蒙古冰草EST-SSR引物开发及其在冰草属中通用性分析
发布时间：2021-10-07 18:30
随着植物基因序列分析技术的日新月异的发展和测序成本的不断降低,NCBI-EST数据库容量每年都以成几何倍数增长,不断推动着包括EST-SSR在内的各种分子标记技术在诸多植物中得到批量开发并实施相关研究。蒙古冰草是一种极耐旱的禾本科牧草,作为具有优良抗性基因的牧草,目前分子水平上有关遗传信息等研究相对较少,少数一些相关的报道也只停留在小麦的基因组学内,这在一定程度上制约了该种优良牧草的合理利用。本论文采用高通量测序技术,尽可能多的获得蒙古冰草转录本序列信息,并对其进行系统注释,鉴定转录本中的SSR位点,并筛选具有多态性的SSR,以期为蒙古冰草种质资源的研究利用以及新品种选育提供依据。其主要结果如下:（1）利用Illumina HiSeq高通量测序技术,在蒙古冰草叶片转录组中获得了24237250个高质量序列,将其拼装组成75367条非冗余基因片段,经系统评估结果显示,序列组装完整性较高,可满足后续分析。将全部Unigene与Nr、KEGG等8个数据库比对,其中得到37826（50.19%）个有注释信息的基因。（2）利用MISA工具,含有SSR位点的EST序列为3751条,共有4396个S...
【文章来源】：内蒙古农业大学内蒙古自治区
【文章页数】：61 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图１?Ｕｎｉｇｅｎｅｓ长度分布图??Ｆｉｇ．?１?ｕｎｉｇｅｎｅ?ｌｅｎｇｔｈ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ??
图２?Ｎｒ同源种分布??Ｆｉｇ?２?Ｎｒ?ｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓ?ｓｐｅｃｉｅｓ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ??
图３?Ｕｎｉｇｅｎｅｓ序列的ＧＯ分析??Ｆｉｇ．?３?ｕｍｍａｒｙ?ｏｆ?ＧＯ?ａｎａｌｙｓｉｓ?ｏｆ?ｔｈｅ?ｕｎｉｇｅｎｅｓ?ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ．??
【参考文献】：
期刊论文
[1]黑果枸杞转录组SSR信息分析及分子标记开发[J]. 尹跃,安巍,赵建华,王亚军,樊云芳,曹有龙. 浙江农林大学学报. 2019(02)
[2]中国南瓜转录组SSR信息分析及其分子标记开发[J]. 朱海生,王彬,叶新如,刘建汀,李永平,陈敏氡,林珲,温庆放. 中国细胞生物学学报. 2019(03)
[3]应用ISSR分子标记分析裸大麦的遗传多样性[J]. 张超,才让卓玛,卡毛先,段瑞君. 分子植物育种. 2020(04)
[4]基于桑葚转录组测序的SSR位点分析[J]. 王晖,谢岩,孙志超,高玉军,张东豪,宋永学,高妍夏. 分子植物育种. 2020(01)
[5]内蒙古珍稀濒危植物濒危现状及优先保护评估[J]. 刘哲荣,刘果厚,高润宏. 应用生态学报. 2019(06)
[6]夏枯草的转录组测序与次生代谢产物生物合成相关基因的挖掘[J]. 朱畇昊,张梦佳,李璐,赵乐,董诚明. 中草药. 2019(05)
[7]大麦蛋白质含量与SSR标记的关联分析[J]. 司二静,杨淑莲,孟亚雄,李葆春,马小乐,汪军成,任盼荣,姚立蓉,张宇,王化俊. 麦类作物学报. 2019(03)
[8]叶锈菌侵染的小麦叶片转录组数据分析[J]. 刘娜,乔妹,孙嘉伟,陈琰,侯春燕,韩胜芳,王冬梅. 植物遗传资源学报. 2019(04)
[9]苦玄参转录组EST-SSR引物开发及群体遗传多样性分析[J]. 闫国跃,杨帆,白燕远,李耀燕,吴梦丽,阿里穆斯,谢阳姣. 中草药. 2019(01)
[10]基于EST-SSR标记的部分玉兰属植物亲缘关系分析[J]. 王型力,骆甲,姚张秀,俞芹,王亚玲,张寿洲,申亚梅. 分子植物育种. 2018(24)
博士论文
[1]利用RNA-seq技术在云南山茶中解析重要分子通路与开发多态性EST-SSR[D]. 姚秋阳.云南大学 2015
[2]牧草种子萌发对温度和水分胁迫的反应[D]. 王丽娟.内蒙古农业大学 2008
[3]内蒙古冰草种质资源遗传多样性研究[D]. 李景欣.内蒙古农业大学 2005
[4]玉蜀黍属基因组构成及玉米新种质创制研究[D]. 唐祈林.四川农业大学 2003
[5]蒙古冰草（Agropyron mongolicum Keng）的遗传多样性研究[D]. 解新明.内蒙古农业大学 2001
硕士论文
[1]水松EST-SSR分子标记开发及群体遗传变异分析[D]. 林雪莹.中南林业科技大学 2018
[2]应用孢粉学和SNP分析广西地方柑橘种质资源遗传多样性[D]. 武晓晓.广西师范大学 2018
[3]基于SSR分子标记的新麦草种质遗传多样性及群体遗传结构分析[D]. 张晨.内蒙古农业大学 2018
[4]利用EST-SSR分子标记构建小麦遗传图谱[D]. 代畅.西华师范大学 2018
[5]基于转录组信息的玫瑰SSR标记开发及野生玫瑰遗传多样性分析[D]. 夏峰梅.山东农业大学 2016
[6]饲草型小黑麦的遗传图谱构建及草产量和抗锈病相关基因的QTL定位[D]. 李冬梅.甘肃农业大学 2016
[7]老芒麦EST-SSR分子标记开发与遗传多样性分析[D]. 周强.兰州大学 2016
[8]9个居群蒙古冰草染色体倍性检测及遗传多样性SSR分析[D]. 高友汉.内蒙古农业大学 2013
[9]不同小麦品种（系）耐盐特性及RAPD初步分析[D]. 陈小梅.新疆农业大学 2013
本文编号：3422555
【文章来源】：内蒙古农业大学内蒙古自治区
【文章页数】：61 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图１?Ｕｎｉｇｅｎｅｓ长度分布图??Ｆｉｇ．?１?ｕｎｉｇｅｎｅ?ｌｅｎｇｔｈ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ??
图２?Ｎｒ同源种分布??Ｆｉｇ?２?Ｎｒ?ｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓ?ｓｐｅｃｉｅｓ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ??
图３?Ｕｎｉｇｅｎｅｓ序列的ＧＯ分析??Ｆｉｇ．?３?ｕｍｍａｒｙ?ｏｆ?ＧＯ?ａｎａｌｙｓｉｓ?ｏｆ?ｔｈｅ?ｕｎｉｇｅｎｅｓ?ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ．??
【参考文献】：
期刊论文
[1]黑果枸杞转录组SSR信息分析及分子标记开发[J]. 尹跃,安巍,赵建华,王亚军,樊云芳,曹有龙. 浙江农林大学学报. 2019(02)
[2]中国南瓜转录组SSR信息分析及其分子标记开发[J]. 朱海生,王彬,叶新如,刘建汀,李永平,陈敏氡,林珲,温庆放. 中国细胞生物学学报. 2019(03)
[3]应用ISSR分子标记分析裸大麦的遗传多样性[J]. 张超,才让卓玛,卡毛先,段瑞君. 分子植物育种. 2020(04)
[4]基于桑葚转录组测序的SSR位点分析[J]. 王晖,谢岩,孙志超,高玉军,张东豪,宋永学,高妍夏. 分子植物育种. 2020(01)
[5]内蒙古珍稀濒危植物濒危现状及优先保护评估[J]. 刘哲荣,刘果厚,高润宏. 应用生态学报. 2019(06)
[6]夏枯草的转录组测序与次生代谢产物生物合成相关基因的挖掘[J]. 朱畇昊,张梦佳,李璐,赵乐,董诚明. 中草药. 2019(05)
[7]大麦蛋白质含量与SSR标记的关联分析[J]. 司二静,杨淑莲,孟亚雄,李葆春,马小乐,汪军成,任盼荣,姚立蓉,张宇,王化俊. 麦类作物学报. 2019(03)
[8]叶锈菌侵染的小麦叶片转录组数据分析[J]. 刘娜,乔妹,孙嘉伟,陈琰,侯春燕,韩胜芳,王冬梅. 植物遗传资源学报. 2019(04)
[9]苦玄参转录组EST-SSR引物开发及群体遗传多样性分析[J]. 闫国跃,杨帆,白燕远,李耀燕,吴梦丽,阿里穆斯,谢阳姣. 中草药. 2019(01)
[10]基于EST-SSR标记的部分玉兰属植物亲缘关系分析[J]. 王型力,骆甲,姚张秀,俞芹,王亚玲,张寿洲,申亚梅. 分子植物育种. 2018(24)
博士论文
[1]利用RNA-seq技术在云南山茶中解析重要分子通路与开发多态性EST-SSR[D]. 姚秋阳.云南大学 2015
[2]牧草种子萌发对温度和水分胁迫的反应[D]. 王丽娟.内蒙古农业大学 2008
[3]内蒙古冰草种质资源遗传多样性研究[D]. 李景欣.内蒙古农业大学 2005
[4]玉蜀黍属基因组构成及玉米新种质创制研究[D]. 唐祈林.四川农业大学 2003
[5]蒙古冰草（Agropyron mongolicum Keng）的遗传多样性研究[D]. 解新明.内蒙古农业大学 2001
硕士论文
[1]水松EST-SSR分子标记开发及群体遗传变异分析[D]. 林雪莹.中南林业科技大学 2018
[2]应用孢粉学和SNP分析广西地方柑橘种质资源遗传多样性[D]. 武晓晓.广西师范大学 2018
[3]基于SSR分子标记的新麦草种质遗传多样性及群体遗传结构分析[D]. 张晨.内蒙古农业大学 2018
[4]利用EST-SSR分子标记构建小麦遗传图谱[D]. 代畅.西华师范大学 2018
[5]基于转录组信息的玫瑰SSR标记开发及野生玫瑰遗传多样性分析[D]. 夏峰梅.山东农业大学 2016
[6]饲草型小黑麦的遗传图谱构建及草产量和抗锈病相关基因的QTL定位[D]. 李冬梅.甘肃农业大学 2016
[7]老芒麦EST-SSR分子标记开发与遗传多样性分析[D]. 周强.兰州大学 2016
[8]9个居群蒙古冰草染色体倍性检测及遗传多样性SSR分析[D]. 高友汉.内蒙古农业大学 2013
[9]不同小麦品种（系）耐盐特性及RAPD初步分析[D]. 陈小梅.新疆农业大学 2013
本文编号：3422555
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/nzwlw/3422555.html
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