转录组解析外源ABA对玉米脱水速率的影响
发布时间：2021-07-27 00:35
为了探明迪卡517、郑单1002喷施外源ABA后脱水速率变化的分子机制,发掘影响脱水速率的关键差异表达基因及代谢通路,利用Illumina HiSeqTM2500测序仪分别对喷施ABA前后迪卡517（脱水速率较快）和郑单1002（脱水速率较慢）的穗位叶进行高通量转录组测序。原始序列经过质量控制、基因组比对、测序饱和度、基因覆盖度及冗余序列分析后进行基因功能注释。结果显示,迪卡517外源ABA处理与正常生长条件对比组检测到1 732个差异表达基因,其中1 251个为上调表达基因,481个为下调表达基因;郑单1002外源ABA处理与正常生长条件对比组检测到52个差异表达基因,其中24个为上调表达基因;迪卡517外源ABA处理与郑单1002外源ABA处理对比组检测到3 867个差异表达基因,其中1 946个为上调表达基因。不同对比组中筛选到差异表达基因GO分类情况、COG基因产物分类、KEGG代谢通路分析不同。转录因子分析共获得多个重要的转录因子家族,主要有AGC蛋白激酶家族、AP2/ERF转录因子家族、ARID转录因子、AUX/IAA转录因子家族、Alfin-like...
【文章来源】：华北农学报. 2020,35(04)北大核心CSCD
【文章页数】：12 页
【部分图文】：
外源ABA处理不同对比组玉米材料差异表达基因火山图
图6 对比分析了外源ABA对不同玉米品种脱水速率相关基因的影响。DK517-ABA80 VS DK517-CK(G1对比组)、ZD1002-ABA80 VS ZD1002-CK(G3对比组)共检测到了10个共同差异表达基因,分别为:Zm00001d035000,在G1对比组中上调表达而在G3对比组中下调表达,在玉米中表达未标记蛋白LOC100279096;Zm00001d042063,在G1、G3对比组中均呈上调表达,玉米植株中表达假设蛋白 ZEAMMB73;Zm00001d045314,在G1对比组中上调表达而在G3对比组中下调表达,在玉米中表达S-腺苷甲硫氨酸依赖性甲基转移酶;Zm00001d003938,在G1对比组上调表达而在G3对比组下调表达,在玉米中表达甾醇皂苷;Zm00001d028647,在G1对比组中呈上调表达而在G3对比组中呈下调表达,在玉米中表达未标记蛋白LOC100280456;Zm00001d029778,在G1对比组中呈上调表达而在G3对比组中呈下调表达,在玉米植株中表达EC蛋白同系物;Zm00001d032186,在G1、G3对比组中均呈上调表达,在玉米植株中表达未标记蛋白LOC100192110前体;Zm00001d033447,在G1对比组中呈上调表达而在G3对比组中呈下调表达,功能未知;Zm00001d037988,在G1对比组中呈上调表达而在G3对比组中呈下调表达,在玉米植株中表达EMB564蛋白;Zm00001d046065,在G1对比组中呈上调表达而在G3对比组中呈下调表达,在玉米植株中表达组蛋白乙酰转移酶B催化亚体。G1对比组中存在1 722个特异的差异表达基因;G3对比组中存在42个特异的差异表达基因。图3 外源ABA处理后ZD1002-ABA80 VS ZD1002-CK对比组差异表达基因KEGG分类图
图2 外源ABA处理后DK517-ABA80 VS DK517-CK对比组差异表达基因KEGG分类图图4 外源ABA处理后DK517-ABA80 VS ZD1002-ABA80对比组差异表达基因KEGG分类图
【参考文献】：
期刊论文
[1]转录组及代谢组联合解析玉米响应花粒期高温胁迫机制[J]. 李川,乔江方,黄璐,张美微,张盼盼,牛军,刘京宝. 华北农学报. 2020(01)
[2]黄淮海不同生态区玉米机械化粒收初步研究[J]. 卫晓轶,魏锋,洪德峰,马俊峰,马毅,王稼苜,张学舜,闫玉信,刘震宇,胡宁. 河南农业科学. 2019(11)
[3]马铃薯AP2/ERF转录因子的克隆及植物表达载体构建[J]. 王慧,刘洪,杨奕琦,许思思,熊兴耀,周倩. 分子植物育种. 2020(08)
[4]小麦B3类转录因子REM-1基因的克隆与表达分析[J]. 王莲哲,向丽君,李建康,王渊,周帅,李冰冰. 分子植物育种. 2019(15)
[5]一个木薯Aux/IAA转录因子的克隆及调节活性氧功能分析[J]. 樊书宏,施海涛,刘国银. 分子植物育种. 2019(02)
[6]不同密度夏玉米群体冠层特征与籽粒含水率的关系[J]. 乔江方,朱卫红,李川,代书桃,张美微,黄璐,牛军,郭国俊,刘京宝. 河南农业科学. 2018(05)
[7]玉米籽粒脱水速率影响因素分析[J]. 王克如,李少昆. 中国农业科学. 2017(11)
[8]植物B3转录因子的结构和功能[J]. 刘颖慧,董志平. 分子植物育种. 2017(05)
[9]黄淮海夏玉米生理成熟期子粒含水率研究[J]. 李璐璐,谢瑞芝,王克如,明博,侯鹏,李少昆. 作物杂志. 2017(02)
[10]影响夏玉米生理成熟后子粒脱水的相关因素分析[J]. 雷蕾,王威振,方伟,张子学,刘正,李文阳. 玉米科学. 2016(03)
博士论文
[1]AGC蛋白激酶通过磷酸化RopGEFs调控花粉管和根毛的顶端生长[D]. 李恩.山东农业大学 2017
本文编号：3304695
【文章来源】：华北农学报. 2020,35(04)北大核心CSCD
【文章页数】：12 页
【部分图文】：
外源ABA处理不同对比组玉米材料差异表达基因火山图
图6 对比分析了外源ABA对不同玉米品种脱水速率相关基因的影响。DK517-ABA80 VS DK517-CK(G1对比组)、ZD1002-ABA80 VS ZD1002-CK(G3对比组)共检测到了10个共同差异表达基因,分别为:Zm00001d035000,在G1对比组中上调表达而在G3对比组中下调表达,在玉米中表达未标记蛋白LOC100279096;Zm00001d042063,在G1、G3对比组中均呈上调表达,玉米植株中表达假设蛋白 ZEAMMB73;Zm00001d045314,在G1对比组中上调表达而在G3对比组中下调表达,在玉米中表达S-腺苷甲硫氨酸依赖性甲基转移酶;Zm00001d003938,在G1对比组上调表达而在G3对比组下调表达,在玉米中表达甾醇皂苷;Zm00001d028647,在G1对比组中呈上调表达而在G3对比组中呈下调表达,在玉米中表达未标记蛋白LOC100280456;Zm00001d029778,在G1对比组中呈上调表达而在G3对比组中呈下调表达,在玉米植株中表达EC蛋白同系物;Zm00001d032186,在G1、G3对比组中均呈上调表达,在玉米植株中表达未标记蛋白LOC100192110前体;Zm00001d033447,在G1对比组中呈上调表达而在G3对比组中呈下调表达,功能未知;Zm00001d037988,在G1对比组中呈上调表达而在G3对比组中呈下调表达,在玉米植株中表达EMB564蛋白;Zm00001d046065,在G1对比组中呈上调表达而在G3对比组中呈下调表达,在玉米植株中表达组蛋白乙酰转移酶B催化亚体。G1对比组中存在1 722个特异的差异表达基因;G3对比组中存在42个特异的差异表达基因。图3 外源ABA处理后ZD1002-ABA80 VS ZD1002-CK对比组差异表达基因KEGG分类图
图2 外源ABA处理后DK517-ABA80 VS DK517-CK对比组差异表达基因KEGG分类图图4 外源ABA处理后DK517-ABA80 VS ZD1002-ABA80对比组差异表达基因KEGG分类图
【参考文献】：
期刊论文
[1]转录组及代谢组联合解析玉米响应花粒期高温胁迫机制[J]. 李川,乔江方,黄璐,张美微,张盼盼,牛军,刘京宝. 华北农学报. 2020(01)
[2]黄淮海不同生态区玉米机械化粒收初步研究[J]. 卫晓轶,魏锋,洪德峰,马俊峰,马毅,王稼苜,张学舜,闫玉信,刘震宇,胡宁. 河南农业科学. 2019(11)
[3]马铃薯AP2/ERF转录因子的克隆及植物表达载体构建[J]. 王慧,刘洪,杨奕琦,许思思,熊兴耀,周倩. 分子植物育种. 2020(08)
[4]小麦B3类转录因子REM-1基因的克隆与表达分析[J]. 王莲哲,向丽君,李建康,王渊,周帅,李冰冰. 分子植物育种. 2019(15)
[5]一个木薯Aux/IAA转录因子的克隆及调节活性氧功能分析[J]. 樊书宏,施海涛,刘国银. 分子植物育种. 2019(02)
[6]不同密度夏玉米群体冠层特征与籽粒含水率的关系[J]. 乔江方,朱卫红,李川,代书桃,张美微,黄璐,牛军,郭国俊,刘京宝. 河南农业科学. 2018(05)
[7]玉米籽粒脱水速率影响因素分析[J]. 王克如,李少昆. 中国农业科学. 2017(11)
[8]植物B3转录因子的结构和功能[J]. 刘颖慧,董志平. 分子植物育种. 2017(05)
[9]黄淮海夏玉米生理成熟期子粒含水率研究[J]. 李璐璐,谢瑞芝,王克如,明博,侯鹏,李少昆. 作物杂志. 2017(02)
[10]影响夏玉米生理成熟后子粒脱水的相关因素分析[J]. 雷蕾,王威振,方伟,张子学,刘正,李文阳. 玉米科学. 2016(03)
博士论文
[1]AGC蛋白激酶通过磷酸化RopGEFs调控花粉管和根毛的顶端生长[D]. 李恩.山东农业大学 2017
本文编号：3304695
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