黄唇鱼SSR标记开发和遗传多样性分析及其消化系统组织学研究

发布时间：2020-08-07 06:45

【摘要】：黄唇鱼(Bahaba flavolabiata)是中国特有物种,仅分布于南海北部和东海南部沿海。由于环境的急剧恶化和过度捕捞,其资源迅速减少,濒临灭绝,开展保护性研究工作迫在眉睫。目前黄唇鱼各方面的研究资料还比较匮乏,鉴于此,本文一方面通过黄唇鱼SSR标记的开发和遗传多样性分析,以期为黄唇鱼的种质资源鉴定和保育等研究奠定理论基础;另一方面通过消化道的形态学、组织学及黏液细胞分布规律的研究,了解其消化和吸收特征,为该鱼的人工养殖提供技术支撑。1.基于转录组测序技术进行黄唇鱼SSR标记开发本研究使用Illumina Hiseq测序平台进行黄唇鱼转录组测序,共获得13.43GB数据。经组装并去冗余后得到65,047个Unigene,检测出29,797个SSR位点,分布于19,664个Unigene中。SSR位点分布类型与特征分析显示,最主要的重复类型为二核苷酸重复(39.8%),其次为一核苷酸重复(32.5%)和三核苷酸重复(22.4%)。二核苷酸重复中的基序主要是AC/GT(占总量的28%)。本研究利用Primer3软件总共设计出26949对引物。随机选取186对引物,以6个黄唇鱼样品为模板,进行PCR扩增;121对引物成功扩增出预期片段,其中47对引物表现出多态性。结果表明,利用转录组测序数据大规模开发黄唇鱼SSR标记是可行的,开发的SSR标记可以为评估黄唇鱼群体的遗传多样性奠定基础。2.通过SSR标记评估黄唇鱼自然群体的遗传多样性水平本文通过双重荧光PCR反应,筛选出29对多态性较高的SSR引物,对19个黄唇鱼样本进行遗传多样性分析,结果显示:29个微卫星位点的等位基因数(Na)分别为2-7个,等位基因总数为121个,平均等位基因数目为4.17个。有效等位基因(Ne)在1.0606-6.0561之间,总和为85.2050。表观杂合度(Ho)和期望杂合度(He)的平均值分别为0.6593和0.5973。多态性信息含量PIC值在0.0555-0.8137之间,平均值为0.5423。5个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡(校正P≤0.05)。基因丰富度Rs在2-6.976之间,总和为119.638。基因多样性(GD)在0.059-0.856之间。这些数据显示黄唇鱼群体遗传多样性水平处于高等水平。3.黄唇鱼消化系统的组织结构及黏液细胞分布特征利用石蜡切片、HE和阿利新兰 高碘酸雪夫 试剂(AB-PAS(Alician blue and periodic acid Schiff reagent AB,p H2.5))染色技术研究黄唇鱼消化系统的组织结构和黏液细胞的分布特征。黄唇鱼食道粗而短,胃呈“卜”形,分为贲门部、盲囊部和幽门部,胃与肠的连接处有8个幽门盲囊,肠道在体腔内迂回2个曲折。光镜下观察到消化管管壁由外至内依次为外膜、肌肉层、黏膜下层和黏膜层。食道肌肉层很厚,黏膜层很薄未见黏液细胞分布。胃部肌肉层和黏膜层均很厚,黏膜固有层分布胃腺,黏膜上皮为单层柱状上皮。幽门盲囊管腔很大,但肌肉层很薄。肠道肌肉层较厚,黏膜皱褶较细长,黏膜上皮细胞间可见圆形的黏液细胞。肝脏内弥散分布胰腺组织,肝小叶内可见大量糖原空泡。AB-PAS染色检测到胃部分布为红色的Ⅰ型黏液细胞;幽门盲囊黏膜上皮分布大量蓝色的黏液细胞,为Ⅱ型黏液细胞;前肠、中肠和后肠检测到大量Ⅱ型黏液细胞,并有少量Ⅰ型黏液细胞。黄唇鱼消化系统的组织结构以及黏液细胞分布特征体现了食性与结构功能相协调的特点。
【学位授予单位】：上海海洋大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2018
【分类号】：S917.4
【图文】：

上海海洋大学硕士学位论文后逐个累加至所有Unigene总长度的50%时，最后一个累加的数值大小即为N50）以及 GC 含量分别为 69，382,127bp、1,066 bp、2,032 bp 和 46.65 %。Unigene的长度分布（见图 2-1），从图中可以看出最小片段长度为 300bp，数目最多，为

图 2-2 黄唇鱼基因 NR 注释物种分布图Fig.2-2 Distribution of annotated species of B. flavolabiat2.3 Unigene 的功能分类

图 2-3 黄唇鱼 COG 功能分布统计图Fig.2-3 Functional distribution of COG annotation of B. flavolabiat注: X 轴代表相应的 Unigene 数目，Y 轴代表 COG 功能分类。Note：X axis represents the number of Unigenes. Y axis represents the COG functional category.

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本文编号：2783637