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基于SSR标记的中国对虾抗WSSV性状遗传参数估计及野生和选育群体的遗传多样性分析

发布时间:2020-07-06 11:19
【摘要】:中国对虾亦称中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis),由于其适应能力强、生长速度快、耐低温、品质好等优点,曾是我国重要的渔业资源之一。1987年-1992年是中国对虾养殖的鼎盛时期,最高年产量曾达到20万吨。然而,高速发展的中国对虾养殖业遇到诸多问题的挑战,尤其是1993年以后白斑综合症病毒(White Spot Syndrome Virus,WSSV)的出现,对中国对虾的养殖造成严重损失。从1996年开始实施的中国对虾良种选育计划,旨在培育生长快、抗病能力强的养殖新品种,被视为有望解决对虾养殖病害困扰的有效途径之一。本文以累代选育10代的中国对虾“黄海2号”选育群体和捕自朝鲜半岛西海岸的野生群体为材料,采用微卫星分子标记技术,对中国对虾抗WSSV性状的遗传参数进行估计,并对累代选育10代的选育群体进行遗传多样性分析,以期为进一步的选育工作提供理论支持和技术参数。遗传多样性是生物适应环境和遗传变异的关键指标之一,高遗传多样性的群体也是进行遗传选育的基础。累代人工选育是否会降低中国对虾的遗传多样性,影响中国对虾的选育效果,尚缺少实际检测数据的支撑。因此,十分有必要对中国对虾选育群体进行遗传多样性分析,从而制定更加科学的育种计划。中国对虾遗传参数估计中个体间亲缘关系的确定主要还是利用人为记录的物理系谱,然而微卫星等分子标记的发展为遗传参数估计提供了新的思路。利用微卫星等分子标记对子代进行基因分析,通过对基因型的分析确定研究个体间的分子相关度,从而确定个体间的亲缘关系。本研究中,我们分别利用物理系谱和分子相关度的方法,估计中国对虾抗WSSV感染存活性状的遗传力,并通过交叉验证的方法检验分子相关度在估计中国对虾遗传力上的预测能力和准确性,以期为中国对虾遗传参数的估计提供一种新的方法。本研究取得的主要结果如下:1.中国对虾人工选育群体与野生群体遗传多样性的SSR分析利用微卫星标记技术分析了中国对虾野生群体(Wild Population,WP)和“黄海2号”第10代选育群体(Breeding Population,BP)的遗传多样性,以检测累代人工选育对中国对虾群体遗传结构的影响。结果显示,15个微卫星位点共检测到462个等位基因,微卫星位点等位基因数(Na)和有效等位基因数(Ne)分别为3-44个和2-29个,多态信息含量(PIC)为0.518-0.964。野生群体和选育群体的平均观测杂合度分别为0.852和0.810,15个微卫星位点的等位基因频率在两个群体发生了显著的变化。通过计算P值确定位点Hardy-Weinberg平衡偏离情况,Fis结果显示共有11个群体位点表现为杂合子过剩,Shannon指数(H)分别为2.786和2.399。两群体的Nei’s无偏遗传距离(uD)和无偏遗传相似度(uI)分别为0.177和0.838,遗传分化指数为0.017(P=0.001),表明群体发生了弱的遗传分化。遗传变异来源分析显示,只有7.50%的变异来自于群体间,其余遗传变异均来自于个体间。表明人工选育的中国对虾“黄海2号”第10代群体具有高的遗传多样性,仍具有很大的选育潜力,可以继续作为选育的材料。2.利用物理系谱估计中国对虾“黄海2号”抗WSSV性状的遗传参数采用人工受精技术,2015和2016年共构建了181个中国对虾“黄海2号”家系,本研究共采用4302尾个体。对培育的中国对虾成虾进行抗WSSV感染测试,利用动物模型和限制性最大似然法并结合11代物理系谱信息,估计中国对虾抗WSSV感染存活性状的遗传力和遗传进展。结果显示,中国对虾“黄海2号”抗WSSV感染存活性状的遗传力为0.012±0.022,共同环境效应为0.04±0.01;预测遗传增量为0.036,预测遗传进展为0.017%,现实遗传进展增量为-137.84。本研究结果可为进一步开展中国对虾抗WSSV性状遗传选育提供参考。3.利用微卫星标记估计中国对虾“黄海2号”抗WSSV性状的遗传力中国对虾是中国重要的养殖品种,然而利用物理系谱估计中国对虾的遗传参数会有一些不足。本研究的目的是评价利用分子相关度的方法估计中国对虾抗WSSV性状遗传力的可靠性。实验包含2015年构建的31个家系和2016年构建的36个家系,每个家系随机取10尾对虾,共670尾。利用15对经荧光标记的微卫星引物分别对所有样品进行基因分型,利用限制性约束最大似然法并结合分子相关度和系谱相关度构建加性遗传矩阵,分别估计中国对虾抗WSSV性状的遗传力,最后利用交叉验证的方法检验物理系谱和分子相关度的预测能力和估计育种值的准确性。结果显示:分子相关度和系谱估计的亲缘相关系数的皮尔逊相关度为0.412,根据相同的动物模型和限制性最大似然法,利用分子相关度和系谱估计得到的中国对虾抗WSSV性状的遗传力分别为0.064±0.048和0.050±0.044,两者无显著性差异。交叉验证结果显示,分子相关度和系谱的预测能力分别为0.7277和0.7270,育种值估计的准确度分别为0.8530和0.8526。研究结果表明利用微卫星标记估计中国对虾的遗传力是一种有效的方法。
【学位授予单位】:上海海洋大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2017
【分类号】:S945.4

【参考文献】

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本文编号:2743556

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