基于苦荞全长转录组测序开发SSR标记及遗传多样性分析

发布时间：2024-07-06 00:05

　　简单重复序列(SSR)标记以其高效、可重复和近缘物种高效利用率的优点成为遗传多样性及分子育种研究利用的主要技术手段。苦荞(Fagopyrum tataricum)作为重要的杂粮作物,其分子标记研究也受到了关注。本试验以苦荞‘黑丰1号’籽粒为材料,利用三代测序技术进行转录组测序,基于Perl程序批处理方法筛选SSR位点并开发SSR标记,结果表明:转录组测序共获得15 592条高质量去冗余序列,共鉴定出1 107个SSR位点;按其在染色体中均匀分布原则设计132对genic-SSR引物,其中11对引物具有多态性,多态信息含量(PIC)在0.14～0.60之间;群体结构和聚类分析表明, 123份苦荞种质被划分为2个亚群。上述结果拟为有效利用转录组数据、充分挖掘有效SSR标记,以及苦荞分子标记辅助育种提供理论和实践参考。

【文章页数】：13 页

【部分图文】：

图2KEGG注释结果

使用Structure2.3.4软件中混合模型聚类算法分析供试苦荞种质的群体结构,如图5-A所示,平均lnP(D)值在K值从1～10的过程中一直增大,因此可根据贝叶斯算法进一步确定亚群数目。如图5-B所示,ΔK值在K=2时有个明显的峰值,因此推断供试苦荞种质可以划分为2个亚群....

图3SSR基序的识别与特征

图2KEGG注释结果利用PowerMarker3.25软件对123份苦荞种质进行遗传距离分析(图6),依据遗传距离将群体划分为I和II两个亚群,与Structure2.3.4软件的划分结果一致。其中I亚群包含67份苦荞种质,分别来自中国湖北(7份)、湖南(2)、安徽(3)、....

图1GO注释结果

利用Primer6.0对1107个SSR位点进行引物设计,共有954个SSR位点成功设计了引物,经筛选合成132对引物;以3份苦荞种质(‘ZNQ195’、‘PI427240’和‘黑丰1号’)的基因组DNA为模板对其进行PCR扩增、筛选,结果显示,有109对引物能扩增出清晰的目....

图4HFP128的PCR扩增序列变异长度及其SSR重复基序的遗传分析

本研究通过苦荞籽粒三代全长转录组测序共获得80272条全长无污染序列,平均长度为1419bp,进一步筛选获得15592条高质量去冗余序列,N50为1569bp;利用MISA1.0从15592条序列中获得1107个二至六核苷酸重复的SSR位点,分布频率为7.1%。相....

本文编号：4001756