绞股蓝和心籽绞股蓝的转录组分析及绞股蓝属系统发育初步研究

发布时间：2024-06-08 07:00

　　高通量测序技术的进步加速了人们对非模式生物的转录组研究。绞股蓝是葫芦科绞股蓝属一种重要的中药材,含有与人参皂苷结构相似的绞股蓝皂苷以及黄酮、多糖等多种有效成分。但绞股蓝属内物种之间由于形态特征交叉过渡现象严重,导致种间分类和系统发育关系一直模糊。且以前的研究所涉及的种间关系只包含少数物种,没有从根本上解决该属的系统发育关系。本研究采用Illumina HiSeq TM2000测序技术对绞股蓝属的绞股蓝和心籽绞股蓝两个物种进行了转录组测序。经组装后分别获得了 40257个和44000个unigene,将二者合并后共获得了 71607个非冗余unigene,比较后获得了 4517个差异表达基因,将这些非冗余unigene和差异基因分别在Nr、Swissprot、GO、COG和KEGG数据库中进行了注释,通过对注释的结果初步总结和分析,获得了绞股蓝属中三萜皂苷合成相关的酶基因。分子标记的开发是分析群体遗传结构的基础,本研究用MISA软件在71607个unigene中搜索到了 3891个EST-SSR位点,其中2586个位点能够成功设计引物。我们随机选择了 360个位点在6个绞股蓝个体中进行验...

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【部分图文】：

图２－３．比对到蛋白数据库的Ｕｎｉｇｅｎｅｓ的长度分布（Ｕｎｉｇｅｎｅｓ越长比对到蛋白数据库??的比例越大）??

ｃａｃａｏ??ｍｅｄｉｃａｇｏ?ｔｒｕｎｃａｔｕｌａ??图２－２：绞股蓝属两个物种ＢＬＡＳＴＸ到数据库中的物种分布??Ｆｉｇｕｒｅ２－２?：?Ｔｏｐ－ｈｉｔ?ｓｐｅｃｉｅｓ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ?ｏｆ?ＢＬＡＳＴＸ?ｍａｔｃｈｅｓ?ｏｆ?ｔｒｖｏ?Ｇｙｎｏｓｔｅｍｍａ?ｓｐｅ....

图２－４．?Ｕｎｉｇｅｎｅ的ＧＯ分类（主要分为３大类：生物过程，细胞组成和分子功能，共??３５％８的ｕｎｉｇｅｎｅ比对到ＧＯ数据库中）??Ｆｉｇｕｒｅ?２－４．?Ｇｅｎｅ?Ｏｎｔｏｌｏｇｙ?ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ?ｏｆ?ａｓｓｅｍｂｌｅｄ?Ｕｎｉｇｅｎｅｓ．?Ｔｈｅ?ｒｅｓｕｌｔｓ?ａｒｅ??

Ｒ：Ｇｅｎｅｒａｌ?ｆｕｎｃｔｉｏｎ?ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ?ｏｎｌｙ??Ｓ：Ｆｕｎｃｔｉｏｎ?ｕｎｋｎｏｗｎ??图２＿５注释到ＣＯＧ数据库中的Ｕｎｉｇｅｎｅ的分类，共有２Ｏ５８５个Ｕｎｉｇｅｎｅ注释到了??ＣＯＧ数据库的２５个类别中??Ｆｉｇｕｒｅ?２－５．?Ｈｉｓｔｏｇｒａｍ?....

图２－６差异表达基因ＭＡ图??

?２．４．３差异表达基因筛选结果??对绞股蓝和心籽绞股蓝进行Ｕｎｉｇｅｎｅ表达差异分析，图２－６显示了这两个物种中整??体的差异情况。从数量上来说，绞股蓝与心籽绞股蓝相比，共发现差异表达的??Ｕｎｉｇｅｎｅ?４５１７个（表２－５），其中上调的有１９８９个，下调的有２５２８个（图２....

图２－７：绞股萊和心籽绞股蓝差异表达基因的ＧＯ分类图

?２．４．３差异表达基因筛选结果??对绞股蓝和心籽绞股蓝进行Ｕｎｉｇｅｎｅ表达差异分析，图２－６显示了这两个物种中整??体的差异情况。从数量上来说，绞股蓝与心籽绞股蓝相比，共发现差异表达的??Ｕｎｉｇｅｎｅ?４５１７个（表２－５），其中上调的有１９８９个，下调的有２５２８个（图２....

本文编号：3991632