大别山产四种石斛的分子生物学鉴定
发布时间：2021-10-13 20:23
1目的（1）基于ITS序列分析,开发霍山石斛特异性PCR引物,用于鉴别霍山石斛、铁皮石斛和河南石斛。（2）开发霍山石斛微卫星位点,丰富霍山石斛微卫星文库内容,以期开发出一对用于鉴别霍山石斛和铜皮石斛的特异性微卫星引物,同时为后期研究霍山石斛遗传结构及其多样性提供基础。（3）基于重测序开发霍山石斛和铜皮石斛之间的SNP位点,用于鉴别霍山石斛和铜皮石斛。2方法（1）通过测序得到四种石斛的ITS序列,联合GenBank下载的序列,在BioEdit分析软件进行比对分析,利用primer5及olige6软件针对霍山石斛及其伪品铁皮石斛和河南石斛之间序列的差异位点,设计特异性引物。PCR反应,电泳检测,以筛选霍山石斛呈阳性反应（有亮带）,而铁皮石斛和河南石斛呈阴性反应（无亮带）的引物为目标引物。并进行样本验证。（2）基于微卫星位点（SSR）多态性高的特点,分别以（CT）12、（GAA）8为杂交探针,采用磁珠富集法开发霍山石斛的微卫星位点,并在开发所得的微卫星位点片段两端设计正反向引物,对霍山石斛和铜皮石斛进行PCR反应,筛选能明显区分霍山石斛和铜皮石斛的引物。（3）以铁皮石斛基因组序列为参考基因,...
【文章来源】：安徽中医药大学安徽省
【文章页数】：83 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
种石斛植株照片
大别山产四种石斛的分子生物学鉴定简约法构建的系统发育树结果表明，2 种方法构建的系统树的拓扑结构完全一致（图 1-2）。此外，在贝叶斯树中，依据 AIC 标准选取 K80+G 为序列的最适模型。在以菱唇石斛 D. leptocladum 为外类群构建的系统发育树中，霍山石斛与铁皮石斛和河南石斛的所有单倍型都各自聚为单系分支。其中，铁皮石斛和河南石斛都得到了高度的支持（BS=1.00；PP=100，BS=0.98；PP=98），而霍山石斛的自举支持度和后验概率值均相对较低（BS=0.90；PP=67）。此外，在系统发育树中，霍山石斛与河南石斛互为姐妹类群，形成并系，亲缘关系更近，而铁皮石斛与霍山石斛和河南石斛亲缘关系较远。上述结果表明，ITS 序列可以作为霍山石斛及铁皮石斛和河南石斛的鉴别条形码。
第一章 特异性 PCR 鉴别霍山石斛2.2 DNA 模板质量检测本研究利用在保守区设计的通用引物 SH-TY1s/SH-TY1a 对所提取的样品DNA 进行 PCR 扩增检测。反应总体系为 25 μL，包括 DNA 模板 0.5 μL，上游引物SH-TY1s和下游引物SH-TY1a各1 μL（10 pmol），10 ×PCR Buffer 2.5 μL，MgCl2（25 mmol·L-1）1.5 μL，dNTPs（10 mmol·L-1）0.5 μL，Taq DNApolymerase（5 u/μL）0.5 μL，ddH2O 17.5 μL。结果可见图 1-3。
【参考文献】：
期刊论文
[1]石斛SSR标记的开发及可转移性分析[J]. 邱道寿,郑希龙,蔡时可,郑锦荣,罗焕明,张蕾,邓瑞云,李武,刘晓津. 植物科学学报. 2013(05)
[2]基于ITS、Nadintron2和psbA-trnH序列探讨霍山石斛的分类位置[J]. 李国良,张建霞,曾宋君,吴坤林,段俊. 广东农业科学. 2013(13)
[3]红外光谱法在石斛鉴别中的应用研究进展[J]. 罗聪佩,何涛,淳泽. 应用与环境生物学报. 2013(03)
[4]霍山石斛资源与鉴定研究进展[J]. 陈存武,戴军,姚厚军,韩邦兴,陈乃富. 现代中药研究与实践. 2013(03)
[5]珍稀细茎石斛LEAFY同源基因的克隆及在石斛药材鉴定中的意义[J]. 邢文瑞,侯北伟,管婧姣,罗晶,丁小余. 药学学报. 2013(04)
[6]铁皮石斛及其混伪品的rDNA ITS序列分析与鉴别[J]. 张蕾,邱道寿,蔡时可,邓瑞云,罗焕明,刘晓津. 安徽农业科学. 2013(07)
[7]SNP分子标记的研究及其应用进展[J]. 唐立群,肖层林,王伟平. 中国农学通报. 2012(12)
[8]铁皮石斛种质资源研究中的DNA条形码初探[J]. 姚领爱,胡之璧,郑志仁,周吉燕,王莉莉,化海霞,黎万奎. 上海农业学报. 2012(01)
[9]EST-SSR标记的开发及其在木本植物中的分布特点[J]. 许玉兰,蔡年辉,康向阳,张瑞丽,王大玮,何承忠,段安安. 中国农学通报. 2012(04)
[10]道地药材霍山石斛及其相似种的分子鉴定[J]. 刘明珍,陈乃富,刘秀珍,邓辉,李耀亭,何祥林. 生物学杂志. 2009(05)
硕士论文
[1]利用微卫星标记分析球花石斛的遗传多样性并鉴定其药材的地理来源[D]. 袁英惠.南京师范大学 2011
本文编号：3435347
【文章来源】：安徽中医药大学安徽省
【文章页数】：83 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
种石斛植株照片
大别山产四种石斛的分子生物学鉴定简约法构建的系统发育树结果表明，2 种方法构建的系统树的拓扑结构完全一致（图 1-2）。此外，在贝叶斯树中，依据 AIC 标准选取 K80+G 为序列的最适模型。在以菱唇石斛 D. leptocladum 为外类群构建的系统发育树中，霍山石斛与铁皮石斛和河南石斛的所有单倍型都各自聚为单系分支。其中，铁皮石斛和河南石斛都得到了高度的支持（BS=1.00；PP=100，BS=0.98；PP=98），而霍山石斛的自举支持度和后验概率值均相对较低（BS=0.90；PP=67）。此外，在系统发育树中，霍山石斛与河南石斛互为姐妹类群，形成并系，亲缘关系更近，而铁皮石斛与霍山石斛和河南石斛亲缘关系较远。上述结果表明，ITS 序列可以作为霍山石斛及铁皮石斛和河南石斛的鉴别条形码。
第一章 特异性 PCR 鉴别霍山石斛2.2 DNA 模板质量检测本研究利用在保守区设计的通用引物 SH-TY1s/SH-TY1a 对所提取的样品DNA 进行 PCR 扩增检测。反应总体系为 25 μL，包括 DNA 模板 0.5 μL，上游引物SH-TY1s和下游引物SH-TY1a各1 μL（10 pmol），10 ×PCR Buffer 2.5 μL，MgCl2（25 mmol·L-1）1.5 μL，dNTPs（10 mmol·L-1）0.5 μL，Taq DNApolymerase（5 u/μL）0.5 μL，ddH2O 17.5 μL。结果可见图 1-3。
【参考文献】：
期刊论文
[1]石斛SSR标记的开发及可转移性分析[J]. 邱道寿,郑希龙,蔡时可,郑锦荣,罗焕明,张蕾,邓瑞云,李武,刘晓津. 植物科学学报. 2013(05)
[2]基于ITS、Nadintron2和psbA-trnH序列探讨霍山石斛的分类位置[J]. 李国良,张建霞,曾宋君,吴坤林,段俊. 广东农业科学. 2013(13)
[3]红外光谱法在石斛鉴别中的应用研究进展[J]. 罗聪佩,何涛,淳泽. 应用与环境生物学报. 2013(03)
[4]霍山石斛资源与鉴定研究进展[J]. 陈存武,戴军,姚厚军,韩邦兴,陈乃富. 现代中药研究与实践. 2013(03)
[5]珍稀细茎石斛LEAFY同源基因的克隆及在石斛药材鉴定中的意义[J]. 邢文瑞,侯北伟,管婧姣,罗晶,丁小余. 药学学报. 2013(04)
[6]铁皮石斛及其混伪品的rDNA ITS序列分析与鉴别[J]. 张蕾,邱道寿,蔡时可,邓瑞云,罗焕明,刘晓津. 安徽农业科学. 2013(07)
[7]SNP分子标记的研究及其应用进展[J]. 唐立群,肖层林,王伟平. 中国农学通报. 2012(12)
[8]铁皮石斛种质资源研究中的DNA条形码初探[J]. 姚领爱,胡之璧,郑志仁,周吉燕,王莉莉,化海霞,黎万奎. 上海农业学报. 2012(01)
[9]EST-SSR标记的开发及其在木本植物中的分布特点[J]. 许玉兰,蔡年辉,康向阳,张瑞丽,王大玮,何承忠,段安安. 中国农学通报. 2012(04)
[10]道地药材霍山石斛及其相似种的分子鉴定[J]. 刘明珍,陈乃富,刘秀珍,邓辉,李耀亭,何祥林. 生物学杂志. 2009(05)
硕士论文
[1]利用微卫星标记分析球花石斛的遗传多样性并鉴定其药材的地理来源[D]. 袁英惠.南京师范大学 2011
本文编号：3435347
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/nzwlw/3435347.html
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