南方野生稻高温、低温胁迫转录组分析

发布时间：2023-06-08 18:29

　　南方野生稻(Oryza meridionalis)属于AA染色体组型野生稻,是野生稻家族中的重要成员,南方野生稻因生长环境恶劣而含有丰富的有利基因,是对栽培稻进行改良的天然种质资源库。南方野生稻有利基因挖掘方面的研究报道较少,其中南方野生稻抗极端温度的研究更是鲜有报道。为了有效的挖掘南方野生稻的优良基因,特别是在抗高温和抗低温的相关基因,本实验采用HiSeq2500 PE125双末端测序法,对高温(42?C)和低温(4?C)胁迫处理的四叶期幼苗的转录谱进行高通量测序,然后进行序列拼接、功能注释和差异基因筛选、同源序列比对等,主要结果如下。南方野生稻转录谱测序分析结果表明,从对照组、高温组、低温组3个样品中得到clean reads21.34Gb,各样品Clean Data均达到3.32Gb,通过Trinity软件拼接,得到36817条unigenes,通过重复间相关性评估,测序结果较为可靠。转录谱基因功能注释分析结果表明,在36817条unigenes中有32161条(87.35%)在NR、COG、GO、KEGG四个数据库中注释成功,4656条unigenes在数据库中没有找到同原序列...

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【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
abstract
1 前言
    1.1 野生稻的研究现状
        1.1.1 野生稻抗病性状相关研究
        1.1.2 野生稻抗旱性状相关研究
        1.1.3 野生稻抗冷性状相关研究
        1.1.4 野生稻高产性状相关研究
        1.1.5 野生稻耐热性状相关研究
    1.2 植物温度胁迫研究的进展
        1.2.1 植物抗极端温度相关基因的研究进展
        1.2.2 温度胁迫蛋白质组学的研究进展
    1.3 温度胁迫响应机制
    1.4 本研究的目的和意义
2 材料与方法
    2.1 试验材料
    2.2 试验方法
        2.2.1 植物材料的生长及处理
        2.2.2 Trizol法提取总RNA
        2.2.3 总RNA质量检测
        2.2.4 Illumina测序及数据分析
            2.2.4.1 Illumina测序流程
            2.2.4.2 测序数据质量评估和过滤
            2.2.4.3 转录本的拼接
            2.2.4.4 转录本基因功能注释和分析
            2.2.4.5 差异基因表达分析
        2.2.5 南方野生稻转录组测序数据本地BLAST
        2.2.6 南方野生稻同源序列比对分析
        2.2.7 荧光定量PCR验证
3 结果与分析
    3.1 南方野生稻幼苗温度胁迫表达谱分析
        3.1.1 测序样品总RNA质量检测
        3.1.2 测序结果及质量控制
        3.1.3 转录本的拼接
        3.1.4 基因注释及功能分类
            3.1.4.1 基因注释
            3.1.4.2 功能分类
        3.1.5 差异表达基因分析
        3.1.6 差异基因富集分析
    3.2 荧光定量PCR验证
    3.3 南方野生稻同源序列比对分析
4 讨论与结论
    4.1 讨论
        4.1.1 转录组测序结果和有利基因发掘
        4.1.2 南方野生稻极端温度条件下的响应基因
            4.1.2.1 南方野生稻高温胁迫相关基因的分析
            4.1.2.2 南方野生稻低温胁迫相关基因的分析
        4.1.3 高温和低温胁迫下差异基因表达通路差异
    4.2 结论
致谢
参考文献
附录A
附录B
附录C



本文编号：3832268