温度影响苎麻纤维品质转录组解析及特异型启动子鉴定
发布时间：2021-09-23 10:17
苎麻一般一年收获三季,多项研究均发现不同季节苎麻纤维品质尤其是纤维细度存在明显差异,然而其生理和分子机理却鲜有报道。苎麻是韧皮纤维作物,通过生物技术对其纤维品质进行定向改良亟需开发韧皮部特异（优势）表达启动子。随着转录组学在苎麻研究领域的不断应用,已经积累了大量具有研究价值的候选基因,这些基因的功能验证工作及后续应用也都需要用到启动子。基于这些问题,本研究联合二代高通量测序和三代全长转录组测序在转录水平上解析不同温度模式下苎麻纤维品质存在差异的原因,同时对韧皮部蛋白（PP2）家族进行鉴定和表达分析以及分离了5个苎麻内源启动子并在拟南芥中进行了功能分析。主要实验结果如下:1.不同温度模式下苎麻茎皮转录组研究本研究对两种温度模式（High Temperature Patterns,HTP;Low Temperature Patterns,LTP）下苎麻茎皮上、中、下三个部位进行二代转录组测序并分别混合HTP和LTP样品进行三代转录组测序,并以三代测序结果为参考序列进行后续分析。通过全长转录组测序我们一共获得353495个转录本及139530个基因,其中转录本N50长度在3000 bp以上,...
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：154 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
纤维生物合成示意图
温度影响苎麻纤维品质转录组解析及特异型启动子鉴定4；贾满兰 2016）及去除果胶的技术方法上（肖丽等 2莉凤等 2017），而对果胶代谢过程中相关酶及其编码基因，苎麻中只报道了两个有关果胶生物合成相关基因：编码-表异构酶 (UDP-glucuronic acid-4-epimerase) 的UGlcA和编码半乳糖醛酸基转移酶 (Galacturonic acid transfer新等 2009）。是一类复杂的有机酚类聚合物，其在植物细胞壁形成中起al 2009)。目前已知木质素单体合成主要通过莽草酸、苯
1988；Siebert et al 1995)，这种方法采用限制性内切酶消化DNA，由此产生许多DNA片段，其中极少片段带有一段已知序列，再通过连接酶将DNA片段连接成环，以已知序列为模板设计引物通过PCR技术克隆环内两侧未知序列（图1.3）。Yoshitomonakagawa 等人首次采用反向PCR技术从老鼠中分离了TGF-β受体基因启动子 (Yoshitomonakagawa et al 1997)。由于限制性内切酶和连接酶在作用过程中具有很大随机性，因而导致整个反向PCR克隆效率偏低且PCR产物假阳性较高，尽管反向 PCR 克隆侧翼序列的方式已经不常用了，但其所蕴含的侧翼序列克隆思想对后续侧翼序列克隆方法的开发与改进影响深远，如T接头PCR (T-LinkerPCR) (Yuanxin et al 2003)，多功能接头 (Versatile Adapter) PCR (Nthangeni et al2005) 等。随着技术的发展，不同的侧翼序列克隆方法相继出现。热不对称交错PCR (TAIL-PCR) 是一种成熟且在未知序列克隆上受广泛应用的方法 (Liu andWhittier 1995；Terauchi and Kahl 2000； Liu and Chen 2007)。它依据未知目标序列附近的已知序列设计多个嵌套特异性引物，将这些引物分别与随机简并引物组
【参考文献】：
期刊论文
[1]氮素水平对不同氮效率苎麻纤维发育关键酶的影响[J]. 陈继康,谭龙涛,喻春明,朱爱国,陈平,高钢,陈坤梅,熊和平. 中国麻业科学. 2017(05)
[2]苎麻脱胶果胶复合酶的优选及其效果分析[J]. 成莉凤,刘正初,冯湘沅,汪启明,李琦,郑科,杨琦,段盛文. 纺织学报. 2017(06)
[3]干旱胁迫对苎麻苗期理化指标的影响[J]. 孙鏖,邓荟芬,刘海林,易康乐,李剑波,伍佰鑫,李昊帮,蒋桂韬,戴求仲. 草地学报. 2016(03)
[4]苎麻不同氮钾施肥水平纤维品质的差异[J]. 代小兵. 湖北植保. 2015(06)
[5]渍水对苎麻败蔸的影响[J]. 胡玥,杨瑞芳. 现代农业科技. 2015(19)
[6]两种苎麻纤维素合酶基因cDNA序列的克隆及表达[J]. 刘昱翔,陈建荣,彭彦,黄妤,赵燕,黄丽华,郭清泉,张学文. 作物学报. 2014(11)
[7]苎麻纤维素合成酶基因BnCesA4 cDNA序列的克隆与表达分析[J]. 刘昱翔,陈建荣,彭彦,黄妤,赵燕,黄丽华,郭清泉,张学文. 作物研究. 2014(05)
[8]多糖组分对苎麻纤维性能的影响[J]. 黎征帆,杨建平,郁崇文. 东华大学学报(自然科学版). 2014(03)
[9]分宜气象因子对苎麻生长的影响及种植区域的划分[J]. 袁晋琰,吴春燕,阮启亮,彭旻芬. 中国麻业科学. 2013(04)
[10]干旱胁迫对杂交苎麻脯氨酸积累、膜脂过氧化及抗氧化酶活性的影响[J]. 黄承建,赵思毅,王龙昌,苟云,李亚玲,李萍,唐朝霞. 中国麻业科学. 2013(02)
博士论文
[1]苎麻纤维发育相关转录组测序及expansin家族功能分析[D]. 陈杰.华中农业大学 2017
[2]苎麻UDPGDH基因cDNA的克隆及功能分析[D]. 刘峰.湖南农业大学 2008
硕士论文
[1]苎麻XTH家族基因克隆及表达分析[D]. 陈悰.华中农业大学 2017
[2]苎麻纤维发育规律及相关基因表达模式研究[D]. 张欣欣.华中农业大学 2016
[3]苎麻不同部位品质性状及脱胶工艺的研究[D]. 贾满兰.东华大学 2016
[4]不同基因型苎麻纤维品质性状及其相关性研究[D]. 李秀萍.华中农业大学 2006
本文编号：3405530
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：154 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
纤维生物合成示意图
温度影响苎麻纤维品质转录组解析及特异型启动子鉴定4；贾满兰 2016）及去除果胶的技术方法上（肖丽等 2莉凤等 2017），而对果胶代谢过程中相关酶及其编码基因，苎麻中只报道了两个有关果胶生物合成相关基因：编码-表异构酶 (UDP-glucuronic acid-4-epimerase) 的UGlcA和编码半乳糖醛酸基转移酶 (Galacturonic acid transfer新等 2009）。是一类复杂的有机酚类聚合物，其在植物细胞壁形成中起al 2009)。目前已知木质素单体合成主要通过莽草酸、苯
1988；Siebert et al 1995)，这种方法采用限制性内切酶消化DNA，由此产生许多DNA片段，其中极少片段带有一段已知序列，再通过连接酶将DNA片段连接成环，以已知序列为模板设计引物通过PCR技术克隆环内两侧未知序列（图1.3）。Yoshitomonakagawa 等人首次采用反向PCR技术从老鼠中分离了TGF-β受体基因启动子 (Yoshitomonakagawa et al 1997)。由于限制性内切酶和连接酶在作用过程中具有很大随机性，因而导致整个反向PCR克隆效率偏低且PCR产物假阳性较高，尽管反向 PCR 克隆侧翼序列的方式已经不常用了，但其所蕴含的侧翼序列克隆思想对后续侧翼序列克隆方法的开发与改进影响深远，如T接头PCR (T-LinkerPCR) (Yuanxin et al 2003)，多功能接头 (Versatile Adapter) PCR (Nthangeni et al2005) 等。随着技术的发展，不同的侧翼序列克隆方法相继出现。热不对称交错PCR (TAIL-PCR) 是一种成熟且在未知序列克隆上受广泛应用的方法 (Liu andWhittier 1995；Terauchi and Kahl 2000； Liu and Chen 2007)。它依据未知目标序列附近的已知序列设计多个嵌套特异性引物，将这些引物分别与随机简并引物组
【参考文献】：
期刊论文
[1]氮素水平对不同氮效率苎麻纤维发育关键酶的影响[J]. 陈继康,谭龙涛,喻春明,朱爱国,陈平,高钢,陈坤梅,熊和平. 中国麻业科学. 2017(05)
[2]苎麻脱胶果胶复合酶的优选及其效果分析[J]. 成莉凤,刘正初,冯湘沅,汪启明,李琦,郑科,杨琦,段盛文. 纺织学报. 2017(06)
[3]干旱胁迫对苎麻苗期理化指标的影响[J]. 孙鏖,邓荟芬,刘海林,易康乐,李剑波,伍佰鑫,李昊帮,蒋桂韬,戴求仲. 草地学报. 2016(03)
[4]苎麻不同氮钾施肥水平纤维品质的差异[J]. 代小兵. 湖北植保. 2015(06)
[5]渍水对苎麻败蔸的影响[J]. 胡玥,杨瑞芳. 现代农业科技. 2015(19)
[6]两种苎麻纤维素合酶基因cDNA序列的克隆及表达[J]. 刘昱翔,陈建荣,彭彦,黄妤,赵燕,黄丽华,郭清泉,张学文. 作物学报. 2014(11)
[7]苎麻纤维素合成酶基因BnCesA4 cDNA序列的克隆与表达分析[J]. 刘昱翔,陈建荣,彭彦,黄妤,赵燕,黄丽华,郭清泉,张学文. 作物研究. 2014(05)
[8]多糖组分对苎麻纤维性能的影响[J]. 黎征帆,杨建平,郁崇文. 东华大学学报(自然科学版). 2014(03)
[9]分宜气象因子对苎麻生长的影响及种植区域的划分[J]. 袁晋琰,吴春燕,阮启亮,彭旻芬. 中国麻业科学. 2013(04)
[10]干旱胁迫对杂交苎麻脯氨酸积累、膜脂过氧化及抗氧化酶活性的影响[J]. 黄承建,赵思毅,王龙昌,苟云,李亚玲,李萍,唐朝霞. 中国麻业科学. 2013(02)
博士论文
[1]苎麻纤维发育相关转录组测序及expansin家族功能分析[D]. 陈杰.华中农业大学 2017
[2]苎麻UDPGDH基因cDNA的克隆及功能分析[D]. 刘峰.湖南农业大学 2008
硕士论文
[1]苎麻XTH家族基因克隆及表达分析[D]. 陈悰.华中农业大学 2017
[2]苎麻纤维发育规律及相关基因表达模式研究[D]. 张欣欣.华中农业大学 2016
[3]苎麻不同部位品质性状及脱胶工艺的研究[D]. 贾满兰.东华大学 2016
[4]不同基因型苎麻纤维品质性状及其相关性研究[D]. 李秀萍.华中农业大学 2006
本文编号：3405530
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