基于高通量转录组测序的蝶豆花抗菌肽预测

发布时间：2021-07-25 10:30

　　蝶豆花（Clitoriaternatea）,俗称蓝蝴蝶,鸢尾属草本植物,因花朵形式蝴蝶而得名,有广泛的医用价值。在印度的药物系统中,蝶豆花经常被应用作为有效的抗抑郁、抗微生物、解热药、以及作为神经补品来增强记忆,在美国和其它热带亚洲国家也有同样的记载。研究报道,蝶豆花根和花的煎剂具有促进子宫收缩和抗凝血作用。动物实验表明,花和叶的提取物在大鼠中显示出抗高血糖作用。蝶豆花的这些药用价值,和蝶豆花中的抗菌肽有着直接相关的联系。除此之外,蝶豆花中的天然蓝色素,是纯天然的食品染料,可用于制作糕点和花茶饮品。抗菌肽（Antimicrobial peptides,AMPs）是具有抗真菌、细菌、病毒的小分子物质,广泛存在植物、动物和昆虫中。抗菌肽通常富含多个半胱氨酸残基,这些半胱氨酸残基会形成二硫化合物,二硫化合物赋予AMPs复杂的化学结构、热学和蛋白水解稳定性。半胱氨酸的稳定结构,可以修饰半胱氨酸残基之间的主链部分,使其作为生物活性肽移植到靶细胞内,因其稳定的支架结构可以抵抗消化酶的抗性和其它不太稳定的生理条件。这对于开发植物AMPs作为潜在的治疗剂和通过转基因方法保护作物是个好消息。基于半胱氨酸... 

【文章来源】：南方医科大学广东省

【文章页数】：75 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图２－２?ｕｎｉｇｅｎｅ长度分布图??

将ｕｎｉｇｅｎｅ和ＣＯＧ数据库进行比对，３３２８５条ｕｎｉｇｅｎｅ在数据库中找到相似??性序列。ｕｎｉｇｅｎｅ根据功能大致可分为２５类，通过对每一类的ＣＯＧ注释的基因??功能进行分类统计，可获得蝶豆花转录组中各类功能基因的数目（图３－２，表３－３?）。??如图所示，整体功能类的基因数量较多，有５５４８条，其次是转录功能（３３４２），??复制、重组和修复功能（３２００），信号转导机制（２４００），翻译后修饰、蛋白质??折叠和伴侣蛋白（１９９９），细胞核结构相关基因类的数量最少，只有４条，而未??知功能的序列多达１５８０条。??６０００?－??５０００?－??隨?４０００?－??栽??＾?３０００?－??Ｃ??Ｓｏ??！?２０００?－??ＡＢＣＤＥＦＧＨ?Ｉ?Ｊ?ＫＬＭＮＯＰＱＲＳＴＵＶＷＹＺ??图３－２?ｕｎｉｇｅｎｅ在ＣＯＧ的功能分类??Ｆｉｇｕｒｅ?３－２?ＣＯＧ?ｆｕｎｃｉｔｏｎ?ｃａｔｅｇｏｒｉｅｓ?ｏｆ?ｕｎｉｇｅｎｅ??２７??

多个模式［５７］，如环肽的一种模式为‘ＣＸ｛３｝ＣＸ｛４｝ＣＸ｛６｝ＣＸ｛１｝ＣＸ｛４｝Ｃ’，其中Ｃ??表示半管氨酸残基，Ｘ表示除了半胱氨酸外的其它氨基酸，花括号里面的数字表??示其它氨基酸的数量范围。识别蝶豆花抗菌肽序列，具体过程如图４－１：??１）

【参考文献】：
期刊论文
[1]基于家蚕中肠RNA-seq数据的新基因发掘及初步分析[J]. 周凯月,唐健,李玉霞,郝长富,徐安英.  安徽农业科学. 2018(24)
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硕士论文
[1]莲子草转录组从头组装及抗菌肽序列的挖掘[D]. 朱金东.南方医科大学 2017



本文编号：3301860