我国马鞭草群体遗传格局研究
发布时间：2023-07-25 02:28
马鞭草(Verbena officinalis Linn.),多年生草本植物,为马鞭草科(Verbenaceae)马鞭草属(Verbena)植物。马鞭草在我国是一种历史悠久的传统药用植物,其研究主要都集中在药理作用、化学成分等方面,关于其谱系结构、遗传格局方面的研究几乎没有。本研究基于三种分子标记(cpDNA、nrDNA、SSR),以细叶美女樱(Verbenatenera)为外类群,对我国22个马鞭草居群进行亲缘地理学和遗传结构的分析,以此来说明马鞭草在我国的遗传多样性水平、历史动态、分布格局等方面的特征。1.亲缘地理学分析利用cpDNA序列、ITS序列分析马鞭草在我国的演化历程。从通用叶绿体引物中筛选出2对引物(trnL-trnF、psbD-trnT)进行分析。trnL-trnF序列在国内居群中产生2种单倍型,其变异位点百分率为0.11%,单倍型多态性Hd=0.087,核苷酸多态性π=0.00010;psbD-trnT在国内的居群中仅占有3种单倍型,其变异位点百分率为1.8%,单倍型多态性Hd= 0.345,核苷酸多态性π=0.00046;ITS序列产生2种单倍型,其变异位点百分率为...
【文章页数】：71 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第1章 引言
1.1 马鞭草植物概述
1.1.1 马鞭草的生物学和生态学特征
1.1.2 马鞭草的国内外研究进展
1.2 马鞭草研究中存在的问题
1.3 谱系地理学
1.3.1 谱系地理学概念及研究内容
1.3.2 谱系地理学相关理论
1.4 本实验使用的分子标记
1.4.1 叶绿体DNA分子标记
1.4.2 核基因ITS分子标记
1.4.3 简单重复序列分子标记(SSR)
1.5 转录组测序技术
1.6 研究内容和意义
1.6.1 研究内容
1.6.2 研究意义
第2章 亲缘地理学分析
2.1 实验材料和方法
2.1.1 样本材料的采集
2.1.2 实验仪器和主要试剂
2.2 实验方法
2.2.1 基因组DNA的提取
2.2.2 cpDNA引物筛选
2.2.3 ITS序列引物信息
2.2.4 数据处理与分析
2.3 实验结果与分析
2.3.1 引物筛选结果
2.3.2 叶绿体序列分析
2.3.3 ITS序列分析
2.3.4 联合数据分析
2.4 讨论
2.4.1 引物筛选结果
2.4.2 ITS和cpDNA进化特点分析
2.4.3 马鞭草单倍型亲缘关系
2.4.4 马鞭草居群历史动态
2.5 本章小结
第3章 马鞭草转录组测序和SSR位点分析
3.1 实验材料来源
3.2 实验方法
3.2.1 转录组测序方法
3.2.2 SSR位点搜索
3.3 结果与分析
3.3.1 马鞭草转录组RNA提取结果
3.3.2 马鞭草转录组原始数据质控
3.3.3 马鞭草SSR位点类型与特点
3.3.4 马鞭草转录组SSR重复次数
3.4 讨论
3.5 本章小结
第4章 基于SSR的马鞭草的群体遗传多样性
4.1 实验材料与方法
4.1.1 实验材料
4.1.2 实验方法
4.2 SSR数据的读取以及统计分析
4.3 实验结果与分析
4.3.1 SSR引物筛选结果与位点分析
4.3.2 马鞭草群体的哈迪—温伯格平衡检测和遗传多样性分析
4.3.3 马鞭草主成分分析
4.3.4 群体聚类分析
4.3.5 群体的Structure结构分析
4.3.6 遗传分化分析与分子方差分析
4.3.7 IBD分析
4.3.8 瓶颈效应检测
4.4 讨论
4.4.1 马鞭草遗传多样性
4.4.2 马鞭草居群杂合子过剩现象
4.4.3 马鞭草遗传结构与遗传分化
4.4.4 马鞭草瓶颈效应的验证
4.4.5 关于马鞭草为外来植物的推测
4.5 本章小结
第5章 结论与展望
5.1 结论
5.2 展望
致谢
参考文献
附录A 常用的20对cpDNA引物序列及退火温度
附录B 部分马鞭草cpDNA测序结果
附录C 马鞭草图片
攻读硕士学位期间的研究成果
本文编号：3836990
【文章页数】：71 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第1章 引言
1.1 马鞭草植物概述
1.1.1 马鞭草的生物学和生态学特征
1.1.2 马鞭草的国内外研究进展
1.2 马鞭草研究中存在的问题
1.3 谱系地理学
1.3.1 谱系地理学概念及研究内容
1.3.2 谱系地理学相关理论
1.4 本实验使用的分子标记
1.4.1 叶绿体DNA分子标记
1.4.2 核基因ITS分子标记
1.4.3 简单重复序列分子标记(SSR)
1.5 转录组测序技术
1.6 研究内容和意义
1.6.1 研究内容
1.6.2 研究意义
第2章 亲缘地理学分析
2.1 实验材料和方法
2.1.1 样本材料的采集
2.1.2 实验仪器和主要试剂
2.2 实验方法
2.2.1 基因组DNA的提取
2.2.2 cpDNA引物筛选
2.2.3 ITS序列引物信息
2.2.4 数据处理与分析
2.3 实验结果与分析
2.3.1 引物筛选结果
2.3.2 叶绿体序列分析
2.3.3 ITS序列分析
2.3.4 联合数据分析
2.4 讨论
2.4.1 引物筛选结果
2.4.2 ITS和cpDNA进化特点分析
2.4.3 马鞭草单倍型亲缘关系
2.4.4 马鞭草居群历史动态
2.5 本章小结
第3章 马鞭草转录组测序和SSR位点分析
3.1 实验材料来源
3.2 实验方法
3.2.1 转录组测序方法
3.2.2 SSR位点搜索
3.3 结果与分析
3.3.1 马鞭草转录组RNA提取结果
3.3.2 马鞭草转录组原始数据质控
3.3.3 马鞭草SSR位点类型与特点
3.3.4 马鞭草转录组SSR重复次数
3.4 讨论
3.5 本章小结
第4章 基于SSR的马鞭草的群体遗传多样性
4.1 实验材料与方法
4.1.1 实验材料
4.1.2 实验方法
4.2 SSR数据的读取以及统计分析
4.3 实验结果与分析
4.3.1 SSR引物筛选结果与位点分析
4.3.2 马鞭草群体的哈迪—温伯格平衡检测和遗传多样性分析
4.3.3 马鞭草主成分分析
4.3.4 群体聚类分析
4.3.5 群体的Structure结构分析
4.3.6 遗传分化分析与分子方差分析
4.3.7 IBD分析
4.3.8 瓶颈效应检测
4.4 讨论
4.4.1 马鞭草遗传多样性
4.4.2 马鞭草居群杂合子过剩现象
4.4.3 马鞭草遗传结构与遗传分化
4.4.4 马鞭草瓶颈效应的验证
4.4.5 关于马鞭草为外来植物的推测
4.5 本章小结
第5章 结论与展望
5.1 结论
5.2 展望
致谢
参考文献
附录A 常用的20对cpDNA引物序列及退火温度
附录B 部分马鞭草cpDNA测序结果
附录C 马鞭草图片
攻读硕士学位期间的研究成果
本文编号：3836990
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/nzwlw/3836990.html
最近更新
教材专著
