五个偃麦草属物种WRKY、SnRK2基因家族分析
发布时间：2022-01-02 13:48
偃麦草属（Thinopyrum）是禾本科小麦族（Triticeae）中的一个属,为多年生重要的麦类近缘物种,具有许多优良的抗病（白粉病、锈病）、抗旱和耐盐碱等基因,为小麦外源优异基因的利用提供了基础。WRKY基因家族和SnRK2基因家族在植物中普遍存在,对生物胁迫和非生物胁迫方面起着作用。本研究利用偃麦草属五个物种的转录组数据,通过生物信息学的方法从中挖掘五个物种WRKY、SnRK2基因家族的成员,进而为小麦抗逆基因的挖掘研究奠定基础。本研究的主要结果如下:1.转录组测序与组装:利用转录组测序技术对中间偃麦草（Thinopyrum intermediu m）、长穗偃麦草（Th.Elongatum）、十倍体长穗偃麦草（Th.Ponticum）、假鹅观草（Pseudoroegneria strigosa）和百萨偃麦草（Th.bessarabicum）进行测序最终得到转录本数都高达七万条,N50的长度均在1000bp以上。2.WRKY基因家族生物信息学分析:（1）序列搜索与鉴定:以植物组基因数据库下载WRKY基因家族鉴定出的基因,对其WRKY蛋白结构域的核心序列WRKYGQK和锌指结构进行比...
【文章来源】：山东农业大学山东省
【文章页数】：76 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
二代建库测序流程图
图 2 WRKY基因家族成员鉴定Fig. 2 Identification of WRKY gene family members因家族蛋白结构分析化性质分析可知，在 WRKY 基因家族中五个物种绝大部分表现蛋白；绝大部分蛋白稳定性指数大于 40，为不稳定性蛋白，五个物种的相对分子质量也较小。级结构分析sWRKY 中 α-螺旋的比例在 12.95%~34.02%之间，无规53% 范 围 内 ； 长 穗 偃 麦 草 TeWRKY 中 α- 螺 ，无规则卷曲的比例介于 36.52%~66.54%范围内；百例在 10.63%~42.88%，无规则卷曲的比例在 38.11% α-螺旋比例介于 9.86%~36.36%范围内，无规则
图 4 TbWRKY蛋白序列比对和保守结构域分析Fig 4. TbWRKY protein multiple sequence alignment and conserved domain analysis在二倍体长穗偃麦草 TeWRKY 中 WRKY 家族成员 WRKY 保守结构域的核心序 一 些 变 异 类 型 如 ： WRKYGKK （ TeWRKY14 、 TeWRKY17 、 TeWRKY28eWRKY29、TeWRKY33），WRKYGEK（TeWRKY15、TeWRKY19）GoupⅠ中鉴定 个成员；Group Ⅱ中Ⅱa 有 1 个成员，Ⅱb有 2 个成员，Ⅱc有 10 个，Ⅱd 有 2 个，有 1 个成员；Group Ⅲ发现有 10 个成员，其中 TeWRKY32 和 TeWRKY33 没有完整指结构（图 5）。WRKY保守结构域WRKYGQK 变异类型 锌指结构
【参考文献】：
期刊论文
[1]转录因子BES1/BZR1调控植物生长发育及抗逆性[J]. 于好强,孙福艾,冯文奇,路风中,李晚忱,付凤玲. 遗传. 2019(03)
[2]辣椒bZIP家族基因的鉴定与表达分析[J]. 魏瑞敏,郑井元,刘峰,马艳青,李雪峰,杨博智,邹学校,谢玲玲,戴雄泽. 园艺学报. 2018(08)
[3]小麦-十倍体长穗偃麦草抗白粉病新种质的鉴定与分析[J]. 任翠翠,高晓慧,宋杰,李小军,茹振钢. 分子植物育种. 2018(08)
[4]抗条锈病、耐盐小麦-十倍体长穗偃麦草5J（E）二体异附加系的分子细胞学鉴定[J]. 朱晨,王艳珍,陈春环,王长有,吉万全. 农业生物技术学报. 2017(05)
[5]小麦近缘属野生植物抗赤霉病及远缘杂交技术研究进展[J]. 袁谦,甄士聪,赵永涛,张锋,张中州. 大麦与谷类科学. 2016(04)
[6]植物转录因子MYB基因家族的研究进展[J]. 牛义岭,姜秀明,许向阳. 分子植物育种. 2016(08)
[7]普通烟草WRKY基因家族的鉴定及表达分析[J]. 向小华,吴新儒,晁江涛,杨明磊,杨帆,陈果,刘贯山,王元英. 遗传. 2016(09)
[8]测序技术的研究进展及三代测序的应用[J]. 乌日拉嘎,徐海燕,冯淑贞,孙志宏,孟和毕力格,张和平. 中国乳品工业. 2016(04)
[9]乌拉尔图小麦WRKY转录因子的筛选与分析[J]. 马建辉,张黛静,高小龙,邵云,姜丽娜. 作物学报. 2015(06)
[10]小麦族植物的分类现状及主要存在的问题[J]. 刘玉萍,苏旭,陈克龙,拉本,柯君. 生物学杂志. 2013(02)
博士论文
[1]小麦—长穗偃麦草杂种后代的分子细胞遗传学分析及种质材料的筛选鉴定[D]. 何方.山东农业大学 2014
[2]基于第二代测序的转录组组装软件比较研究[D]. 卢戌.兰州大学 2013
[3]SET基因家族的分子进化机制和基于RNA-Seq技术的拟南芥花转录组学研究[D]. 张亮生.复旦大学 2012
硕士论文
[1]基于转录组的五个小麦族物种NBS基因家族系统进化分析[D]. 董新娟.山东农业大学 2018
[2]普通小麦—长穗偃麦草衍生后代的分子细胞遗传学研究[D]. 王小华.西北农林科技大学 2015
[3]百萨偃麦草4J染色体物理作图与蓝粒基因精细定位[D]. 浦静.南京农业大学 2014
[4]小麦族St基因组植物分子系统发育与分类[D]. 李晓涛.河南农业大学 2011
[5]普通小麦—百萨偃麦草4J、5J异染色体系的选育与分子标记分析[D]. 达瓦顿珠.南京农业大学 2009
本文编号：3564288
【文章来源】：山东农业大学山东省
【文章页数】：76 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
二代建库测序流程图
图 2 WRKY基因家族成员鉴定Fig. 2 Identification of WRKY gene family members因家族蛋白结构分析化性质分析可知，在 WRKY 基因家族中五个物种绝大部分表现蛋白；绝大部分蛋白稳定性指数大于 40，为不稳定性蛋白，五个物种的相对分子质量也较小。级结构分析sWRKY 中 α-螺旋的比例在 12.95%~34.02%之间，无规53% 范 围 内 ； 长 穗 偃 麦 草 TeWRKY 中 α- 螺 ，无规则卷曲的比例介于 36.52%~66.54%范围内；百例在 10.63%~42.88%，无规则卷曲的比例在 38.11% α-螺旋比例介于 9.86%~36.36%范围内，无规则
图 4 TbWRKY蛋白序列比对和保守结构域分析Fig 4. TbWRKY protein multiple sequence alignment and conserved domain analysis在二倍体长穗偃麦草 TeWRKY 中 WRKY 家族成员 WRKY 保守结构域的核心序 一 些 变 异 类 型 如 ： WRKYGKK （ TeWRKY14 、 TeWRKY17 、 TeWRKY28eWRKY29、TeWRKY33），WRKYGEK（TeWRKY15、TeWRKY19）GoupⅠ中鉴定 个成员；Group Ⅱ中Ⅱa 有 1 个成员，Ⅱb有 2 个成员，Ⅱc有 10 个，Ⅱd 有 2 个，有 1 个成员；Group Ⅲ发现有 10 个成员，其中 TeWRKY32 和 TeWRKY33 没有完整指结构（图 5）。WRKY保守结构域WRKYGQK 变异类型 锌指结构
【参考文献】：
期刊论文
[1]转录因子BES1/BZR1调控植物生长发育及抗逆性[J]. 于好强,孙福艾,冯文奇,路风中,李晚忱,付凤玲. 遗传. 2019(03)
[2]辣椒bZIP家族基因的鉴定与表达分析[J]. 魏瑞敏,郑井元,刘峰,马艳青,李雪峰,杨博智,邹学校,谢玲玲,戴雄泽. 园艺学报. 2018(08)
[3]小麦-十倍体长穗偃麦草抗白粉病新种质的鉴定与分析[J]. 任翠翠,高晓慧,宋杰,李小军,茹振钢. 分子植物育种. 2018(08)
[4]抗条锈病、耐盐小麦-十倍体长穗偃麦草5J（E）二体异附加系的分子细胞学鉴定[J]. 朱晨,王艳珍,陈春环,王长有,吉万全. 农业生物技术学报. 2017(05)
[5]小麦近缘属野生植物抗赤霉病及远缘杂交技术研究进展[J]. 袁谦,甄士聪,赵永涛,张锋,张中州. 大麦与谷类科学. 2016(04)
[6]植物转录因子MYB基因家族的研究进展[J]. 牛义岭,姜秀明,许向阳. 分子植物育种. 2016(08)
[7]普通烟草WRKY基因家族的鉴定及表达分析[J]. 向小华,吴新儒,晁江涛,杨明磊,杨帆,陈果,刘贯山,王元英. 遗传. 2016(09)
[8]测序技术的研究进展及三代测序的应用[J]. 乌日拉嘎,徐海燕,冯淑贞,孙志宏,孟和毕力格,张和平. 中国乳品工业. 2016(04)
[9]乌拉尔图小麦WRKY转录因子的筛选与分析[J]. 马建辉,张黛静,高小龙,邵云,姜丽娜. 作物学报. 2015(06)
[10]小麦族植物的分类现状及主要存在的问题[J]. 刘玉萍,苏旭,陈克龙,拉本,柯君. 生物学杂志. 2013(02)
博士论文
[1]小麦—长穗偃麦草杂种后代的分子细胞遗传学分析及种质材料的筛选鉴定[D]. 何方.山东农业大学 2014
[2]基于第二代测序的转录组组装软件比较研究[D]. 卢戌.兰州大学 2013
[3]SET基因家族的分子进化机制和基于RNA-Seq技术的拟南芥花转录组学研究[D]. 张亮生.复旦大学 2012
硕士论文
[1]基于转录组的五个小麦族物种NBS基因家族系统进化分析[D]. 董新娟.山东农业大学 2018
[2]普通小麦—长穗偃麦草衍生后代的分子细胞遗传学研究[D]. 王小华.西北农林科技大学 2015
[3]百萨偃麦草4J染色体物理作图与蓝粒基因精细定位[D]. 浦静.南京农业大学 2014
[4]小麦族St基因组植物分子系统发育与分类[D]. 李晓涛.河南农业大学 2011
[5]普通小麦—百萨偃麦草4J、5J异染色体系的选育与分子标记分析[D]. 达瓦顿珠.南京农业大学 2009
本文编号：3564288
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/nzwlw/3564288.html
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