大黄鱼部分形态学性状QTL定位

发布时间：2020-05-25 06:01

【摘要】：大黄鱼在我国海水鱼类养殖业中占有重要的地位。进行品质遗传改良一直以来是遗传育种的主要目标。本文综合采用连锁分析和关联分析对大黄鱼LG家系和随机群体的表型性状进行了QTL定位。主要研究结果如下:1.表型数据分析LG家系群体的12个表型性状(体重、全长、体长、体高、体厚、头长、吻长、眼径、尾鳍长、尾柄长、尾柄高和躯干长)都服从正态分布,显示出连续变异的特点。随机群体的7个性状指标(胴体重、全长、体长、尾柄长、尾柄高、肥满度和净重率)之间相关程度均达到极显著水平(P0.01),且都服从正态分布。2.LG家系形态性状QTL定位采用MapQTL6.0软件对形态性状进行定位分析。在19月龄中,共定位到17个QTL,分布在2、3、5、9、18、20、22和23连锁群上,单个QTL可解释的表型变异率为22.2%-36.8%在24月龄中,共定位到25个QTL,分布在1、13、14和24连锁群上,单个QTL可解释的表型变异率为13.2%-37.1%,未定位到眼径和尾鳍长相关的QTL。观察发现,控制不同性状的QTL被定位在同一连锁群相同或相邻位置。这一现象暗示着同一个QTL可能同时控制着多个表型性状,并且这些表型性状可能具有共同的遗传基础。另外,控制同一性状的QTL在不同时期会发生迁移。3.LG家系形态性状GWAS分析采用单标记关联分析对LG家系群体表型性状进行定位,19月龄共检测到16个与性状显著关联的SNP位点,分布在2、3、9、13、18、21、22和23连锁群。24月龄共检测到31个关联的SNP位点,分布在1、5、7、13、14、18和24连锁群。其中,体重、全长、体长、体高、体厚、头长、吻长、眼径、尾柄长、尾鳍长、尾柄高和躯干长在19月龄和24月龄关联的SNP数目分别为1(5)、1(4)、1(4)、1(2)、1(4)、3(1)、1(1)、2(1)、1(3)、1(1)、1(3)、2(2),括号内为24月龄SNP数目。4.随机群体大黄鱼表型性状GWAS分析通过GBS测序技术挖掘SNP标记,经质控后,最终500个体和24645个SNPs用于关联分析。在全基因组范围内共检测到68个SNPs与7个生长性状显著相关(P10~(-6)),其中与胴体重、全长、体厚、尾柄长、肥满度和净重率显著关联的SNP数目分别为9、6、7、9、12、2和23。观察发现,控制不同性状的位点被定位在相同染色体相同位置。以1号染色体为例,位于1号染色体19.9Mb和24.4Mb位置的位点同时与胴体重、全长、尾柄长和尾柄高显著关联,说明这两个位点可能同时影响着这4个性状,并在这两个位点附近发现SGCZ、XPNPEP1、PNPLA6等基因,这些基因可能紧密连锁并同时影响大黄鱼生长相关性状。
【图文】：

频率分布图,肥满度,净重

28尾柄高/mm 肥满度 g/cm3净重率%图 3-1 各形态数据频率分布图Fig.3-1 The normal distribution of morphometric body measurements

电泳图,琼脂糖电泳,基因组DNA,纯度

/g 1mm 0.940** 1/mm 0.872** 0.825** 1/mm 0.873** 0.898** 0.761** 1/mm 0.833** 0.830** 0.735** 0.777** 1/cm30.529** 0.331** 0.601** 0.330** 0.408** 1R% -0.171** -0.149** -0.286** -0.156** -0.122** -0.516** 因组 DNA 检测的大黄鱼 DNA 经 1%的琼脂糖凝胶电泳后清晰见到基因组 DNA 条带，，只选取部分个体的 DNA 电泳图见图 3-2。由图可见，DNA 片段完整蛋白存在，无明显降解及 RNA 存在，说明提取的 DNA 质量较高，满足。取 1.5ulDNA 在 NanoDrop 核酸分析仪测定其浓度和纯度，绝大多部分ng-500ng/ul 之间，，OD260/280和 OD260/230值均介于 1.8-2.1 之间，样品纯度
【学位授予单位】：集美大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：S917.4

【参考文献】