基于大规模群体测序的水稻转座子变异研究

发布时间：2024-04-25 19:44

　　转座子是一段可以在基因组上自我复制或者“跳跃”的DNA片段。活跃转座子的转座会在个体间产生丰富的转座子变异,给宿主的生命活动造成影响。利用不同个体异常比对的读段序列信息可鉴定转座子变异。目前,对水稻转座子的研究往往只是针对小规模的水稻群体或者特定功能的转座子,大规模群体水平的水稻转座子研究还十分稀缺。随着新一代测序技术的发展,越来越多的水稻高通量数据产生,这为研究水稻群体的转座子变异提供了很好机会。本研究利用“3000份水稻基因组计划”公布的3243份高覆盖度水稻基因组测序数据和数据库RiTE-db中的水稻转座子数据,对水稻群体中的转座子变异进行了注释研究,主要结果如下:1、以日本晴IRGSP 1.0为参考基因组,对3243份水稻的重测序数据进行了转座子变异鉴定,鉴定结果精确到1 kb。最终检测到62555个转座子变异,DTM和RLG是变异最多的两类转座子,并且发现自发转座子有1593个,非自发转座子有35163个,非自发转座子要比自发转座子更活跃。利用珍汕97和明恢63基因组对鉴定的结果进行了评估,敏感性最高可达到达到了98%以上。2、对转座子变异进行了初步分析。发现DNA转座子和反...

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【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图1统一的转座子分类系统（注，该图由本人绘制）

基于大规模群体测序的水稻转座子变异研究，通常小于500bp（Bureauetal.,1994;Okietal.,2008;Luetal.,2011），Mi命名是从转座酶的角度提出来的。Wicker等人在Finnegan提出的转座子分准的基础上，进行....

图2非参考基因组转座子变异的鉴定流程

图2非参考基因组转座子变异的鉴定流程Fig.2Theworkflowforindentifingnon-referencetransposableelementvariations类似于对POS-B按照位置聚类找转座子插入的位置，对POS-A按照位置类....

图3在珍汕97和明恢中找日本晴同源区间的流程

图3在珍汕97和明恢中找日本晴同源区间的Fig.3TheworkflowofidentifyhomologousregionofNippon2.2.2.2准确性和敏感性的计算在珍汕97和明恢63分别对鉴定出来的转座子变异位汕97（或者明恢63....

图4转座子测序验证策略图

基于大规模群体测序的水稻转座子变异研究插入，那么该区间转座子插入位点的染色质开放强度为零。由公式(2)可以看出，S=1时，表明100kb区间内，转座子插入位点的ATAC-seq峰的分布概率与ATAC-seq的峰在整个区间随机分布的概率相当；S>1时，转座子插入位点....

本文编号：3964168