玉米穗发芽突变体vp-like8的转录组分析

发布时间：2021-11-25 09:42

　　[目的]玉米穗发芽严重影响作物产量与品质,本研究通过分析玉米穗发芽突变体（viviparous）vp-like8与野生型在转录水平上的差异,探索玉米穗发芽相关基因调控网络,深入解析玉米穗发芽发生的分子机制。[方法]对本实验室发现的玉米穗发芽突变体vp-like8的杂合体分别与自交系Mo17和Zheng58杂交,然后再自交,随机选取具有穗发芽表型的F2果穗,发芽籽粒和正常籽粒各取40粒,剥除种皮,分别混池Mo17背景的突变体（Mo17_mut）和野生型（Mo17_wt）,Zheng58背景的突变体（Zheng58_mut）和野生型（Zheng58_wt）等4份试验样品,利用转录组测序技术（RNA-Seq）,借助生物信息学手段,对野生型和突变体进行比较转录组分析。[结果]在vp-like8突变体中,共筛选到2750个差异表达基因,其中1 812个基因在突变体中上调表达,938个下调表达。GO（Gene ontology）功能富集分析和KEGG代谢通路富集分析发现,差异基因主要富集在代谢途径（Metabolic ... 

【文章来源】：山西农业大学学报(自然科学版). 2020,40(03)北大核心

【文章页数】：12 页

【部分图文】：

差异表达基因的GO分类

qRT-PCR验证随机挑选的DEGs

利用IGV验证read counts结果

【参考文献】：
期刊论文
[1]玉米穗发芽突变体vp-like8的遗传分析及突变基因鉴定[J]. 王瑞,陈阳松,孙明昊,张秀艳,杜依聪,郑军.  作物学报. 2019(05)
[2]水稻制种中杂交种子穗发芽生理特性研究[J]. 廖泳祥,黄静,高梅,李东,薛晶晶,张红宇,徐培洲,吴先军.  核农学报. 2009(05)
[3]葡萄糖和ABA对小麦胚萌发过程中α-淀粉酶表达的调控[J]. 孙果忠,张秀英,闫长生,肖世和.  华北农学报. 2009(01)
[4]作物种子穗发芽研究现状[J]. 王小春,杨文钰.  种子. 2003(04)
[5]小麦穗发芽抗性机理与遗传研究[J]. 张海峰,卢荣禾.  作物学报. 1993(06)

博士论文
[1]转录组测序数据分析在玉米籽粒功能基因挖掘中的应用[D]. 何骋.中国农业大学 2017



本文编号：3517881