甜菜DNA条形码技术的研发及其应用
发布时间:2022-01-12 10:04
我国非主要农作物品种由审定改为登记制度后,国内对甜菜品种认定和保护的需求变得迫切,如何对这些甜菜品种进行准确鉴定对育种者权益保护和新品种推广等具有重要意义。DNA条形码技术所用DNA片段易扩增并具有足够的种内、种间差异,可以对物种进行准确、快速自动的鉴定。目前,对于甜菜的DNA条形码技术还没有报道,因此本试验选取核基因组片段和单亲遗传的叶绿体基因组作为核心DNA条形码筛选库,以单片段和多片段序列组合分析不同甜菜品种间遗传差异和亲缘关系并以此来构建系统发育树,判断DNA条形码技术在甜菜品种分类鉴别上的可行性,初步建立甜菜品种鉴定体系。本试验选取7个片段,包括2个核基因片段(ITS,ITS2)及5个叶绿体基因片段(两个编码区片段rbcL和matK,三个非编码区片段trnL-F,psbA-trnH,tr nT-trnL)扩增84个甜菜品种的相应片段,各片段扩增与测序成功率均为100%,扩增产物测序后片段长度比较结果为:trnL-F>matK>trnT-trnL>rbcL>ITS>ITS2>p sbA-trnH,其中trnL-F序列最长约为896bp,psb...
【文章来源】:内蒙古农业大学内蒙古自治区
【文章页数】:65 页
【学位级别】:硕士
【部分图文】:
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【参考文献】:
期刊论文
[1]乌头属5种植物ITS2和psbA-trnH鉴别适用性研究[J]. 朱高倩,李双良,马莉,周培军,王丽,符德欢. 广州中医药大学学报. 2020(03)
[2]蓝莓栽培品种的DNA条形码[J]. 李伟,其其格,黄旭,岳阳,尹靖琨,王瑞俭. 林业科学. 2019(12)
[3]中国蜘蛛抱蛋属植物DNA条形码研究[J]. 吕定豪,刘安莉,徐文芬,何顺志. 植物科学学报. 2018(06)
[4]雪胆属植物DNA条形码的鉴定分析[J]. 张仲豪,杨程,童珊珊,邓家彬,高刚,张利,杨瑞武. 分子植物育种. 2019(09)
[5]基于ITS2和psbA-trnH序列的金钗石斛DNA条形码鉴定研究[J]. 李园园,蔡莉,杨继勇,李金玲,刘红昌,赵致. 基因组学与应用生物学. 2018(08)
[6]山矾属药用植物DNA条形码序列筛选研究——以GenBank数据为例[J]. 杨鹏,周洪英,吴洪娥,吴楠,董万鹏,蒋影. 中药材. 2018(06)
[7]DNA分子标记技术在酸浆属药用植物中的应用研究[J]. 冯尚国,朱宇佳,焦凯丽,沈晨佳,应奇才,王慧中. 中国中药杂志. 2018(04)
[8]黄连属植物DNA条形码研究[J]. 李波,刘俊,闵道长,何小慧,李波超,朱昌兰,张志勇,袁庆军,吴丁. 江西农业大学学报. 2017(06)
[9]基于rbcL序列的半边莲与通泉草的分子鉴别方法[J]. 陈建雄,魏艺聪,黄泽豪,徐惠龙,卢伟,梁一池. 福建农业学报. 2017(07)
[10]药用植物DNA条形码鉴定研究进展[J]. 蔡金龙,谢世清,张广辉,刘涛,杨生超,陈军文. 植物科学学报. 2017(03)
博士论文
[1]李亚属主要果树种质资源的分子系统学研究与DNA条形码探索[D]. 章秋平.沈阳农业大学 2018
[2]岩风的遗传多样性与谱系地理学研究[D]. 王平.西北农林科技大学 2017
[3]中草药DNA整合鉴定系统研究[D]. 邬兰.湖北中医药大学 2016
[4]铁线莲属植物的核型分析及分子系统学研究[D]. 盛璐.南京林业大学 2015
[5]淫羊藿类及蛇类药材的鉴定和质量评价研究[D]. 曹树萍.北京中医药大学 2014
[6]天牛科基因条形码构建及分子快速鉴定技术研究[D]. 郑斯竹.南京林业大学 2012
[7]厚朴遗传多样性研究及指纹图谱的构建[D]. 郑志雷.福建农林大学 2010
[8]百合属部分种亲缘关系与岷江百合群体遗传结构研究[D]. 吴祝华.南京林业大学 2008
[9]中国农业植物新品种保护制度研究[D]. 邓武红.西北农林科技大学 2008
[10]柿及其部分近缘种mtDNA和cpDNA多态性分析[D]. 胡德昌.华中农业大学 2007
硕士论文
[1]毛茛科白头翁属DNA条形码研究[D]. 李秋洁.西北农林科技大学 2019
[2]花椒属植物DNA条形码研究[D]. 赵莉莉.西北农林科技大学 2018
[3]加入UPOV1991文本对中国种业发展的影响研究[D]. 周绪晨.中国农业科学院 2018
[4]中国海岸带耐盐植物DNA条形码研究[D]. 魏亚男.华东师范大学 2017
[5]假单胞菌属植物病原菌DNA条形码检测技术研究[D]. 卢松玉.南京农业大学 2017
[6]巴戟天及其6种近缘植物的鉴别研究[D]. 卫滢.广州中医药大学 2017
[7]基于DNA条形码技术的山东半岛潮间带褐藻和绿藻分类研究[D]. 薛红凡.中国海洋大学 2014
[8]贵州苗药艾纳香DNA条形码的鉴定研究[D]. 魏妮娜.遵义医学院 2014
[9]基于matK序列的核桃品种的亲缘关系的研究[D]. 梅霞.山西农业大学 2013
[10]基于DNA条形码技术的降香黄檀与多裂黄檀木材识别研究[D]. 张浩.安徽农业大学 2013
本文编号:3584579
【文章来源】:内蒙古农业大学内蒙古自治区
【文章页数】:65 页
【学位级别】:硕士
【部分图文】:
图2各片段扩增产物测序结果峰图??Fig.2?Sequencing?peak?of?amplification?pro?
JaplO?)??^?&??/??C?Hapl3?)??图4甜菜trnT-trnH序列单倍型网状图??Fig.4?Haplotype?network?of?tmt-traH?sequence?in?sugar?beet??3.3.2?tmL-F序列单倍型分析??将甜菜叶绿体DNA片段tmL-F扩增测序所得到的序列利用MEGA7.0软件??进行比对后,通过软件Dnasp5.0分析,结果检测到84个甜菜品种个体共有6??种单倍型,编号为Hapl?Hap6?(表8),各个单倍型特征如图5所示,利用软件??TCS1.2.1对84个甜菜品种的6种单倍型进行分析,构建叶绿体单倍型网络图,??得到的单倍型网状图如图5所示,图中,方框里的单倍型为最古老的单倍型,圆??圈内的单倍型是其演化单倍型。图中HaP2是祖先单倍型,也是最大共享单倍型,??Hap3,?Hap4,?Hap5为演化单倍型。结合单倍型网状图,Hap3,?Hap4由Hap2??直接进化发育而来,Hap5由Hap3进化发育而来。KWS3935,SX1511,H003??亲缘关系较近。??(H?p4?)??、—Hapl?单倍型?1?1?2?3?4?5????Hap?1?C?C?T?G?C??Hap2????Hap?2?C?C?A?A?C??^?Hap?3?G?C?A?A?C??(HapS?j??Hap?4?C?C?A?A?G??(^T)?HapS?G?G?A?A?C??图5甜菜trnL-F序列单倍型网状图??Fig.?5?Haplotype?network?of?tmL-F?sequence?in?sugar?beet??
24?甜菜DNA条形码技术的研发及其应用???(Hapl7?)??广一'-N?广一'■'N?广、|—1—r?--Hap12??H叩3Hap1?VtJaplO?)??^?&??/??C?Hapl3?)??图4甜菜trnT-trnH序列单倍型网状图??Fig.4?Haplotype?network?of?tmt-traH?sequence?in?sugar?beet??3.3.2?tmL-F序列单倍型分析??将甜菜叶绿体DNA片段tmL-F扩增测序所得到的序列利用MEGA7.0软件??进行比对后,通过软件Dnasp5.0分析,结果检测到84个甜菜品种个体共有6??种单倍型,编号为Hapl?Hap6?(表8),各个单倍型特征如图5所示,利用软件??TCS1.2.1对84个甜菜品种的6种单倍型进行分析,构建叶绿体单倍型网络图,??得到的单倍型网状图如图5所示,图中,方框里的单倍型为最古老的单倍型,圆??圈内的单倍型是其演化单倍型。图中HaP2是祖先单倍型,也是最大共享单倍型,??Hap3,?Hap4,?Hap5为演化单倍型。结合单倍型网状图,Hap3,?Hap4由Hap2??直接进化发育而来,Hap5由Hap3进化发育而来。KWS3935,SX1511,H003??亲缘关系较近。??(H?p4?)??、—Hapl?单倍型?1?1?2?3?4?5????Hap?1?C?C?T?G?C??Hap2????Hap?2?C?C?A?A?C??^?Hap?3?G?C?A?A?C??(HapS?j??Hap?4?C?C?A?A?G??(^T)?HapS?G?G?A?A?C?
【参考文献】:
期刊论文
[1]乌头属5种植物ITS2和psbA-trnH鉴别适用性研究[J]. 朱高倩,李双良,马莉,周培军,王丽,符德欢. 广州中医药大学学报. 2020(03)
[2]蓝莓栽培品种的DNA条形码[J]. 李伟,其其格,黄旭,岳阳,尹靖琨,王瑞俭. 林业科学. 2019(12)
[3]中国蜘蛛抱蛋属植物DNA条形码研究[J]. 吕定豪,刘安莉,徐文芬,何顺志. 植物科学学报. 2018(06)
[4]雪胆属植物DNA条形码的鉴定分析[J]. 张仲豪,杨程,童珊珊,邓家彬,高刚,张利,杨瑞武. 分子植物育种. 2019(09)
[5]基于ITS2和psbA-trnH序列的金钗石斛DNA条形码鉴定研究[J]. 李园园,蔡莉,杨继勇,李金玲,刘红昌,赵致. 基因组学与应用生物学. 2018(08)
[6]山矾属药用植物DNA条形码序列筛选研究——以GenBank数据为例[J]. 杨鹏,周洪英,吴洪娥,吴楠,董万鹏,蒋影. 中药材. 2018(06)
[7]DNA分子标记技术在酸浆属药用植物中的应用研究[J]. 冯尚国,朱宇佳,焦凯丽,沈晨佳,应奇才,王慧中. 中国中药杂志. 2018(04)
[8]黄连属植物DNA条形码研究[J]. 李波,刘俊,闵道长,何小慧,李波超,朱昌兰,张志勇,袁庆军,吴丁. 江西农业大学学报. 2017(06)
[9]基于rbcL序列的半边莲与通泉草的分子鉴别方法[J]. 陈建雄,魏艺聪,黄泽豪,徐惠龙,卢伟,梁一池. 福建农业学报. 2017(07)
[10]药用植物DNA条形码鉴定研究进展[J]. 蔡金龙,谢世清,张广辉,刘涛,杨生超,陈军文. 植物科学学报. 2017(03)
博士论文
[1]李亚属主要果树种质资源的分子系统学研究与DNA条形码探索[D]. 章秋平.沈阳农业大学 2018
[2]岩风的遗传多样性与谱系地理学研究[D]. 王平.西北农林科技大学 2017
[3]中草药DNA整合鉴定系统研究[D]. 邬兰.湖北中医药大学 2016
[4]铁线莲属植物的核型分析及分子系统学研究[D]. 盛璐.南京林业大学 2015
[5]淫羊藿类及蛇类药材的鉴定和质量评价研究[D]. 曹树萍.北京中医药大学 2014
[6]天牛科基因条形码构建及分子快速鉴定技术研究[D]. 郑斯竹.南京林业大学 2012
[7]厚朴遗传多样性研究及指纹图谱的构建[D]. 郑志雷.福建农林大学 2010
[8]百合属部分种亲缘关系与岷江百合群体遗传结构研究[D]. 吴祝华.南京林业大学 2008
[9]中国农业植物新品种保护制度研究[D]. 邓武红.西北农林科技大学 2008
[10]柿及其部分近缘种mtDNA和cpDNA多态性分析[D]. 胡德昌.华中农业大学 2007
硕士论文
[1]毛茛科白头翁属DNA条形码研究[D]. 李秋洁.西北农林科技大学 2019
[2]花椒属植物DNA条形码研究[D]. 赵莉莉.西北农林科技大学 2018
[3]加入UPOV1991文本对中国种业发展的影响研究[D]. 周绪晨.中国农业科学院 2018
[4]中国海岸带耐盐植物DNA条形码研究[D]. 魏亚男.华东师范大学 2017
[5]假单胞菌属植物病原菌DNA条形码检测技术研究[D]. 卢松玉.南京农业大学 2017
[6]巴戟天及其6种近缘植物的鉴别研究[D]. 卫滢.广州中医药大学 2017
[7]基于DNA条形码技术的山东半岛潮间带褐藻和绿藻分类研究[D]. 薛红凡.中国海洋大学 2014
[8]贵州苗药艾纳香DNA条形码的鉴定研究[D]. 魏妮娜.遵义医学院 2014
[9]基于matK序列的核桃品种的亲缘关系的研究[D]. 梅霞.山西农业大学 2013
[10]基于DNA条形码技术的降香黄檀与多裂黄檀木材识别研究[D]. 张浩.安徽农业大学 2013
本文编号:3584579
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