异源四倍体鲫鲤中基因组以及转录水平的重组现象的发现
发布时间：2020-12-20 12:20
异源四倍体鲫鲤（4n AT）是世界上首例培育成功的两性可育的四倍体动物群体,是通过红鲫（Carassius auratus red var.,2n=100,RCC,♀）和湘江野鲤（Cyprinus carpio L,2n=100,CC,♂）的人工远缘杂交获得,具有雌雄两性可育和遗传性状稳定的特点,代代相传,已经具备了形成一个染色体数目为200的新型的鱼种的前提条件。研究异源四倍体鲫鲤在基因组和转录水平的重组现象对研究远缘杂交过程中的进化具有重要作用。本论文在验证转录组数据的基础上,通过对4个基因不同个体的全长测序初步分析了异源四倍体鲫鲤的重组现象,另外通过与其他物种构建发育进化树进行了比较研究。1.验证转录组数据库在转录组数据库中随机挑选出7个拼接后显示有重组现象的基因,进行大量的测序,共测了至少473条DNA序列、867条cDNA序列。结果显示有4个基因不管是基因组还是转录水平都真的具有重组现象,这四个基因即slc10a3、slc25a20、Tab1、Mrpl1。还有3个基因虽然目前没有验证到重组现象,但也有可能是测序太少的原因。总之,这一结果在很大程度上证明了转录组数据库的真实性和...
【文章来源】：湖南师范大学湖南省 211工程院校
【文章页数】：96 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
异源四倍体鲫鲤形成过程示意图
PCR 的错配，以及提高检测到重组现象的概率，异源四倍体鲫鲤材料的菌一种随机送 20 管进行测序，亲本鲤鱼和红鲫材料的菌液每一种随机送 12 管测序。一般 3 到 5 个工作日可获得序列信息，有些 DNA 长片段需要拼接。通过 NCBI 上 BLAST 搜索或者将测得序列与转录本已知序列进行比较确定列是否为目的序列。.2.12 序列比较分析获得序列后，为了保证序列的高质量和纯净度，我们要用对测得的所DNA 和 DNA 原始序列进行整理并去除序列中的载体序列。此方法有二:①rimer Premier 5.0 软 件 ； ② 用 NCBI 中 ecScreen(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/VecScreen/VecScreen.html），如图 2-1。
异源四倍体鲫鲤中基因组以及转录水平的重组现象的发现 去除载体序列后用 BLAST 在线分析软件（如图 2-2）与 NCBI Genbank 中的序列进行比对，可初步确定这些序列是否为目的序列。用 BioEdit 7.0.0 软件可计算异源四倍体鲫鲤F22代及其亲本鲤鱼和红鲫的基因序列同源性。用ClustalX 2.软件分别对异源四倍体鲫鲤 F22 代及其亲本鲤鱼和红鲫中的对应基因进行序列比对。用 DNAMAN 软件可推导最有可能的氨基酸序列，比对异源四倍体鲫鲤与亲本鲤鱼和红鲫之间的系统发育关系。用 MEGA 5.0 程序可建立进化树，其原理是基于氨基酸相对突变率矩阵计算不同序列差异性积分作为它们的差异性量度（序列进化树）。
【参考文献】：
期刊论文
[1]动物远缘杂交研究进展[J]. 张卓慧,陈婕,黎玲,陶敏,张纯,覃钦博,肖军,刘筠,刘少军. 中国科学:生命科学. 2014(02)
[2]多倍体生物研究进展[J]. 宋灿,刘少军,肖军,何伟国,周毅,覃钦博,张纯,刘筠. 中国科学:生命科学. 2012(03)
[3]分子标记技术在禾本科作物基因定位上的研究进展[J]. 陈秋玲,高建明,罗峰,魏进招,裴忠有,孙守钧. 中国农学通报. 2010(09)
[4]远缘杂交导致不同倍性鱼的形成[J]. 刘少军. 中国科学:生命科学. 2010(02)
[5]基于EST序列的鲤鱼生长相关SNP发掘[J]. 张晓峰,杨晶,孙效文. 水产学杂志. 2009(04)
[6]The formation of improved tetraploid population of red crucian carp×common carp hybrids by androgenesis[J]. DUAN Wei, QIN QinBo, CHEN Song, LIU ShaoJun, WANG Jing, ZHANG Chun, SUN YuanDong & LIU Yun Key Laboratory of Protein Chemistry and Developmental Biology of State Education Ministry of China, College of Life Sciences, Hunan Normal University, Changsha 410081, China. Science in China(Series C:Life Sciences). 2007(06)
[7]雌核发育二倍体鲫鲤杂交克隆品系建立[J]. 刘少军,段巍,陶敏,张纯,孙远东,申佳珉,王静,罗凯坤,刘筠. 中国科学(C辑:生命科学). 2007(01)
[8]水稻单核苷酸多态性及其应用[J]. 刘传光,张桂权. 遗传. 2006(06)
[9]我国鱼类多倍体育种的研究进展[J]. 吴萍. 上海水产大学学报. 2005(01)
[10]二倍体雌核发育鱼产生二倍体卵子的证据[J]. 张纯,孙远东,刘少军,刘筠. 遗传学报. 2005(02)
博士论文
[1]多倍体鲫鲤Piwi和piRNA的表达与育性的相关性研究[D]. 周毅.湖南师范大学 2012
[2]不同倍性鱼线粒体全基因组及肝脏转录组中线粒体相关基因分析[D]. 尤翠平.湖南师范大学 2012
[3]不同倍性鲫鲤蛋白质代谢相关基因的克隆与表达研究[D]. 刘臻.湖南师范大学 2012
[4]GH/IGF轴相关基因在不同倍性鲫鲤中的表达及与生长的相关性研究[D]. 钟欢.湖南师范大学 2012
本文编号：2927855
【文章来源】：湖南师范大学湖南省 211工程院校
【文章页数】：96 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
异源四倍体鲫鲤形成过程示意图
PCR 的错配，以及提高检测到重组现象的概率，异源四倍体鲫鲤材料的菌一种随机送 20 管进行测序，亲本鲤鱼和红鲫材料的菌液每一种随机送 12 管测序。一般 3 到 5 个工作日可获得序列信息，有些 DNA 长片段需要拼接。通过 NCBI 上 BLAST 搜索或者将测得序列与转录本已知序列进行比较确定列是否为目的序列。.2.12 序列比较分析获得序列后，为了保证序列的高质量和纯净度，我们要用对测得的所DNA 和 DNA 原始序列进行整理并去除序列中的载体序列。此方法有二:①rimer Premier 5.0 软 件 ； ② 用 NCBI 中 ecScreen(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/VecScreen/VecScreen.html），如图 2-1。
异源四倍体鲫鲤中基因组以及转录水平的重组现象的发现 去除载体序列后用 BLAST 在线分析软件（如图 2-2）与 NCBI Genbank 中的序列进行比对，可初步确定这些序列是否为目的序列。用 BioEdit 7.0.0 软件可计算异源四倍体鲫鲤F22代及其亲本鲤鱼和红鲫的基因序列同源性。用ClustalX 2.软件分别对异源四倍体鲫鲤 F22 代及其亲本鲤鱼和红鲫中的对应基因进行序列比对。用 DNAMAN 软件可推导最有可能的氨基酸序列，比对异源四倍体鲫鲤与亲本鲤鱼和红鲫之间的系统发育关系。用 MEGA 5.0 程序可建立进化树，其原理是基于氨基酸相对突变率矩阵计算不同序列差异性积分作为它们的差异性量度（序列进化树）。
【参考文献】：
期刊论文
[1]动物远缘杂交研究进展[J]. 张卓慧,陈婕,黎玲,陶敏,张纯,覃钦博,肖军,刘筠,刘少军. 中国科学:生命科学. 2014(02)
[2]多倍体生物研究进展[J]. 宋灿,刘少军,肖军,何伟国,周毅,覃钦博,张纯,刘筠. 中国科学:生命科学. 2012(03)
[3]分子标记技术在禾本科作物基因定位上的研究进展[J]. 陈秋玲,高建明,罗峰,魏进招,裴忠有,孙守钧. 中国农学通报. 2010(09)
[4]远缘杂交导致不同倍性鱼的形成[J]. 刘少军. 中国科学:生命科学. 2010(02)
[5]基于EST序列的鲤鱼生长相关SNP发掘[J]. 张晓峰,杨晶,孙效文. 水产学杂志. 2009(04)
[6]The formation of improved tetraploid population of red crucian carp×common carp hybrids by androgenesis[J]. DUAN Wei, QIN QinBo, CHEN Song, LIU ShaoJun, WANG Jing, ZHANG Chun, SUN YuanDong & LIU Yun Key Laboratory of Protein Chemistry and Developmental Biology of State Education Ministry of China, College of Life Sciences, Hunan Normal University, Changsha 410081, China. Science in China(Series C:Life Sciences). 2007(06)
[7]雌核发育二倍体鲫鲤杂交克隆品系建立[J]. 刘少军,段巍,陶敏,张纯,孙远东,申佳珉,王静,罗凯坤,刘筠. 中国科学(C辑:生命科学). 2007(01)
[8]水稻单核苷酸多态性及其应用[J]. 刘传光,张桂权. 遗传. 2006(06)
[9]我国鱼类多倍体育种的研究进展[J]. 吴萍. 上海水产大学学报. 2005(01)
[10]二倍体雌核发育鱼产生二倍体卵子的证据[J]. 张纯,孙远东,刘少军,刘筠. 遗传学报. 2005(02)
博士论文
[1]多倍体鲫鲤Piwi和piRNA的表达与育性的相关性研究[D]. 周毅.湖南师范大学 2012
[2]不同倍性鱼线粒体全基因组及肝脏转录组中线粒体相关基因分析[D]. 尤翠平.湖南师范大学 2012
[3]不同倍性鲫鲤蛋白质代谢相关基因的克隆与表达研究[D]. 刘臻.湖南师范大学 2012
[4]GH/IGF轴相关基因在不同倍性鲫鲤中的表达及与生长的相关性研究[D]. 钟欢.湖南师范大学 2012
本文编号：2927855
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