铁皮石斛泛素活化酶E1与泛素结合酶E2家族分析及DoUBC9的克隆与表达分析
发布时间：2021-09-23 02:47
铁皮石斛（Dendrobium officinale Kimura et Migo）是兰科石斛属多年生草本单子叶植物,具有极高的药用价值和观赏价值。铁皮石斛具有兰科植物共有的原球茎发育模式,即种子发育成熟时其种胚仍停留在未分化阶段,需经历原球茎时期才能发育成完整植株。由于需求的自然环境要求高和人为的大肆采摘,现已沦为濒危物种。本研究共分为四个方面,铁皮石斛原球茎不同时期的形态观察研究,铁皮石斛中泛素活化酶E1（DoUBA）家族鉴定与分析、铁皮石斛中泛素结合酶E2（DoUBC）家族鉴定与分析以及DoUBC9的克隆鉴定与表达分析。主要实验结果如下:（1）原球茎发育一般经历七个时期P1P7,分别为:种胚活化突破种皮,原球茎形成,原分生组织形成,顶端分生组织形成,椭球形原球茎形成,叶原基维管形成和根端分生组织形成。对各个时期的原球茎进行挑选,使用体视镜和扫描电镜进行形态观察记录。（2）泛素活化酶E1是泛素-蛋白酶体途径中涉及的第一个酶,负责靶蛋白的活化,在泛素化途径中起着关键性作用。本研究利用三代转录组测序,从利用GO分析、KEGG分析等方法注释的序列文件以及使用SMAR...
【文章来源】：西南交通大学四川省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：128 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
不同时期（P1~P7）原球茎扫描电镜图
图 3-1 DoUBA 家族蛋白跨膜域预测Fig.3-1 Prediction of DoUBAFamily Protein Transmembrane Domain3.2.4.5 DoUBA 家族蛋白二级结构分析使用 SOPMA 在线软件对 DoUBA 家族预测蛋白进行二级结构分析，发现四个 DoUBA 家族预测蛋白除了 DoUBA3 蛋白外，都是 α-螺旋占比最多，然后依次是无规卷曲、延伸链和 β-转角，而 DoUBA3 蛋白中的无规卷曲占比最多达到38.70%，但是接近于 α-螺旋的 38.42%，这也许解释了 DoUBA3 蛋白的不稳定和亲水性的原因，具体见表 3-5。表 3-5 DoUBA 家族蛋白二级结构预测Tab. 3-5 Prediction of Secondary Structure of DoUBAFamily ProteinsProtein Alpha helixaExtended strandbBeta turncRandom coildDoUBA1 41.32% 16.44% 5.14% 37.10%DoUBA2 45.10% 16.67% 9.31% 28.92%DoUBA3 38.42% 18.64% 4.24% 38.70%
图 3-2 DoUBA 家族蛋白二级结构图预测Fig.3-2 Prediction of Secondary Structure of DoUBAFamily Proteins3.2.4.6 不同物种 UBA 与 DoUBA 基因进化分析为了进一步了解 DoUBA 家族的进化关系，选取了拟南芥、番茄和玉米的UBA 家族蛋白序列进行完全对比 DoUBA1、DoUBA4、AtUBA1~2 和 ZmUBA1~4的蛋白序列相似度非常高，DoUBA1 和 DoUBA2 与这些基因的蛋白序列的相似度均在 60%以上，高度保守。但是，DoUBA2 和 DoUBA3 以及番茄中的泛素活化酶 SlUBA1 和 SlUBA2 与其他基因的相似度非常低，这或许与铁皮石斛的特殊性以及番茄是双子叶植物有关，具体见表 3-6。
本文编号：3404876
【文章来源】：西南交通大学四川省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：128 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
不同时期（P1~P7）原球茎扫描电镜图
图 3-1 DoUBA 家族蛋白跨膜域预测Fig.3-1 Prediction of DoUBAFamily Protein Transmembrane Domain3.2.4.5 DoUBA 家族蛋白二级结构分析使用 SOPMA 在线软件对 DoUBA 家族预测蛋白进行二级结构分析，发现四个 DoUBA 家族预测蛋白除了 DoUBA3 蛋白外，都是 α-螺旋占比最多，然后依次是无规卷曲、延伸链和 β-转角，而 DoUBA3 蛋白中的无规卷曲占比最多达到38.70%，但是接近于 α-螺旋的 38.42%，这也许解释了 DoUBA3 蛋白的不稳定和亲水性的原因，具体见表 3-5。表 3-5 DoUBA 家族蛋白二级结构预测Tab. 3-5 Prediction of Secondary Structure of DoUBAFamily ProteinsProtein Alpha helixaExtended strandbBeta turncRandom coildDoUBA1 41.32% 16.44% 5.14% 37.10%DoUBA2 45.10% 16.67% 9.31% 28.92%DoUBA3 38.42% 18.64% 4.24% 38.70%
图 3-2 DoUBA 家族蛋白二级结构图预测Fig.3-2 Prediction of Secondary Structure of DoUBAFamily Proteins3.2.4.6 不同物种 UBA 与 DoUBA 基因进化分析为了进一步了解 DoUBA 家族的进化关系，选取了拟南芥、番茄和玉米的UBA 家族蛋白序列进行完全对比 DoUBA1、DoUBA4、AtUBA1~2 和 ZmUBA1~4的蛋白序列相似度非常高，DoUBA1 和 DoUBA2 与这些基因的蛋白序列的相似度均在 60%以上，高度保守。但是，DoUBA2 和 DoUBA3 以及番茄中的泛素活化酶 SlUBA1 和 SlUBA2 与其他基因的相似度非常低，这或许与铁皮石斛的特殊性以及番茄是双子叶植物有关，具体见表 3-6。
本文编号：3404876
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