影响地黄连作关键发育时期的基因表达与组织培养鉴定
发布时间：2022-02-15 06:58
地黄（Rehmannia glutinosa L.）为玄参科地黄属多年生草本植物,是我国常用大宗药材,市场需求量大。地黄的种植长期受限于连作障碍,连作地黄往往出现植株矮小,块根膨大受阻,产量和品质显著性下降,甚至绝收。连作障碍已经严重影响了地黄的可持续生产,成为制约当地中药产业和经济发展的重大问题。为了探寻地黄响应连作障碍的应答过程,进一步揭示地黄连作障碍的分子机理,本研究以温“85-5”为实验材料,开展了如下研究工作:1、头茬、重茬地黄不同发育时期基因表达的差异分析。本课题组前期结合组织解剖学以及地黄表型分析确认,拉线期和膨大前期是地黄响应连作障碍的两个关键时期,而观察到膨大前期微管形成层的出现,暗示该时期为地黄膨大最关键时期,亦可能是连作响应最核心时期。为了深入挖掘地黄生长的分子机制以及证实响应连作发生的关键期,本研究用数字基因表达谱技术分别对头、重茬地黄苗期（不定根）、拉线期（纤维根形成）、膨大前期（块根形成前期）、膨大中期（块根形成中期）和膨大后期（块根形成后期）基因表达情况进行分析。结果如下:A.差异表达基因的数目。本研究从纵向和横向两个方面对头茬和重茬差异表达的基因数目进行...
【文章来源】：河南农业大学河南省
【文章页数】：70 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
数字基因表达谱测序(RNA-seq)技术原理
图 1-1 Tags 制备的原理和步骤Fig.1-1 Principle and procedure of tags preparation数字基因表达谱测序（RNA-seq）技术[73,74]是最新推出的批量定量基因的方法，可进行基因组水平的基因差异表达研究。用片tion buffer）代替 DGE 中的 NlaIII 酶切，在高温条件下使 mRNA 片行建库（如图 1-2）。DGE 检测到的转录本或者基因必须包含 CAT不含此识别位点的基因则成为了漏网之鱼，而 RNA-seq 采用转录组的获得样品中所有带有 polyA 的转录本信息。因此 RNA-seq 比 DG更多，在定量分析上更准确、重复性更高、检测到的范围更广等特以通过去除 rRNA 的方法去分析原核生物的差异基因表达情况，而
（4）测序质量评估：各类 reads 所占比例分布的情况，其结果可以衡量原始数据中杂质数据的多少。（5）测序饱和度分析：测序饱和度分析可以在一定范围上判定测序的数据量是否满足实验的需求。一般是随着测序数据量(reads 数量)的增多，检测到的基因数也随之增多，当测序量达到一定范围后其能检测到的基因数的增长速度就会越来越慢，直至平缓的保持在一个范围，此时表明检测到的基因数已经趋于饱和。（6）测序随机性分析：用所测到的 reads 在转录组上随机分布的情况来评定打断的mRNA 使其片段化的随机程度。因为所参考的基因的长度参差不齐，各不相同，所以把 reads在参考的基因上的位置标准化到相对的位置(reads 在基因上的位置与基因长度的比值)，然后进行统计，基因的不同位置所能比对上的 reads 总数目。reads 分布得越均匀，说明 mRNA打断的随机性就越好。
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于中药药效物质“敲出/敲入”辨识模式筛选植物化感物质的思考[J]. 傅靖,张宝,刘红燕,李明杰,古力,李娟,王丰青,张重义. 中国中药杂志. 2017(04)
[2]2种乙烯抑制剂对连作地黄生长的影响[J]. 李娟,申军艳,陈枫,聂铭,王俊,王丰青,陈新建,张重义. 江苏农业科学. 2015(10)
[3]地黄EST-SSR标记的开发及扩增体系的建立[J]. 冯法节,李明杰,古力,张宝,何华勤,杨艳会,陈新建,张重义. 广东农业科学. 2015(10)
[4]地黄块根膨大发生和驱动的组织观察及激素相关基因的调控分析[J]. 王鹏飞,李鑫宇,李明杰,刘林,王潇然,王丰青,李春奇,陈新建,张重义. 中国中药杂志. 2014(17)
[5]地黄块根水提液对地黄种子萌发及幼苗生长的影响[J]. 李建军,李静云,王君,贾国伦. 河南师范大学学报(自然科学版). 2014(01)
[6]地黄连作障碍中钙信号系统的异常变化分析[J]. 郭冠瑛,李明杰,王鹏飞,王丰青,何华勤,李娟,郑红艳,陈新建,张重义. 中国中药杂志. 2013(10)
[7]地黄连作障碍机制的研究进展与消减策略[J]. 张重义,李明杰,陈新建,吴林坤,李娟,王丰青,李振方,郭冠瑛,林文雄. 中国现代中药. 2013(01)
[8]家中有本草 健康无烦恼（十）——介绍地黄（生地）[J]. 鲁卫. 长寿. 2013(01)
[9]六味地黄丸的药理分析及科学应用[J]. 吕宏训,赵杰. 中国保健营养. 2012(10)
[10]地黄化感自毒作用与连作障碍机制的研究进展[J]. 郭冠瑛,王丰青,范华敏,李明杰,郑红艳,李娟,陈新建,张重义. 中国现代中药. 2012(06)
硕士论文
[1]钙信号系统在地黄连作障碍过程中的异常响应[D]. 王鹏飞.河南农业大学 2014
[2]地黄（Rehmannia glutinosa Libosch.）根区土壤中酚酸类物质的化感作用研究[D]. 杜家方.河南农业大学 2009
本文编号：3626147
【文章来源】：河南农业大学河南省
【文章页数】：70 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
数字基因表达谱测序(RNA-seq)技术原理
图 1-1 Tags 制备的原理和步骤Fig.1-1 Principle and procedure of tags preparation数字基因表达谱测序（RNA-seq）技术[73,74]是最新推出的批量定量基因的方法，可进行基因组水平的基因差异表达研究。用片tion buffer）代替 DGE 中的 NlaIII 酶切，在高温条件下使 mRNA 片行建库（如图 1-2）。DGE 检测到的转录本或者基因必须包含 CAT不含此识别位点的基因则成为了漏网之鱼，而 RNA-seq 采用转录组的获得样品中所有带有 polyA 的转录本信息。因此 RNA-seq 比 DG更多，在定量分析上更准确、重复性更高、检测到的范围更广等特以通过去除 rRNA 的方法去分析原核生物的差异基因表达情况，而
（4）测序质量评估：各类 reads 所占比例分布的情况，其结果可以衡量原始数据中杂质数据的多少。（5）测序饱和度分析：测序饱和度分析可以在一定范围上判定测序的数据量是否满足实验的需求。一般是随着测序数据量(reads 数量)的增多，检测到的基因数也随之增多，当测序量达到一定范围后其能检测到的基因数的增长速度就会越来越慢，直至平缓的保持在一个范围，此时表明检测到的基因数已经趋于饱和。（6）测序随机性分析：用所测到的 reads 在转录组上随机分布的情况来评定打断的mRNA 使其片段化的随机程度。因为所参考的基因的长度参差不齐，各不相同，所以把 reads在参考的基因上的位置标准化到相对的位置(reads 在基因上的位置与基因长度的比值)，然后进行统计，基因的不同位置所能比对上的 reads 总数目。reads 分布得越均匀，说明 mRNA打断的随机性就越好。
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于中药药效物质“敲出/敲入”辨识模式筛选植物化感物质的思考[J]. 傅靖,张宝,刘红燕,李明杰,古力,李娟,王丰青,张重义. 中国中药杂志. 2017(04)
[2]2种乙烯抑制剂对连作地黄生长的影响[J]. 李娟,申军艳,陈枫,聂铭,王俊,王丰青,陈新建,张重义. 江苏农业科学. 2015(10)
[3]地黄EST-SSR标记的开发及扩增体系的建立[J]. 冯法节,李明杰,古力,张宝,何华勤,杨艳会,陈新建,张重义. 广东农业科学. 2015(10)
[4]地黄块根膨大发生和驱动的组织观察及激素相关基因的调控分析[J]. 王鹏飞,李鑫宇,李明杰,刘林,王潇然,王丰青,李春奇,陈新建,张重义. 中国中药杂志. 2014(17)
[5]地黄块根水提液对地黄种子萌发及幼苗生长的影响[J]. 李建军,李静云,王君,贾国伦. 河南师范大学学报(自然科学版). 2014(01)
[6]地黄连作障碍中钙信号系统的异常变化分析[J]. 郭冠瑛,李明杰,王鹏飞,王丰青,何华勤,李娟,郑红艳,陈新建,张重义. 中国中药杂志. 2013(10)
[7]地黄连作障碍机制的研究进展与消减策略[J]. 张重义,李明杰,陈新建,吴林坤,李娟,王丰青,李振方,郭冠瑛,林文雄. 中国现代中药. 2013(01)
[8]家中有本草 健康无烦恼（十）——介绍地黄（生地）[J]. 鲁卫. 长寿. 2013(01)
[9]六味地黄丸的药理分析及科学应用[J]. 吕宏训,赵杰. 中国保健营养. 2012(10)
[10]地黄化感自毒作用与连作障碍机制的研究进展[J]. 郭冠瑛,王丰青,范华敏,李明杰,郑红艳,李娟,陈新建,张重义. 中国现代中药. 2012(06)
硕士论文
[1]钙信号系统在地黄连作障碍过程中的异常响应[D]. 王鹏飞.河南农业大学 2014
[2]地黄（Rehmannia glutinosa Libosch.）根区土壤中酚酸类物质的化感作用研究[D]. 杜家方.河南农业大学 2009
本文编号：3626147
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