芝麻主要农艺性状的全基因组关联分析
发布时间：2021-12-29 04:34
芝麻（Sesamum indicum L.,2n=26）属胡麻科胡麻属,是我国重要的油料作物之一。它不仅含有大量的脂肪和蛋白质,还富含各种抗氧化物质和矿物质元素,被广泛应用于食品加工、医疗保健和抗衰老等方面。本研究以选自核心种质的366份具有代表性的芝麻种质为样本,利用 SALF-seq（Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing）技术测序获得89,924个分布于整个基因组的SNP标记,评估366份芝麻样本的群体结构、遗传多样性及连锁不平衡水平;利用44,109个SNP标记对363份芝麻样本的主要农艺性状和耐渍性状进行全基因组关联分析,发掘优异等位变异,为芝麻的种质改良和品种选育提供基础信息。具体研究内容和结果如下:1.366份芝麻样本的遗传变异分析。通过SLAF-seq方法对366份芝麻样本进行简化基因组测序并开发了 89,924个分布于整个基因组上的SNP标记,平均密度为2.67 kb/SNP;群体结构分析表明366份样本可划分为3个亚群（Pop 1、Pop 2和Mixed）;主成分分析（PCA）和进化树分析结果进一步验证了 3个亚群的...
【文章来源】：南京农业大学江苏省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：168 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
图２－１?３６６份芝麻种质资源的地理分布??Ａ：?３６６份芝麻样本分布于１２个国家，红点代表芝麻样本的地理位置
图２－３?ＳＮＰｓ在芝麻１３条连锁群上的分布情况
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【参考文献】：
期刊论文
[1]基于表型和SSR分子标记构建芝麻核心种质[J]. 刘艳阳,梅鸿献,杜振伟,武轲,郑永战,崔向华,郑磊. 中国农业科学. 2017(13)
[2]转异质型ACCase复合基因对油菜含油量的影响[J]. 王伏林,吴关庭,郎春秀,刘仁虎. 分子植物育种. 2017(03)
[3]芝麻种质资源成株期抗旱性关联分析[J]. 刘文萍,吕伟,黎冬华,任果香,张艳欣,文飞,韩俊梅,张秀荣. 中国农业科学. 2017(04)
[4]植物关联分析方法的研究进展[J]. 冯建英,温阳俊,张瑾,章元明. 作物学报. 2016(07)
[5]野生和栽培芝麻种子品质性状及近红外光谱分析[J]. 刘艳阳,汪红,芦海灵,梅鸿献,郑永战. 河南农业科学. 2014(05)
[6]植物细胞色素P450的研究进展[J]. 汪思远,蒋世翠,王康宇,王义,张美萍. 吉林蔬菜. 2014(04)
[7]芝麻耐湿性QTL定位及优异耐湿基因资源挖掘[J]. 张艳欣,王林海,黎冬华,高媛,吕海霞,张秀荣. 中国农业科学. 2014(03)
[8]Association Analysis for Quality Traits in a Diverse Panel of Chinese Sesame（Sesamum indicum L.）Germplasm[J]. Wenliang Wei,Yanxin Zhang,Haixia Lü,Donghua Li,Linhai Wang,Xiurong Zhang. Journal of Integrative Plant Biology. 2013(08)
[9]芝麻核心种质株高构成相关性状的遗传变异及关联定位[J]. 丁霞,王林海,张艳欣,黎冬华,高媛,危文亮,王蕾,张秀荣. 中国油料作物学报. 2013(03)
[10]芝麻耐旱性的鉴定方法及关联分析[J]. 黎冬华,刘文萍,张艳欣,王林海,危文亮,高媛,丁霞,王蕾,张秀荣. 作物学报. 2013(08)
本文编号：3555410
【文章来源】：南京农业大学江苏省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：168 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
图２－１?３６６份芝麻种质资源的地理分布??Ａ：?３６６份芝麻样本分布于１２个国家，红点代表芝麻样本的地理位置
图２－３?ＳＮＰｓ在芝麻１３条连锁群上的分布情况
性状的全雒因组关联分析???Ａ?Ｂ??－８６００００?ｃ?兔?７〇〇〇??〇?°?６０００?＼??－８８００００?°?＼??５０００?＼??§?－９０００００?°?４０００?＼??３?＿?。?＇。。。?＼??－９２００００?＼??２０００?＼??－９４００００?１〇〇〇?＼??－９６００００?°?〇?＾?＾?＊??２?４?６?８?１０￣￣?—２?３?４?５?６?７?８?９＿??■■■ｉｉ??Ａｃｃｅｓｓｉｏｎｓ??图２－４?３６６份芝麻资源群体结构分析??（Ａ）夂值由１到１０时对应的值。（Ｂ）的变化图。??（Ｃ）尤＝２时的分群示意图，红色代表Ｐｏｐｌ，绿色代表Ｐｏｐ２??Ｆｉｇｕｒｅ?２－４?Ａｎａｌｙｓｉｓ?ｏｆ?ｔｈｅ?ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ?ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ?ｏｆ?３６６?ｓｅｓａｍｅ?ａｃｃｅｓｓｉｏｎｓ?ｂｙ?ＳＴＲＵＣＴＵＲＥ??（Ａ）?Ｅｓｔｉｍａｔｅｄ?ＬｎＰ（Ｄ）?ｏｆ?ｐｏｓｓｉｂｌｅ?ｃｌｕｓｔｅｒｓ?（Ｋ）?ｆｒｏｍ?１?ｔｏ?１０；?（Ｂ）?ＡＫ?ｂａｓｅｄ?ｏｎ?ｔｈｅ?ｒａｔｅ?ｏｆ?ｃｈａｎｇｅ?ｏｆ??ＬｎＰ（Ｄ）?ｂｅｔｗｅｅｎ?ｓｕｃｃｅｓｓｉｖｅ?Ｋ＼?（Ｃ）?Ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ?ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ?ｂａｓｅｄ?ｏｎ?＝?２．?Ａ?ｇｉｖｅｎ?ｇｒｏｕｐ?ｉｓ?ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｅｄ：??Ｒｅｄ，?Ｐｏｐ?１；?Ｇｒｅｅｎ，?Ｐｏｐ?２．??通过分析群体Ｑ值表明大部分材料遗传背景混杂，因此将Ｑ?２?７０％的样本划入对??应的亚群，剩余样本划分为混合群，最终，３６６份样本共划为分３个亚群，分别为：??亚群１?（Ｐｏｐｌ
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于表型和SSR分子标记构建芝麻核心种质[J]. 刘艳阳,梅鸿献,杜振伟,武轲,郑永战,崔向华,郑磊. 中国农业科学. 2017(13)
[2]转异质型ACCase复合基因对油菜含油量的影响[J]. 王伏林,吴关庭,郎春秀,刘仁虎. 分子植物育种. 2017(03)
[3]芝麻种质资源成株期抗旱性关联分析[J]. 刘文萍,吕伟,黎冬华,任果香,张艳欣,文飞,韩俊梅,张秀荣. 中国农业科学. 2017(04)
[4]植物关联分析方法的研究进展[J]. 冯建英,温阳俊,张瑾,章元明. 作物学报. 2016(07)
[5]野生和栽培芝麻种子品质性状及近红外光谱分析[J]. 刘艳阳,汪红,芦海灵,梅鸿献,郑永战. 河南农业科学. 2014(05)
[6]植物细胞色素P450的研究进展[J]. 汪思远,蒋世翠,王康宇,王义,张美萍. 吉林蔬菜. 2014(04)
[7]芝麻耐湿性QTL定位及优异耐湿基因资源挖掘[J]. 张艳欣,王林海,黎冬华,高媛,吕海霞,张秀荣. 中国农业科学. 2014(03)
[8]Association Analysis for Quality Traits in a Diverse Panel of Chinese Sesame（Sesamum indicum L.）Germplasm[J]. Wenliang Wei,Yanxin Zhang,Haixia Lü,Donghua Li,Linhai Wang,Xiurong Zhang. Journal of Integrative Plant Biology. 2013(08)
[9]芝麻核心种质株高构成相关性状的遗传变异及关联定位[J]. 丁霞,王林海,张艳欣,黎冬华,高媛,危文亮,王蕾,张秀荣. 中国油料作物学报. 2013(03)
[10]芝麻耐旱性的鉴定方法及关联分析[J]. 黎冬华,刘文萍,张艳欣,王林海,危文亮,高媛,丁霞,王蕾,张秀荣. 作物学报. 2013(08)
本文编号：3555410
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