基于转录组对茯苓菌核形成发育相关功能基因分析

发布时间：2021-07-18 07:27

　　茯苓是多孔菌科真菌（Wolfiporia cocos）的担子菌类中药,药用历史悠久,具有极高的药用价值和膳食营养价值,被广泛应用于中医药及食品保健食品中。茯苓的主要活性成分为多糖和三萜类化合物。由于茯苓的生长主要依赖于寄生在松木之上,松木资源的逐年匮乏限制了茯苓药材的规模生产,因此,研究并揭示茯苓菌核形成与寄生松木之间的关系具有十分重要的意义。目前,国内外茯苓研究领域此类研究尚属空白。本论文对茯苓的高通量转录组测序数据进行分析研究,分析茯苓菌核形成及发育相关基因,并进行筛选研究。基于Illumina HiSeq2000高通量测序获得了茯苓生长7d的菌丝,生长2,4,6个月菌核（M,S1,S2,S3）转录组数据,使用Trinity和TGICL软件对Unigene的De Novo拼接,基于BLAST得到注释的转录组,对Unigene蛋白功能注释,GO分类,KOG功能注释,KEGG代谢通路分析和Heatmap分析。基于茯苓转录组数据,通过基因表达丰度与实时荧光定量（qRT-PCR）实验结果的一个对比分,析筛选出与菌核形成及发育的相关功能基因。研究结果如下:1.通过茯苓转录组数据的拼接,通过质... 

【文章来源】：武汉轻工大学湖北省

【文章页数】：67 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

茯苓候选基因筛选技术路线

第二章 实验材料和实验方法第二章 实验材料和实验方法2.1 实验材料2.1.1 植物材料研究实验所用到的不同时期茯苓菌核（Sclerotia of W. cocos）于 2013 年均采湖北省罗田县九资河茯苓种植基地。接种菌丝后大约 2 个月左右形成菌核，在苓成熟的过程中，按照菌丝（M1），2 个月（刚形成菌核为 S1），4 个月（没成熟的子实体 S2），6 个月（完全成熟的子实体）的菌核四个阶段作为研究对象每个阶段各 3 个菌核作为样本。不同时期的茯苓见图 1.1

2.2.4 Unigene 功能注释将高通量测序拼接后的茯苓的 Unigene 与公共数据进行对比[75]，通过 gene的相似性进行功能注释。基因相似性比对主要基于 BLAST 算法。BLAST，全称是"基于局部比对算法的搜索工具"，由 Altschul 等人在上个世纪 90 年代提出，Blast 能够将两段核酸序列，蛋白序列放在一起进行进行同源性对比，发掘他们相似性功能的工具，通过设定一定的参数值，将两段序列放入该工具中，它能够通过对该序列的相似区域进行快速的打分，以此来确定两段序列之间的相似性[76]。然后将高通量测序得到的 unigene 序列，分别与 SWISS-PROT、TREMBL、CDD、PFAM、NR 和 KOG 库进行比对，取相似度>30%，且 e<1e-5 的注释，得到具有最高相似性的蛋白序列，从而获取不同时期茯苓的 Unigene 功能注释。Unigene 功能注释流程如图 2.2。

【参考文献】：
期刊论文
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硕士论文
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本文编号：3289128