基于花椒转录组序列的SSR分子标记开发及种质资源鉴定

发布时间：2024-01-31 05:27

　　花椒(Zanthoxylum bungeanum Maxim)为芸香科花椒属植物,有较高的药用、食用和生态价值;花椒在我国栽培历史悠久,品种资源繁多,且栽培范围广泛,但由于在引种栽培过程中,同名异种、同种异名的现象比较严重,不利于花椒种质资源的鉴定、引种工作。本文以12个有地域代表的花椒种质为试验材料,开展了花椒EST-SSR功能性标记的开发,并对12份花椒种质资源进行了鉴定,丰富花椒在分子标记方面类型,为花椒种质资源鉴定提供依据。主要研究结果如下:1.采用生物信息学分析软件MISA对前期测序获得的45057条Unigene序列进行了SSR位点数据挖掘,发现在全部的非冗余序列中有3315条序列包含SSR位点,共3814个,SSR位点在全部序列中的出现频率为8.46%,平均分布距离约7.2kb;在检索出的SSR位点中,三核苷酸是主导重复类型,且三核苷酸重复基元中以GAA/CTT、AGA/TCT重复基元出现频率最高;在检索出的不同SSR位点类型中,所有重复基元的重复次数范围在4-12次。其中二核苷酸重复次数范围6-12次、为最大,六核苷酸重复次数范围只有4次、为最小。随着重复基元重复次数的...

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【部分图文】：

图2-1花椒与其他树种SSR平均分布距离对比

采用CTAB法能提取到纯度较高、浓度较大的DNA。所提DNA符合标准，以用于后续试验(张大伟等2014)。.3.2花椒cDNA序列SSR位点分布特征.3.2.1花椒EST-SSR频率和密度通过对蒋弘刚(2014)在凤县大红袍花椒皮刺分化转录组测序及数据....

图2-2花椒EST-SSR重复基元及SSR位点分布特征

图2-2花椒EST-SSR重复基元及SSR位点分布特征Fig.2-2distributioncharacteristicsofEST-SSRrepeatsandSSRlociinZanthoxylumbungeanum注：a为核苷酸重复类....

图3-3引物FX-27对12份花椒种质的扩增结果

引物FX-27在顶坛花椒、凤县大红袍上均表现出特征谱带，在特征谱面与其他引物相比都较为丰富，在对花椒利用指纹图谱法进行种质鉴3-3）。利用引物组合法对花椒种质进行鉴别时，选择FX-15、FX-27-60、FX-40和FX-15两组引物进行组合可以将12份花椒种质....

本文编号：3891044