草鱼MHC Ⅰ区基因生物信息学及表达分析
发布时间：2020-12-06 10:17
草鱼（Ctenopharyngodon idella）是我国的“四大家鱼”之一,也是重要的经济淡水养殖鱼类。但在养殖过程中由于各种病害的影响使其成活率极低,给养殖人员带来的严重的经济损失。其中,由嗜水气单胞菌（Aeromonas hydrophila）侵袭而引发的细菌性败血症是在草鱼养殖过程中严重危害其机体健康的疾病之一。主要组织相容性复合体（MHC）存在于所有的脊椎动物中,是机体免疫反应中参与抗原呈递的重要组成部分,其中包含许多不同的基因。本文中通过本地Blast来获取草鱼MHC Ⅰ区的基因组信息,并将其与人类MHC以及其他鱼类的MHC Ⅰ区在基因组层面上进行比对分析,了解MHC在不同物种中的共同点有助于进化分析,采用RT-PCR技术检测MHC Ⅰ区基因在健康草鱼各组织的表达情况,并通过实时荧光定量PCR检测草鱼在嗜水气单胞菌感染后4、12、24、48及96 h,MHC Ⅰ区免疫相关基因在脾脏和肾脏中的表达情况,以为草鱼的抗病育种提供理论基础和科学数据,本文主要研究结果如下:1.草鱼MHC Ⅰ区基因组成经分析得到草鱼MHC Ⅰ区共有21个基因,全长为350 Kb,其中包含3个MHC ...
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：77 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
MHCI抗原呈递基本通路（Neefjesetal2011）
的 B/B 基因型在 1 型糖尿病（Type 1 diabetes mellitu，T1DM）的患者组的占比为 14.7%，而在健康组的占比为 24.2%，因此 PSMB9 基因与 T1DM 显著相关。在对头颈扁平细胞癌的研究中发现，PSMB8 基因在 60%的肿瘤细胞中存在缺失或者表达量下调的情况，而 PSMB9 基因在 88%的肿瘤细胞中缺失或者表达量下调，从而使得抗原肽和 MHC I 类分子结合形成的复合体的表达量减少，导致 T细胞对肿瘤细胞的溶解作用降低，最终让肿瘤细胞得以存活损害机体（Meissneret al 2005）。目前对 20 S 蛋白酶体亚基家族β环其他基因也有一些研究，其中包括 PSMB1、PSMB4、PSMB5、PSMB6、PSMB7 以及 PSMB10，而且并不是所有的 PSMB 基因都与免疫反应相关。贺泽斌等（2015）通过沉默 PSMB5 基因从而降低蛋白酶体的活性，导致细胞周期蛋白（Cyclin）及其激酶的表达量下降，最终抑制了神经干细胞的增殖。目前在鱼类的 MHC I 区中发现了 PSMB8、PSMB9、PSMB10 以及 PSMB9-L 基因，其中关于 PSMB10 和 PSMB9-L 基因的功能研究则较少。
图 3 人类 MHC I 类分子三维结构（Bjorkman et al 1987）Fig.3 The 3D structure of human MHC I molecular3 研究的目的与意义地球上各类生物在会面对各种生存条件的变化，特别是生活在水体的鱼类所面临的环境变化因素则更多。MHC 作为目前基因组上多态性最高的区域，在多变的内外环境中给机体提供了更多的适应性，其生物学功能与生物在生长过程中遇到的各种问题都有着密切的联系。免疫应答是机体进行疾病防御的重要机制，T 细胞是免疫反应中的关键部位，而 MHC 分子又是激活 T 细胞进行细胞免疫的过程中发挥重要作用。目前关于 MHC 的研究是免疫学中最热门的方向之一，因此，对鱼类 MHC 基因以及 MHC 区的研究显得尤为重要。研究草鱼 MHC I 区基因，分析草鱼 MHC I 区基因的序列、结构以及基因组结构组成，有利于了解草鱼 MHC I 基因及 MHC I 区其他基因基本的功能特征；
【参考文献】：
期刊论文
[1]尼罗罗非鱼MHC Ⅰα全长cDNA的克隆、多态性及组织表达特征[J]. 黎建平,高风英,卢迈新,曹建萌,朱华平,可小丽,刘志刚. 中国水产科学. 2014(06)
[2]长白山野猪和东北民猪RXRB基因mRNA组织表达特性分析[J]. 黄锐,秦宁,张英英,范贤聪,刘强,魏曼莉,吕智超,景洋,牟芳,徐日福. 黑龙江畜牧兽医. 2014(21)
[3]赤点石斑鱼MHC IA基因的克隆与表达多态性分析[J]. 沈铭辉,郑乐云,杜佳莹,王军. 厦门大学学报(自然科学版). 2013(01)
[4]红笛鲷主要组织相容性复合物Ⅰα抗原基因的克隆与表达分析[J]. 张新中,鲁义善,吴灶和,简纪常. 水产学报. 2012(10)
[5]军曹鱼MHC-Ⅰα基因全长cDNA的克隆及其组织表达分析[J]. 张鹤,茅莉娜,冯娟,管越强,许海东,苏友禄. 南方水产科学. 2011(01)
[6]团头鲂主要组织相容性复合体Ⅰ类基因全长cDNA的克隆及组织表达分析[J]. 马晓茜,刘至治,李思发,唐文乔,杨金权. 上海海洋大学学报. 2011(01)
博士论文
[1]MHC I类分子递呈修饰后抗原的结构与免疫学研究[D]. 孙明伟.中国科学技术大学 2014
[2]重要海水养殖鱼类MHCⅡ基因克隆、表达及多态性分析[D]. 张玉喜.中国海洋大学 2006
硕士论文
[1]PSMB5对神经干细胞增殖能力的影响[D]. 贺泽斌.山西医科大学 2015
[2]草鱼β2m基因的分子克隆与MHC class Ⅰ多态性分析及其重组蛋白的鉴定[D]. 杨天耀.中国农业大学 2005
本文编号：2901211
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：77 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
MHCI抗原呈递基本通路（Neefjesetal2011）
的 B/B 基因型在 1 型糖尿病（Type 1 diabetes mellitu，T1DM）的患者组的占比为 14.7%，而在健康组的占比为 24.2%，因此 PSMB9 基因与 T1DM 显著相关。在对头颈扁平细胞癌的研究中发现，PSMB8 基因在 60%的肿瘤细胞中存在缺失或者表达量下调的情况，而 PSMB9 基因在 88%的肿瘤细胞中缺失或者表达量下调，从而使得抗原肽和 MHC I 类分子结合形成的复合体的表达量减少，导致 T细胞对肿瘤细胞的溶解作用降低，最终让肿瘤细胞得以存活损害机体（Meissneret al 2005）。目前对 20 S 蛋白酶体亚基家族β环其他基因也有一些研究，其中包括 PSMB1、PSMB4、PSMB5、PSMB6、PSMB7 以及 PSMB10，而且并不是所有的 PSMB 基因都与免疫反应相关。贺泽斌等（2015）通过沉默 PSMB5 基因从而降低蛋白酶体的活性，导致细胞周期蛋白（Cyclin）及其激酶的表达量下降，最终抑制了神经干细胞的增殖。目前在鱼类的 MHC I 区中发现了 PSMB8、PSMB9、PSMB10 以及 PSMB9-L 基因，其中关于 PSMB10 和 PSMB9-L 基因的功能研究则较少。
图 3 人类 MHC I 类分子三维结构（Bjorkman et al 1987）Fig.3 The 3D structure of human MHC I molecular3 研究的目的与意义地球上各类生物在会面对各种生存条件的变化，特别是生活在水体的鱼类所面临的环境变化因素则更多。MHC 作为目前基因组上多态性最高的区域，在多变的内外环境中给机体提供了更多的适应性，其生物学功能与生物在生长过程中遇到的各种问题都有着密切的联系。免疫应答是机体进行疾病防御的重要机制，T 细胞是免疫反应中的关键部位，而 MHC 分子又是激活 T 细胞进行细胞免疫的过程中发挥重要作用。目前关于 MHC 的研究是免疫学中最热门的方向之一，因此，对鱼类 MHC 基因以及 MHC 区的研究显得尤为重要。研究草鱼 MHC I 区基因，分析草鱼 MHC I 区基因的序列、结构以及基因组结构组成，有利于了解草鱼 MHC I 基因及 MHC I 区其他基因基本的功能特征；
【参考文献】：
期刊论文
[1]尼罗罗非鱼MHC Ⅰα全长cDNA的克隆、多态性及组织表达特征[J]. 黎建平,高风英,卢迈新,曹建萌,朱华平,可小丽,刘志刚. 中国水产科学. 2014(06)
[2]长白山野猪和东北民猪RXRB基因mRNA组织表达特性分析[J]. 黄锐,秦宁,张英英,范贤聪,刘强,魏曼莉,吕智超,景洋,牟芳,徐日福. 黑龙江畜牧兽医. 2014(21)
[3]赤点石斑鱼MHC IA基因的克隆与表达多态性分析[J]. 沈铭辉,郑乐云,杜佳莹,王军. 厦门大学学报(自然科学版). 2013(01)
[4]红笛鲷主要组织相容性复合物Ⅰα抗原基因的克隆与表达分析[J]. 张新中,鲁义善,吴灶和,简纪常. 水产学报. 2012(10)
[5]军曹鱼MHC-Ⅰα基因全长cDNA的克隆及其组织表达分析[J]. 张鹤,茅莉娜,冯娟,管越强,许海东,苏友禄. 南方水产科学. 2011(01)
[6]团头鲂主要组织相容性复合体Ⅰ类基因全长cDNA的克隆及组织表达分析[J]. 马晓茜,刘至治,李思发,唐文乔,杨金权. 上海海洋大学学报. 2011(01)
博士论文
[1]MHC I类分子递呈修饰后抗原的结构与免疫学研究[D]. 孙明伟.中国科学技术大学 2014
[2]重要海水养殖鱼类MHCⅡ基因克隆、表达及多态性分析[D]. 张玉喜.中国海洋大学 2006
硕士论文
[1]PSMB5对神经干细胞增殖能力的影响[D]. 贺泽斌.山西医科大学 2015
[2]草鱼β2m基因的分子克隆与MHC class Ⅰ多态性分析及其重组蛋白的鉴定[D]. 杨天耀.中国农业大学 2005
本文编号：2901211
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