利用高基元SSR分析中国糜子资源的遗传多样性
发布时间：2022-01-08 07:19
在本研究中,利用转录组测序所得的丰富数据来挖掘糜子基因组的特异性SSR标记,同时对来自不同生态区的糜子资源进行多样性研究,旨在为日后糜子分子水平的研究提供更多SSR分子标记作为有力的工具,更为日后糜子优良品种的筛选提供一定的借鉴。本次试验选用来自6大糜子生态区15个省（自治区）的96份糜子资源作为试材,首先对其进行表型多样性分析,然后对转录组测序所获得的四、五和六碱基重复的151个SSR标记序列设计特异性引物并选用6份地域差异较远的糜子品种进行筛选,利用筛选出的85对SSR引物对96个糜子品种进行遗传多样性分析。主要的分析结果如下:1.调查了 96份糜子资源的7个农艺性状,其中其中变异系数最高的是分蘖数为42.19%,最低是叶长为18.21%,shannon指数最高的是株高为2.08,最低的是叶长为1.78。通过对糜子进行相关性分析、主成分分析和利用隶属函数对96个糜子品种进行综合分析发现来自甘肃省榆中县的18号榆中黄糜的值最高为0.738,因而其综合评价最好;来自山西孝义市的黄糜子值最低为0.231,其综合评价最低。对96个糜子进行聚类分析,分为四大类,第一类群的糜子品种株高较高,穗...
【文章来源】：山西农业大学山西省
【文章页数】：79 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图２．１?７个表型性状隶属值分布??Ｆｉｇ．２．１?Ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ?ｄｉａｇｒａｍ?ｏｆ?ｓｕｂｏｒｄｉｎａｔｅ?ｆｕｎｃｔｉｏｎ?ｖａｌｕｅ?ｏｆ?ｓｅｖｅｎ?
３．４结果与分析??３．４．１模板ＤＮＡ的检测??本次试验所提取的ＤＮＡ，经过琼脂糖凝胶电泳检测其纯度和片段大小，如图３．１??所示，条带都比较明亮且没有出现特别明显的拖尾，且条带基本出现在了预期的位置，??利用超微量紫外分光光度计，测其浓度及ＯＤ值，结果表明：浓度均在１５０－３００ｎｇ＾Ｌ??之间，Ａ２６０／２８００Ｄ值为１．７－１．９，Ａ２６０／２３００Ｄ值大于２。提取的模板ＤＮＡ质量较好，??满足下一步ＰＣＲ扩增要求。??Ｉ??图３．１部分糜子ＤＮＡ电泳图??Ｆｉｇ．３．１?Ｔｈｅ?ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ?ｏｆ?ｇｅｎｏｍｉｃ?ＤＮＡ?ｏｆ?ｐａｒｔｉａｌ?ｃｏｍｍｏｎ?ｍｉｌｌｅｔ?ｓａｍｐｌｅ??３．４．２?ＰＣＲ反应体系的建立和优化结果??经过一系列的试验，最终确立比较适宜糜子ＰＣＲ扩增程序为：预变性９４°Ｃ５ｍｉｍ??变性９４°Ｃ?４５ｓ，退火Ｔｍ５０ｓ，延伸７２°Ｃ?ｌｍｉｎ，共３８个循环；后延伸７２°Ｃ?ｌＯｍｉｎ；??反应体系成份为：ｌ〇ｘｂｕｆｆｅｒ２＾Ｌ，?ｄＮＴＰｓｌ．８＾Ｌ，Ｔａｑ聚合酶０却Ｌ，前后引物各０．６私，??ｄｄＨ２０?１３加Ｌ，ＤＮＡ模版１疝，总体积２０吣。如下图３．２和图３．３，是体系优化前后??对比的对比。??结果表明：采用优化后ＰＣＲ扩增程序时
图３．２?ＰＣＲ条件优化前??Ｆｉｇ．３．２?ＰＣＲ?ｃｏｎｄｉｔｉｏｎｓ?ｂｅｆｏｒｅ?ｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ??图３．３?ＰＣＲ条件优化后??Ｆｉｇ．３．３?ＰＣＲ?ｃｏｎｄｉｔｉｏｎｓ?ａｆｔｅｒ?ｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ??３．４．３引物筛选及扩增结果??本次试验从１５１条引物中筛选出１２６条有扩增条带，其中４１条引物扩增的条带是??单态性，８５条引物可以扩增出可识别、清楚且具有特异性的条带，占其总数的比例为??５６．２９％，其中六碱基重复的有４条，占筛选出引物总数的比例为４．７％；五碱基重复的??有１０条，占比例为１１．７６％；四碱基重复的引物有７１条，占比例为８３．５３％。引物的具??体明细见附表二所示。??部分引物筛选扩增情况如下（其余见附图一）：??Ｉ?Ｖ??Ｍ?Ｆ５ＹＷ１
【参考文献】：
期刊论文
[1]利用荧光SSR分析中国糜子遗传多样性[J]. 王瑞云,季煦,陆平,刘敏轩,许月,王纶,王海岗,乔治军. 作物学报. 2017(04)
[2]利用SSR分子标记研究国内外黍稷地方品种和野生资源的遗传多样性[J]. 连帅,陆平,乔治军,张琦,张茜,刘敏轩,王瑞云. 中国农业科学. 2016(17)
[3]利用SSR标记分析40份糜子资源的遗传多样性[J]. 刘笑瑜,王瑞云,刘敏轩,邱岩岩,季煦,连帅,乔治军,王纶,王海岗. 分子植物育种. 2016(06)
[4]糜子骨干种质遗传多样性和遗传结构分析[J]. 董俊丽,王海岗,陈凌,王君杰,曹晓宁,王纶,乔治军. 中国农业科学. 2015(16)
[5]不同生态区糜子种质资源的遗传多样性分析[J]. 连帅,王瑞云,马跃敏,刘笑瑜,季煦. 山西农业大学学报(自然科学版). 2015(03)
[6]10个糜子品种产量与农艺性状的灰色关联度分析[J]. 张立媛,杨恒山,王显瑞,琦明玉,赵敏. 种子. 2014(11)
[7]新疆杏种质资源表型多样性研究[J]. 刘娟,廖康,曼苏尔·那斯尔,赵世荣,刘欢,贾杨. 果树学报. 2014(06)
[8]构建黍稷分子遗传图谱SSR引物的筛选[J]. 王银月,刘敏轩,陆平,乔治军,杨天育,李海,崔喜艳. 作物杂志. 2014(04)
[9]黍稷种质资源芽、苗期耐中性混合盐胁迫评价与耐盐生理机制研究[J]. 刘敏轩,张宗文,吴斌,陆平. 中国农业科学. 2012(18)
[10]甘肃省糜子地方资源农艺性状遗传多样性分析[J]. 董孔军,杨天育,何继红. 河北农业科学. 2012(02)
博士论文
[1]中国沿海三疣梭子蟹群体形态、生化与分子遗传多样性研究[D]. 董志国.上海海洋大学 2012
本文编号：3576129
【文章来源】：山西农业大学山西省
【文章页数】：79 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图２．１?７个表型性状隶属值分布??Ｆｉｇ．２．１?Ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ?ｄｉａｇｒａｍ?ｏｆ?ｓｕｂｏｒｄｉｎａｔｅ?ｆｕｎｃｔｉｏｎ?ｖａｌｕｅ?ｏｆ?ｓｅｖｅｎ?
３．４结果与分析??３．４．１模板ＤＮＡ的检测??本次试验所提取的ＤＮＡ，经过琼脂糖凝胶电泳检测其纯度和片段大小，如图３．１??所示，条带都比较明亮且没有出现特别明显的拖尾，且条带基本出现在了预期的位置，??利用超微量紫外分光光度计，测其浓度及ＯＤ值，结果表明：浓度均在１５０－３００ｎｇ＾Ｌ??之间，Ａ２６０／２８００Ｄ值为１．７－１．９，Ａ２６０／２３００Ｄ值大于２。提取的模板ＤＮＡ质量较好，??满足下一步ＰＣＲ扩增要求。??Ｉ??图３．１部分糜子ＤＮＡ电泳图??Ｆｉｇ．３．１?Ｔｈｅ?ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ?ｏｆ?ｇｅｎｏｍｉｃ?ＤＮＡ?ｏｆ?ｐａｒｔｉａｌ?ｃｏｍｍｏｎ?ｍｉｌｌｅｔ?ｓａｍｐｌｅ??３．４．２?ＰＣＲ反应体系的建立和优化结果??经过一系列的试验，最终确立比较适宜糜子ＰＣＲ扩增程序为：预变性９４°Ｃ５ｍｉｍ??变性９４°Ｃ?４５ｓ，退火Ｔｍ５０ｓ，延伸７２°Ｃ?ｌｍｉｎ，共３８个循环；后延伸７２°Ｃ?ｌＯｍｉｎ；??反应体系成份为：ｌ〇ｘｂｕｆｆｅｒ２＾Ｌ，?ｄＮＴＰｓｌ．８＾Ｌ，Ｔａｑ聚合酶０却Ｌ，前后引物各０．６私，??ｄｄＨ２０?１３加Ｌ，ＤＮＡ模版１疝，总体积２０吣。如下图３．２和图３．３，是体系优化前后??对比的对比。??结果表明：采用优化后ＰＣＲ扩增程序时
图３．２?ＰＣＲ条件优化前??Ｆｉｇ．３．２?ＰＣＲ?ｃｏｎｄｉｔｉｏｎｓ?ｂｅｆｏｒｅ?ｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ??图３．３?ＰＣＲ条件优化后??Ｆｉｇ．３．３?ＰＣＲ?ｃｏｎｄｉｔｉｏｎｓ?ａｆｔｅｒ?ｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ??３．４．３引物筛选及扩增结果??本次试验从１５１条引物中筛选出１２６条有扩增条带，其中４１条引物扩增的条带是??单态性，８５条引物可以扩增出可识别、清楚且具有特异性的条带，占其总数的比例为??５６．２９％，其中六碱基重复的有４条，占筛选出引物总数的比例为４．７％；五碱基重复的??有１０条，占比例为１１．７６％；四碱基重复的引物有７１条，占比例为８３．５３％。引物的具??体明细见附表二所示。??部分引物筛选扩增情况如下（其余见附图一）：??Ｉ?Ｖ??Ｍ?Ｆ５ＹＷ１
【参考文献】：
期刊论文
[1]利用荧光SSR分析中国糜子遗传多样性[J]. 王瑞云,季煦,陆平,刘敏轩,许月,王纶,王海岗,乔治军. 作物学报. 2017(04)
[2]利用SSR分子标记研究国内外黍稷地方品种和野生资源的遗传多样性[J]. 连帅,陆平,乔治军,张琦,张茜,刘敏轩,王瑞云. 中国农业科学. 2016(17)
[3]利用SSR标记分析40份糜子资源的遗传多样性[J]. 刘笑瑜,王瑞云,刘敏轩,邱岩岩,季煦,连帅,乔治军,王纶,王海岗. 分子植物育种. 2016(06)
[4]糜子骨干种质遗传多样性和遗传结构分析[J]. 董俊丽,王海岗,陈凌,王君杰,曹晓宁,王纶,乔治军. 中国农业科学. 2015(16)
[5]不同生态区糜子种质资源的遗传多样性分析[J]. 连帅,王瑞云,马跃敏,刘笑瑜,季煦. 山西农业大学学报(自然科学版). 2015(03)
[6]10个糜子品种产量与农艺性状的灰色关联度分析[J]. 张立媛,杨恒山,王显瑞,琦明玉,赵敏. 种子. 2014(11)
[7]新疆杏种质资源表型多样性研究[J]. 刘娟,廖康,曼苏尔·那斯尔,赵世荣,刘欢,贾杨. 果树学报. 2014(06)
[8]构建黍稷分子遗传图谱SSR引物的筛选[J]. 王银月,刘敏轩,陆平,乔治军,杨天育,李海,崔喜艳. 作物杂志. 2014(04)
[9]黍稷种质资源芽、苗期耐中性混合盐胁迫评价与耐盐生理机制研究[J]. 刘敏轩,张宗文,吴斌,陆平. 中国农业科学. 2012(18)
[10]甘肃省糜子地方资源农艺性状遗传多样性分析[J]. 董孔军,杨天育,何继红. 河北农业科学. 2012(02)
博士论文
[1]中国沿海三疣梭子蟹群体形态、生化与分子遗传多样性研究[D]. 董志国.上海海洋大学 2012
本文编号：3576129
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/nzwlw/3576129.html
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