丹参转录资源数据库的构建及应用

发布时间：2023-05-10 02:09

　　在基因测序技术支持下,各物种的基因组信息也越来越多,所以有必要整合分类测序数据,因此产生了繁多的基本数据库及二级数据库。初级数据库只是简单地将测序所得数据归类、整合,数据质量参差不齐。但二级数据库是由研究者根据自身工作需要,提取基本数据库中的数据进行多种分析,并得到与研究目的相关的数据整合而成。所以二级数据库中序列质量更高、针对性也更强,在相关领域的生物信息学分析及实验研究中具有更为重大的意义。丹参作为传统中药在治疗心血管疾病中有较好的效果,虽然目前有很多临床实验表明其疗效,但是丹参中有效成分如丹参酮、丹酚酸等合成机制,以及丹参在基因水平的对疾病的调控机制尚未清楚。因此本文结合测序技术和计算机技术来构建一个丹参的转录资源数据库,为在丹参基因组水平的研究提供便利。本文的主要研究内容如下:1、简述研究背景,以及植物中编码RNA、非编码RNA、小RNA等转录资源的概念和生物学功能。2、详细介绍丹参中转录资源:coding RNA、lmcRNA、以及phasiRNA的分析过程。在获取测序所得的RNA-seq、sRNA-seq数据后,按质量过滤分析、序列拼接、表达量计算、GO功能注释分类等过程来...

【文章页数】：45 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
1、绪论
    1.1 研究背景及意义
    1.2 植物转录资源相关知识背景
        1.2.1 mRNA(信使核糖核酸)的概念
        1.2.2 miRNA(micro RNA)的形成和生物学功能
        1.2.3 lncRNA(长链非编码RNA)的形成和生物学功能
        1.2.4 phasiRNA的形成和生物学功能
    1.3 转录组测序原理及应用
        1.3.1 RNA-seq(RNA sequencing)测序、分析及应用
        1.3.2 sRNA-seq(small RNA sequencing)测序、分析及应用
    1.4 研究内容及结构安排
        1.4.1 研究目的及意义
        1.4.2 研究内容及结构安排
2 、丹参转录资源分析
    2.1 丹参poly(A)RNA-seq数据分析
        2.1.1 丹参poly(A)RNA-seq数据采集
        2.1.2 poly(A)RNA数据预处理
        2.1.3 poly(A)RNA数据分析流程
            2.1.3.1 序列拼接
            2.1.3.2 poly(A)RNA分类和功能注释
            2.1.3.3 转录组表达量分析
    2.2 丹参小RNA (sRNA-Seq)数据分析
        2.2.1 丹参sRNA-Seq数据采集
        2.2.2 sRNA的分析流程
            2.2.2.1 miRNA鉴别分析流程
            2.2.2.2 小干扰RNA(siRNA)鉴别及注释分类
    2.3 丹参酮和丹酚酸的Pathway
    2.4 结果与讨论
        2.4.1 丹参转录组分析结果
            2.4.1.1 丹参转录组的拼接结果
            2.4.1.2 组装序列长度分析
            2.4.1.3 丹参酮及丹酚酸合成途径中的关键基因的表达序列
            2.4.1.4 对编码RNA的GO注释
        2.4.2 丹参小RNA分析结果
            2.4.2.1 miRNA分类及表达量计算
            2.4.2.2 siRNA分类
        2.4.3 讨论
            2.4.3.1 poly(A)RNA数据及分析方法选择
            2.4.3.2 小RNA结果讨论
3、丹参数据库构建
    3.1 搭建LAMP框架
        3.1.1 安装Apache服务
        3.1.2 安装MariaDB服务数据库
        3.1.3 安装PHP服务
    3.2 丹参转录资源数据导入MariaDB库
    3.3 RNA的总览browse页面的构建
        3.3.1 coding RNA浏览界面的构建
        3.3.2 lncRNA浏览界面的构建
        3.3.3 miRNA浏览界面的构建
        3.3.4 phasiRNA浏览界面的构建
        3.3.5 Pathway浏览界面构建
    3.4 构建转录组资源搜索页面及实现blast功能
        3.4.1 coding RNA搜索页面的构建及blast功能的实现
        3.4.2 lncRNA搜索页面的构建及blast功能的实现
        3.4.3 miRNA搜索页面的构建及blast功能的实现
        3.4.4 phasiRNA搜索页面的构建及blast功能的实现
    3.5 Download页面的构建
    3.6 Document页面的构建
    3.7 结果与讨论
4、总结和展望
参考文献
攻读学位期间研究成果
致谢



本文编号：3812821