梭鱼SOCS家族基因的克隆与表达分析
发布时间：2020-12-05 06:00
细胞因子信号转导抑制因子（Suppressor of cytokine signaling,SOCS）是免疫系统的重要的负反馈调节因子,在免疫反应中起到重要的调节作用。梭鱼（Liza haematocheila）是一种鲻形目（Mugiliformes）鲻科（Mugilidae）鱼类,具有适应性强、生长发育快、营养丰富等优点,是我国主要的经济鱼类之一,但其应激性较强,在养殖、捕捞、运输、放流过程中极易擦伤、撞伤、脱鳞而导致其免疫力下降,从而引起病原菌侵染而发生疾病。但目前对梭鱼在内的鯔科鱼类的免疫系统了解甚少,对其抗病机理的研究较为缺乏。本研究运用SMART-RACE方法克隆出梭鱼的十个SOCS家族成员的全长序列,分别是SOCS1、SOCS2、SOCS3a、SOCS3b、SOCS4、SOCS5a、SOCS5b、SOCS6、SOCS7和SOCS8。他们的cDNA序列的全长分别为:1568 bp、2155 bp、1991 bp、2997 bp、2390 bp、2600 bp、2133 bp、5287 bp、3476 bp和2165 bp;开放阅读框（ORF）核苷酸序列分别为:636 bp、6...
【文章来源】：上海海洋大学上海市
【文章页数】：74 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
梭鱼SOCSΙ型成员氨基酸的多序列比对；蓝色虚框代表的是Pfam-SOCS结构域；红色实线框代表的是SH2domain；黄色实线框代表的是SOCS-boxdomain
图 3-6 梭鱼 SOCSΠ 型家族蛋白多序列比对:黄色实线框代表的是激酶抑制区；红色实线框代表的是 ESS 结构域；红色虚线线框代表的是 SH2 domain；青色实线框代表的是 SOCS-box。Figure 3-6 Multiple alignment of SOCS family typeΠsubgroups. The SH2-domain is showed by a reddashed box; The SOCS-box domain is indicated in the blue solid box.对 SOCS 家族基因序列进行分析总结如下表 3-2 梭鱼 SOCS 家族基因序列和理化特征。Table 3-1 The sequence and physiochemical features of mullet SOCSs.Feature SOCS1 SOCS2 SOCS3a SOCS3b SOCS4 SOCS5a SOCS5b SOCS6 SOCS7 SOCS8GenBankMK361108MK361109MK361110MK361111MK361112MK361113MK361117MK361114MK361115MK361116cDNAlength (bp)1568 2155 1991 299723902600 2133 5287 3476 2165ORF (bp) 636 609 618 68711881695 1638 1611 2553 6425'-UTR (bp) 309 249 201 30 234 108 219 411 189 11103'-UTR (bp) 623 1297 1172 2280 968 797 276 3265 734 413ATTTA motif 2 2 4 3 1 2 3 6 1 1PolyA tail yes yes yes yes yes yes yes yes yes yes
42图 3-7 梭鱼 SOCSs 蛋白与不同脊椎动物的系统发育树。采用 MEGA5.0 软件的邻接法分析，重复计算 10000。基因序列的登录号列在物种名称之后。Fig 3-7 Phylogenetic tree analysis of mullet SOCSs with SOCSs from different vertebrate species The treewas building using MEGA software with the Neighbor-Joining method. Bootstrap was calculated with10,000 repeats. Accession numbers for sequences were listed following the species names.
【参考文献】：
期刊论文
[1]尼罗罗非鱼无乳链球菌Sip蛋白乳酸菌活载体口服疫苗的研制及其免疫效果[J]. 蔡玉臻,刘志刚,卢迈新,可小丽,高风英,曹建萌. 水产学报. 2019(03)
[2]饲料蛋白水平对梭鱼形体指标及血液生化指标的影响[J]. 陈涛,王爱民,胡毅,倪金金,乔帼,徐跑,刘波,徐钢春,陆永生. 江苏农业科学. 2018(12)
[3]斑马鱼socs2的TALEN敲除及其敲除胚胎的生长研究[J]. 王华林,朱作言,孙永华. 水生生物学报. 2015(04)
本文编号：2899002
【文章来源】：上海海洋大学上海市
【文章页数】：74 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
梭鱼SOCSΙ型成员氨基酸的多序列比对；蓝色虚框代表的是Pfam-SOCS结构域；红色实线框代表的是SH2domain；黄色实线框代表的是SOCS-boxdomain
图 3-6 梭鱼 SOCSΠ 型家族蛋白多序列比对:黄色实线框代表的是激酶抑制区；红色实线框代表的是 ESS 结构域；红色虚线线框代表的是 SH2 domain；青色实线框代表的是 SOCS-box。Figure 3-6 Multiple alignment of SOCS family typeΠsubgroups. The SH2-domain is showed by a reddashed box; The SOCS-box domain is indicated in the blue solid box.对 SOCS 家族基因序列进行分析总结如下表 3-2 梭鱼 SOCS 家族基因序列和理化特征。Table 3-1 The sequence and physiochemical features of mullet SOCSs.Feature SOCS1 SOCS2 SOCS3a SOCS3b SOCS4 SOCS5a SOCS5b SOCS6 SOCS7 SOCS8GenBankMK361108MK361109MK361110MK361111MK361112MK361113MK361117MK361114MK361115MK361116cDNAlength (bp)1568 2155 1991 299723902600 2133 5287 3476 2165ORF (bp) 636 609 618 68711881695 1638 1611 2553 6425'-UTR (bp) 309 249 201 30 234 108 219 411 189 11103'-UTR (bp) 623 1297 1172 2280 968 797 276 3265 734 413ATTTA motif 2 2 4 3 1 2 3 6 1 1PolyA tail yes yes yes yes yes yes yes yes yes yes
42图 3-7 梭鱼 SOCSs 蛋白与不同脊椎动物的系统发育树。采用 MEGA5.0 软件的邻接法分析，重复计算 10000。基因序列的登录号列在物种名称之后。Fig 3-7 Phylogenetic tree analysis of mullet SOCSs with SOCSs from different vertebrate species The treewas building using MEGA software with the Neighbor-Joining method. Bootstrap was calculated with10,000 repeats. Accession numbers for sequences were listed following the species names.
【参考文献】：
期刊论文
[1]尼罗罗非鱼无乳链球菌Sip蛋白乳酸菌活载体口服疫苗的研制及其免疫效果[J]. 蔡玉臻,刘志刚,卢迈新,可小丽,高风英,曹建萌. 水产学报. 2019(03)
[2]饲料蛋白水平对梭鱼形体指标及血液生化指标的影响[J]. 陈涛,王爱民,胡毅,倪金金,乔帼,徐跑,刘波,徐钢春,陆永生. 江苏农业科学. 2018(12)
[3]斑马鱼socs2的TALEN敲除及其敲除胚胎的生长研究[J]. 王华林,朱作言,孙永华. 水生生物学报. 2015(04)
本文编号：2899002
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