大麦SBP转录因子的鉴定与表达分析

发布时间：2024-02-21 11:09

　　SBP家族是植物特有的一类转录因子,含有一个约80个氨基酸残基的保守结构域,广泛参与植物生长、发育及多种生理生化过程。为探讨大麦SBP转录因子的基因结构及表达模式,采用生物信息学方法对大麦SBP家族的基因结构、染色体分布、蛋白质保守结构域、系统进化树及表达谱进行分析。结果发现,用生物信息学方法鉴定共获得22个大麦SBP基因,命名为 HvSBP1～ HvSBP22,分布在6条染色体上,而且大多基因成簇分布;各基因的结构差异明显,外显子数量为1～11个。蛋白结构分析显示,大多数HvSBP具有2个典型的锌指结构域以及核定位信号。系统进化分析表明,22个HvSBP分属于4个进化亚组,且与水稻SBP基因的亲缘关系较近。表达分析表明,22个HvSBP在萌动胚、幼苗、5 dpa颖果、15 dpa颖果、0.5 cm幼穗花序、1 cm幼穗花序和节间等7个组织中的表达差异明显,呈现出不同的表达模式。研究发现,HvSBP基因主要集中在幼穗花序和颖果等组织中表达,在1.0 cm幼穗花序中表达量最高,表明HvSBP基因与大麦开花发育密切相关。

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【部分图文】：

图3大麦SBP蛋白的多序列比对分析

图2大麦SBP基因结构保守的蛋白序列往往能形成保守的蛋白结构,保守的结构往往又是其行使特定功能的重要保证。从大麦SBP蛋白的三维结构的预测结果(图5)可以看出,这些蛋白中具有典型的锌指结构与和核定位信号结构。虽然这些蛋白的三维结构存在一定的差异,但由于其存在共同的保守基序,使得....

图4大麦SBP蛋白的比对分析

保守的蛋白序列往往能形成保守的蛋白结构,保守的结构往往又是其行使特定功能的重要保证。从大麦SBP蛋白的三维结构的预测结果(图5)可以看出,这些蛋白中具有典型的锌指结构与和核定位信号结构。虽然这些蛋白的三维结构存在一定的差异,但由于其存在共同的保守基序,使得它们的三维结构具有SBP....

图1大麦SBP基因的染色体定位

表1大麦中鉴定出的SBP家族基因Table1SBPfamilygenesidentifiedinbarley基因名Genename所在染色体Chromosome编码序列长度CDSlength/bp蛋白编号ProteinID蛋白长度Proteinl....

图2大麦SBP基因结构

用MEME对大麦22个SBP家族的氨基酸序列进行保守基序(motif)扫描,得到HvSBP转录因子蛋白质保守序列的结构特征图,即motif分布图(图4)。结果显示,在HvSBP转录因子蛋白中总共找到了4个保守的motif基序,其中motif2处在第一个锌指Zn1的位置,motif....

本文编号：3905341