基于简化基因组测序高粱育种材料亲缘关系的分析

发布时间：2024-06-11 03:07

　　探明高粱育种材料的遗传结构和亲缘关系,为今后高粱杂交育种、种质创新及杂种优势群构建提供理论依据。采用简化基因组测序技术(Specific-locus amplified fragment sequencing,SLAF-seq)对37份高粱材料进行测序,以高粱(Sorghum bicolor_v3.1)基因组为参考基因组进行酶切预测,以水稻品种日本晴为对照进行比对分析,开发单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)标记并将其应用于育种材料的遗传结构和亲缘关系分析。结果表明,从37份高粱材料中共获得106.19 Mb的读长数据,不同材料的读长个数在1 461 206-4 628 462;对照数据的双端比对效率为92.15%,酶切效率为89.69%,SLAF建库正常。测序质量值Q30平均为89.60%,所有样品GC含量均值为45.71%,共开发了226 724个SLAF标签,其中多态性SLAF标签有105 053个,通过序列分析共获得185 451个有效标记。群体遗传结构分析和主成分分析都将37份高粱育种材料划分为2个类群,保...

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【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 材料
    1.2 方法
        1.2.1 高粱DNA的提取
        1.2.2 酶切方案的确定
        1.2.3 基因组测序、SLAF标签分析及SNP分析
        1.2.4 群体遗传结构和亲缘关系分析
2 结果
    2.1 酶切方案与建库评估
    2.2 测序数据统计与评估
    2.3 SLAF标签和SNP分子标记的鉴定
    2.4 群体遗传结构分析
    2.5 聚类分析
    2.6 主成分分析
    2.7 遗传距离分析
    2.8 不同育种材料间的遗传距离分析
3 讨论
4 结论



本文编号：3992308