玉米OFP基因家族全基因组鉴定及表达分析

发布时间：2021-09-29 18:04

　　OFP （OVATE family proteins）基因家族是植物特有的一类转录因子,广泛存在于植物各个组织中,参与调控植物的生长发育、抗逆等。然而在玉米研究中该家族成员未见报道。为解析OFP家族基因在玉米基因组中的特征,使用HMMER软件对玉米基因组中的OFP家族成员进行筛选,利用Pfam数据库对筛选的结果进行分析,包括基因定位、motif预测、进化分析、顺式作用元件分析及亚细胞定位预测,同时对玉米与拟南芥和水稻基因组中的OFP家族基因进行共线性、选择压力分析,最后再分析了干旱处理下穗发育过程中的家族成员基因表达水平。结果筛选到玉米OFP家族基因共43个,在10条染色体上均有分布,其中3号染色体上的数目最多为8个,5号染色体分布最少仅有1个;进化分析发现玉米OFP家族成员归为3个亚类;motif分析中共鉴定到8个motif基序,其中motif 1和motif 2为玉米OFP家族基因最保守的两段基序;在对启动子顺式作用元件分析中发现与胁迫相关的OFP基因共10个,其中有5个基因顺式作用元件与干旱胁迫相关;与拟南芥4个基因存在共线性,与水稻的17个基因存在共线性,其中玉米Zm00001... 

【文章来源】：分子植物育种. 2020,18(20)北大核心CSCD

【文章页数】：10 页

【部分图文】：

玉米OFP家族系统进化树

在对玉米的OFP家族蛋白序列进行保守基序分析，发现8个基序，分别命名为motif 1～motif 8 (图2)。结果表明，玉米中仅存在2个相对保守的基序。其中motif 1与motif 2最为保守，且分布顺序均为motif2在前，motif 1在后。其中11个OFP家族基因仅具有motif 1和motif 2，其余motif类型在剩余的32个基因中被鉴定到。对保守基序的序列分析发现，在玉米motif 1中较为保守的序列为EWSEAVIRSLG RTSTDRFFFDAGPAPGPAAASNS,motif-2中较为保守的序列为PGDEMYKTVNSVY FDAADSRRFFFF DDDDDGGDDDAADDLLD (图3)。表明OFP家族基因在玉米中具有较高的保守性。图3 玉米OFP家族氨基酸序列保守基序

玉米OFP家族氨基酸序列保守基序

【参考文献】：
期刊论文
[1]玉米抗旱育种研究进展[J]. 任志强,王晓清,卜华虎,肖建红,张宁,杨慧珍.  山西农业科学. 2019(07)
[2]细菌漆酶的生物信息学分析[J]. 艾嘉,刘坤,张蕾,吴明旭,陈硕,朱德辉,韩毅强,高亚梅.  基因组学与应用生物学. 2019(03)
[3]苹果OFP基因家族的全基因组鉴定与非生物逆境表达分析[J]. 许瑞瑞,李睿,王小非,郝玉金.  中国农业科学. 2018(10)
[4]中国玉米产业现状与发展问题探讨[J]. 杨红旗,路凤银,郝仰坤,董兵.  中国农学通报. 2011(06)
[5]高等植物转录因子研究进展[J]. 陈霞,罗世巧,段翠芳,曾日中.  安徽农学通报. 2008(09)
[6]植物基因启动子研究进展[J]. 张春晓,王文棋,蒋湘宁,陈雪梅.  遗传学报. 2004(12)

硕士论文
[1]玉米-大刍草渐渗系群体（Mo17/X26）苗期抗旱性指标的QTL定位及抗旱性基因的筛选[D]. 韩笑.沈阳农业大学 2018



本文编号：3414197