大黄鱼性腺性别分化的转录组学研究

发布时间：2020-05-28 01:34

【摘要】：大黄鱼(Larimichthys crocea)是中国海水网箱养殖量最大的重要经济物种之一,其生长具有雌雄二态性,然而大黄鱼性腺分化分子机制相关知识仍然匮乏,性腺分化过程中基因表达情况缺乏系统研究。因此,本文对不同发育阶段的大黄鱼雌雄性腺进行分别测序,然后进行比较分析。主要研究结果如下:1、取8月龄大黄鱼雌雄性腺进行RNA-Seq,初步考察转录组分析大黄鱼性腺基因表达状况的效率及可靠性。结果显示,RNA-Seq共产生2.5亿个平均125bp的原始读段,经质控、拼接,获得77405个平均长度为896bp的转录本,其中雄性高表达基因13342个,雌性高表达基因3573个,雄性特异表达基因4713个,雌性特异表达基因46个。差异基因的聚类热图显示,雌雄性腺间基因表达模式差异巨大,相同性别样品间重复性好。用该数据库查找了42个性别决定或分化相关基因的序列和表达量,并利用RT-PCR验证了其中12个基因,结果相符的有10个基因,不相符的有2个基因。2、取3月龄和18月龄大黄鱼性腺进行RNA-Seq,然后将数据对比到实验室获得的基因组上,结合第一部分研究内容,分析大黄鱼在各个发育阶段性腺表达基因的表达水平,筛选性腺性别特异表达基因。3月龄测序数据注释到21944个基因;8月龄测序数据注释到21924个基因;18月龄测序数据注释到19,659个基因。其中,在大黄鱼3月龄性腺中,有68个基因在精巢中特异性表达,157个基因在卵巢中特异性表达,3910个基因共表达;8月龄时,有1959个基因在精巢中特异性表达,45个基因在卵巢中特异性表达,7480个基因共表达;18月龄时,有976个基因在精巢中特异性表达,140个基因在卵巢中特异性表达,7233个基因共表达;将雌雄数据分别混合,发现仍然有13个基因在精巢中特异性表达,8个基因在卵巢中特异性表达,6773个基因共表达。将大黄鱼雌雄性腺在不同发育阶段中特异表达基因分别作统计分析,更好地观测这些表达基因在每两个相邻时期的变化。3、研究对大黄鱼雌雄性腺发育的时序性,获得表达基因在不同发育时期的数量变化。在雄性中,从3月龄到8月龄有2789个基因表达量上升,2944个基因表达量下降;从8月龄到18月龄有2436个基因表达量上升,共有2307个基因表达量下降。在雌性中,从3月龄到8月龄有716个基因表达量上升,5061个基因表达量下降;从8月龄到18月龄有584个基因表达量上升,共有247个基因表达量下降。本文为进一步研究大黄鱼的性别分化机制奠定基础,也为鱼类性别分化机制和进化研究提供数据和参考。
【图文】：

转录组学,集美大学,硕士学位论文

DNA革命的发展（引自Costaetal.,2010）

示意图,转录组,流程,文库

2图 1.2 主要转录组技术工作流程示意图（引自史硕博等，2010）EST 技术基于 mRNA 构建的 cDNA 文库，从中随机挑取 cDNA 克隆，，对其 5’或 3’
【学位授予单位】：集美大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：S917.4

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