利用全基因组关联分析解析玉米籽粒可变剪接变异

发布时间：2024-02-16 00:52

　　可变剪接在真核生物中广泛存在,是调节基因表达和产生蛋白质组多样性的重要机制。解析可变剪接变异的遗传调控机制不仅有助于理解转录和转录后调控,而且有助于评估可变剪接对表型变异的贡献。研究者利用数量遗传学手段对基因表达变异遗传调控机制开展了大量研究,但研究可变剪接变异的遗传调控机制在植物中还鲜有报道。本研究利用具有广泛遗传变异的368份玉米自交系组成的关联群体为材料,基于授粉后15天未成熟籽粒的转录组数据,采用全基因组关联分析,剖析玉米籽粒可变剪接的遗传结构,并初步探讨可变剪接调控的机制以及其对表型变异的贡献。主要研究结果如下:一、利用转录组深度测序数据,在群体水平进行了基于参考基因组的转录本组装,共挖掘到来自于已知基因的49132个新的转录本,转录本的组装使玉米基因组发生可变剪接的基因比例由32%增加至50%;二、基于125万个高密度SNP标记(MAF>0.05),对玉米籽粒可变剪接变异进行了全基因组关联分析。在全基因组显著水平下(P<4E-08),共检测到8293个调控可变剪接变异的数量性状位点(sQTL),相应调控5028个基因的剪接变化。其中顺式调控(cis-sQTL)相...

【文章页数】：98 页

【部分图文】：

图１－１主要剪接事件分类（Ｒｅｄｄｙ?ｅｔａｌ．，２０１３）??Ｆｉｇｕｒｅ?１－１?Ｔｙｐｅｓ?ｏｆ?ＡＳ?Ｅｖｅｎｔｓ?ｉｎ?Ｈｕｍａｎｓ?ａｎｄ?Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ?（Ｒｅｄｄｙ?ｅｔ?ａｌ．，?２０１３）??

变剪接事件分类??吋变剪接事件主要包含四种基本形式（图丨－１）：??Ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅ?ｓｐｉｋｉｎｇ?Ｈｕｍａｎ?Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ??ｅｖｅｎｔ?ｔｈａｌｉａｎａ??魏?．８％??＇、?ｉｎｃｌｕｓｉｏｎ??－￡＝＾ｉ＝＞?一ｆ?－祕?－现??Ａｌｔｅｍａｔｓ，ｔｅ５....

图１－２可变男接的两步转醋反应（Ｌｅｅ?ａｎｄ?Ｒｉｏ，?２０１５）??Ｆｉｇｕｒｅ?１－２?Ｔｗｏ?ｔｒａｎｓｅｓｔｅｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ?ｓｔｅｐｓ?ｏｆ?ｎｕｃｌｅａｒ?ｐｒｅ－ｍＲＮＡ?ｓｐｌｉｃｉｎｇ?（Ｌｅｅ?ａｎｄ?Ｒｉｏ，?２０１５）??

９５％的基因发生可变剪接（Ｐａｎ?ｅｔａｌ．，２００８），极大地丰富了人类蛋??白质的多样性，并且外显子跳跃型剪接占据了主要的地位。??１．１．３可变剪接产生的过程??细胞核中的剪接过程主要通过两步连续的转酯反应完成。第一步转酯反应中，５，剪接位点首??先被剪开，内含子的５’端通....

图１－３可变剪接的顺式调控元件（Ｓｙｅｄ?ｅｔａｌ．，２０１２）??Ｆｉｇｕｒｅ?１－３?Ｃ／ｓ－ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ?ｅｌｅｍｅｎｔｓ?ｏｆ?ｓｐｌｉｃｉｎｇ?（Ｓｙｅｄ?ｅｔ?ａｌ．，?２０１２）??

中国农业大学博士学位论文?第一章文献综述??１．１．４可变剪接的调控??可变剪接的调控由顺式作用元件与反式作用因子共同发挥作用。??顺式作用元件包括保守的５’和３’剪接位点（ｓｐｌｉｃｅ?ｓｉｔｅｓ），分支位点（ｂｒａｎｃｈ?ｐｏｉｎｔ，?ＢＰ），多聚??１１■密唯序列（ｐｏｌｙ....

图１－４剪接体的组装过程（Ｌｅｅａｎｄ?Ｒｉｏ，?２０１５）??Ｆｉｇｕｒｅ?１－４?Ｔｈｅ?ｓｐｌｉｃｅｏｓｏｍｅ?ａｓｓｅｍｂｌｙ?ａｎｄ?ｄｉｓａｓｓｅｍｂｌｙ?ｃｙｃｌｅ?（Ｌｅｅ?ａｎｄ?Ｒｉｏ，?２０１５）??

ａｇＢ３?八、?Ｖ??／?－?＃?７??Ｐｒ＾ｐｈｃｅｏｓｏｍｅ?；?ｕｅ?ＵＪ??（ｃｏｍｐｌｅｘ?Ａ）?＾?＿ｐ－??＼?Ｕ４／Ｕ６．ＵＳ?ｗ！Ｓ８ｉ＿??ｆ?纔＾謂?ｐｏｓｓｓｒａｌ??１?２ｎｄ?ｓｔｅｐ?ｆ??—祕－＾破?〇?／?ｖ?｜??＼?／?Ｗ?＾ｔ，＾Ｄ?ｊＴｍ....

本文编号：3900536