＣｉＸＯＱＨ??？咖?．．．?Ｉ＇?一，?＾?＾?＾??Ｉ—?！．?．?■：卜￣??Ｓ?＊１；?ｔ?—凌?５?？＊〇■？?．?｜ｌ??Ｉ?…．Ｊ?．．?！？似、．．?．．?．．Ｉ－?．．?．．?．?ｉ?．．．?．．??■ｒ?ＳＭ９Ｓ?ＫＣＣＣＣＶ?２３?（３ＪＸ°，?，…，肩??〇〇〇〇＞＜＞?０３５ｔＣ＼?■?＿?—?？?？?ＤＯＯＫｉ％?—．??ｉ８！Ｓ？２ｊａ：Ｓ？Ｓ２？７７？？Ｋ３：３ｉ?Ｓ３ｌ）３］￡２：２１２？ＳＳ２７ｌ？？９０）｜Ｋ?ＵｌＳＸ２２２３ＵＨＵｉＣ７ｒ？？ＳＪＩ３３??Ｌｅａｊ！ｆｔ｛ｍ）?ｉｅｎｐｎ（ｎｔ）?ｌｅｎｇｉＮｎｔｔ??Ｓｅｑｕｅｎｃｅ?ｌｅｎｇｔｈ?ｄｉｉｔｒｌｂｕｔｌｏｎ?Ｓｅｑｕｅｎｃｅ?ｌｅｎｇｔｈ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ?Ｓｅｑｕｅｎｃｅ?ｌｅｎｇｔｈ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ??（ＣＫ２）?ＧＡ３２?ＰＡＣ１??ＫｔＯＷＶ?Ｔ０！０？，?
【参考文献】：
期刊论文
[1]降解组测序技术在植物miRNA研究中的应用[J]. 董淼,黄越,陈文铎,徐涛,郎秋蕾. 植物学报. 2013(03)
博士论文
[1]转录因子和microRNA组成的基因调控网络的生物信息学分析[D]. 苏乃芳.北京大学 2013
硕士论文
[1]水稻miR393基因家族的表达模式及其对植株生长发育的影响[D]. 解亚坤.浙江大学 2011
本文编号：3286528
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