贵州茶树的遗传多样性分析研究

发布时间：2022-01-03 04:23

　　茶树是世界范围重要的饮料作物,具有重要的经济价值。贵州作为茶树的核心起源地,因其特殊的地理位置具有丰富的茶树资源。目前贵州已成茶叶大省,茶园面积和茶叶产量均居世界前茅,但在品种创新和种质资源保护上亟待加强以支撑贵州由茶叶大省到茶叶强省的转变,茶树种质资源的遗传多样性分析将为贵州茶树种质资源的保护利用提供相应的理论基础。本研究通过高通量RNA-Seq（转录组测序）技术获得大量贵州茶树的转录组序列,以这些转录组序列为基础进行茶树单核苷酸多态性（SNP）鉴定,对贵州茶树地方品种种质资源进行了遗传多样性分析。主要研究结果如下:贵州省9个市州的51份茶树品种通过高通量RNA-Seq技术,总共获得了519.26Gb碱基序列,在不同茶树基因型中共发现659,161个SNP位点,SNP平均发生频率为1 SNP/4.58kb,其中,转换（A/G,C/T）类型分别占所有检测到SNP的34%左右,颠换（A/T,G/T,A/C,C/G）类型的比例在7%-8.5%之间。茶树样品间遗传相似系数在0.49-0.96之间,采用UPGMA法绘制品种聚类树可将51份样本材料划分为14类,反映出这些茶叶品种间亲缘关系的远近... 

【文章来源】：贵州师范大学贵州省

【文章页数】：57 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 绪论
    1.1 茶树起源分布及贵州茶树种质资源在茶产业中的地位
        1.1.1 茶树起源分布
        1.1.2 贵州茶树种质资源在茶产业中的地位
    1.2 茶树遗传多样性研究进展
        1.2.1 基于形态标记的茶树遗传多样性研究进展
        1.2.2 基于生化成分标记的茶树遗传多样性研究进展
        1.2.3 基于细胞学标记的茶树遗传多样性研究进展
    1.3 分子标记技术在茶树遗传多样性研究中的应用
        1.3.1 分子标记概述
        1.3.2 分子标记的类型
        1.3.3 分子标记技术在茶树遗传多样性研究中的应用
    1.4 现代测序技术的发展
        1.4.1 第一代测序技术的发展
        1.4.2 第二代测序技术的发展
        1.4.3 第三代测序技术的发展
    1.5 转录组测序技术在茶树遗传多样性研究中的应用
        1.5.1 转录组测序技术的概述
        1.5.2 论文用到的转录组测序分析的生物信息学软件
        1.5.3 转录组测序技术在茶树遗传多样性分析中的应用
    1.6 本文的技术路线
    1.7 研究内容和论文结构
第二章 茶树转录组测序及分析
    2.1 样品来源和总RNA提取
        2.1.1 样品来源
        2.1.2 总RNA提取
    2.2 文库构建和测序
        2.2.1 文库构建
        2.2.2 测序和序列质量控制
    2.3 测序数据比对到参考基因组
第三章 茶树SNP检测及分析
    3.1 基于RNA-SEQ的茶树SNP检测流程
        3.1.1 SNP的检测
        3.1.2 SNP的GO分析
    3.2 SNP分析结果
        3.2.1 SNP的类型及数目
        3.2.2 SNP的分布
        3.2.3 SNP的功能效应
        3.2.4 SNP的GO注释
        3.2.5 讨论
第四章 贵州茶树种质资源的遗传多样性评价
    4.1 数据处理
    4.2 贵州茶树品种间的SNP分析
    4.3 贵州茶树种质资源的遗传相似性分析
    4.4 贵州茶树种质资源的聚类分析
    4.5 讨论
第五章 总结与展望
    5.1 总结
    5.2 展望
参考文献
致谢
攻读硕士期间发表的论文
附录


【参考文献】：
期刊论文
[1]番木瓜果实转录组数据组装及基因功能注释[J]. 蒋边,潘嘉琪,叶柳清,陆丽施,袁长春,刘锴栋.  分子植物育种. 2018(21)
[2]应用SNP标记分析24份烟草品种的遗传多样性[J]. 张剑锋,罗朝鹏,何声宝,金静静,李泽锋,许亚龙,谢小东,魏攀,王燃,杨军.  烟草科技. 2017(11)
[3]四球茶转录组SSR位点信息分析[J]. 黎瑞源,邢辉,申铁.  安徽农业大学学报. 2017(04)
[4]福建省53份茶树种质资源遗传多样性ISSR分析[J]. 朱晨,张舒婷,常笑君,王仲,许长同,张梓浩,林玉玲,赖钟雄,郭玉琼.  热带作物学报. 2017(07)
[5]鸟王茶转录组中SSR位点信息分析[J]. 刘江涛,曹烁,黎瑞源,申铁.  贵州师范大学学报(自然科学版). 2017(03)
[6]基于高通量测序的发芽苦荞转录组学研究[J]. 陈春旭,李琦,郭元新,杜传来,丁志刚.  生物技术通报. 2016(07)
[7]黔南60份茶树种质资源遗传多样性的SSR分析[J]. 张明泽,姚玉仙,陈世军.  西北植物学报. 2016(06)
[8]基于茶树芽叶转录组序列的EST-SSR分布特征研究[J]. 陈琪,杨华,韦朝领,张正竹,宛晓春.  安徽农业大学学报. 2016(02)
[9]新一代测序技术的发展和应用[J]. 田李,张颖,赵云峰.  生物技术通报. 2015(11)
[10]基于RNA-Seq技术的“紫娟”茶树转录组分析[J]. 陈林波,夏丽飞,周萌,宋维希,李晓霞,焉文光,梁名志.  分子植物育种. 2015(10)

博士论文
[1]马铃薯种质资源遗传多样性研究及块茎性状的全基因组关联分析[D]. 王舰.中国农业大学 2017
[2]我国籼稻品种遗传结构与多样性的SNP分析[D]. 徐群.中国农业科学院 2016
[3]基于EST数据库和转录组测序的茶树DNA分子标记开发与应用研究[D]. 王丽鸳.中国农业科学院 2011
[4]广东茶树种质遗传多样性的形态和分子评价及其亲缘关系研究[D]. 沈程文.湖南农业大学 2007
[5]茶组植物的分子系统学研究[D]. 陈亮.浙江大学 2002

硕士论文
[1]基于SRAP、SSR标记的辣椒种质遗传多样性分析与核心种质构建[D]. 吴茵.江西农业大学 2017
[2]基于RNA-Seq的小麦产量性状全基因组关联分析[D]. 李洪娜.山东农业大学 2017
[3]我国茶树优良品种遗传多样性分析及指纹图谱构建[D]. 黄丹娟.中国农业科学院 2016
[4]杨树干旱响应转录组测序分析[D]. 欧佳佳.南京林业大学 2015
[5]我国茶树地方品种遗传多样性及人为选择影响的研究[D]. 姜燕华.中国农业科学院 2010
[6]中国茶树核心种质的初步构建及其RAPD分析[D]. 李娟.安徽农业大学 2004



本文编号：3565562