华南部分渔业动物DNA条形码信息与系统进化分析
发布时间：2020-12-26 15:07
华南水域众多,渔业生物种质资源丰富,是我国重要的种质资源库。由于形态学鉴定的缺陷,加之传统分类学家日趋减少,渔业生物的鉴定与分类发展遇到瓶颈,亟待一种快速、廉价和规范的物种鉴定方法来解决。以线粒体DNA为载体的物种鉴定技术,即DNA条形码技术,可以弥补传统形态学鉴定缺陷,即使物种失去形态学特征,也能通过DNA条形码技术予以快速且准确鉴定。本论文利用DNA条形码技术,对部分华南渔业动物进行了鉴定分类研究。采集了华南水域渔业动物81个物种,共1653个样本,研究获得DNA条形码数（COI基因）837个,整理形成华南渔业动物DNA条形码信息库。测定了线纹尖塘鳢线粒体DNA全序列。通过与已有云斑尖塘鳢的线粒体DNA全序列比对,针对两者在线粒体COI基因的差异位点,设计并获得种特异性引物,建立了这两个物种简便的鉴别方法,解决了云斑尖塘鳢与线纹尖塘鳢在幼苗阶段不易鉴别的难题。基于DNA条形码的目标基因（COI基因）,对采集到的鲤科、塘鳢科、鲇形目、十足目和龟鳖目的物种进行遗传距离与系统进化分析,研究结果充实了传统分类学的成果,也为其中存在的物种归属问题提供了一些佐证数据。研究内容如下:1.线纹尖塘...
【文章来源】：南京农业大学江苏省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：63 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
基于鱼类物种线粒体全基因组构建的系统进化树(ML)
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图３－２?上排是引物ＸＷ１扩增结果：１－１０：云斑尖塘鳢，１１－２０：线纹尖塘鳢??下排是引物ＣＯＩ１和ＣＯＩ２的扩增结果：１－１０：云斑尖塘鳢，１１－２０：线纹尖塘鳢；参照标记：ＤＬ５０００??
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于微卫星标记的养殖施氏鲟亲鱼群体遗传多样性[J]. 孔杰,石婧,向燕,关梅. 贵州农业科学. 2015(12)
[2]利用微卫星标记分析3个暗纹东方鲀(Takifugu obscurus)养殖群体的遗传多样性[J]. 邹杰,马爱军,赵艳飞,何伟国,王婷,岳亮,刘大勇,郭正龙. 渔业科学进展. 2015(02)
[3]DNA条形码技术在鱼肉及其制品鉴别中的应用[J]. 李新光,王璐,赵峰,马丽萍,孙永,周德庆. 食品科学. 2013(18)
[4]DNA条形码技术在水生生物分类中的研究进展[J]. 薛银刚,许霞,蔡焕兴,徐东炯,陈桥. 环境监控与预警. 2012(06)
[5]基于线粒体COI序列分析对紫贻贝群体遗传多样性的研究分析[J]. 沈玉帮,张俊彬,冯冰冰,李家乐. 海洋通报. 2011(04)
[6]海参DNA条形码的构建及应用[J]. 律迎春,左涛,唐庆娟,段高飞,王春霞,李晋,徐洁,薛长湖. 中国水产科学. 2011(04)
[7]中国近海13种对虾分子系统演化和近似种问题的研究[J]. 麦维军,张吕平,沈琪,胡超群. 安徽农业科学. 2011(18)
[8]澳洲宝石鲈线粒体DNA COI基因的克隆与序列分析[J]. 张龙岗,郭金峰,孟庆磊,安丽,董学飒,付佩胜. 生物技术通报. 2011(04)
[9]鱼类线粒体DNA及其研究进展[J]. 陈四海,区又君,李加儿. 生物技术通报. 2011(03)
[10]基于线粒体COⅠ基因DNA条形码的中国鲚属物种有效性分析[J]. 周晓犊,杨金权,唐文乔,刘东. 动物分类学报. 2010(04)
硕士论文
[1]河川沙塘鳢家系的建立及5个主要家系的遗传分析[D]. 丁严冬.南京师范大学 2015
[2]河川沙塘鳢群体遗传多样性及其系统进化研究[D]. 侯新远.南京师范大学 2014
[3]长江流域不同泥鳅群体遗传多样性的PCR-RFLP分析[D]. 郑鹏飞.华中农业大学 2010
本文编号：2939935
【文章来源】：南京农业大学江苏省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：63 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
基于鱼类物种线粒体全基因组构建的系统进化树(ML)
ｓｉｚｅ?（ｂｐ）?（°Ｃ）??ＸＷ１Ｆ?ＧＣＡＧＧＡＡＡＴＣＴＧＧＣＴＣＡＣ?１７０?６０??ＸＷ１Ｒ?ＡＡＧＡＣＧＧＣＴＣＡＴＡＣＧＡＡＡ??ＣＯＩ１Ｆ?ＴＣＡ?ＡＣＣ?ＡＡＣ?ＣＡＣ?ＡＡＡ?ＧＡＣ?ＡＴＴ?ＧＧＣ?ＡＣ?７１７?５５??ＣＯＩ１Ｒ?ＴＡＧ?ＡＣＴ?ＴＣＴ?ＧＧＧ?ＴＧＧ?ＣＣＡ?ＡＡＧ?ＡＡＴ?ＣＡ??ＣＯＩ２Ｆ?ＴＣＧ?ＡＣＴ?ＡＡＴ?ＣＡＴ?ＡＡＡ?ＧＡＴ?ＡＴＣ?ＧＧＣ?ＡＣ??ＣＯＩ２Ｒ?ＡＣＴ?ＴＣＡ?ＧＧＧ?ＴＧＡ?ＣＣＧ?ＡＡＧ?ＡＡＴ?ＣＡＧ?ＡＡ??扩增产物切胶回收后，测序结果大小为１７０ｂｐ，通过将测得序列线纹尖塘鳢的ＣＯＩ??序列进行ＮＣＢＩ?ｂｌａｓｔ?（ｈｔｔｐ：／／ｂｌａｓｔ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／）比对，测得序列与ＣＯＩ的片段相??似度为１００％，从而排除ＸＷ１引物以核基因ＤＮＡ为模板的可能性，确认是以ＣＯＩ模??板进行的ＰＣＲ扩增反应。??＾
图３－２?上排是引物ＸＷ１扩增结果：１－１０：云斑尖塘鳢，１１－２０：线纹尖塘鳢??下排是引物ＣＯＩ１和ＣＯＩ２的扩增结果：１－１０：云斑尖塘鳢，１１－２０：线纹尖塘鳢；参照标记：ＤＬ５０００??
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于微卫星标记的养殖施氏鲟亲鱼群体遗传多样性[J]. 孔杰,石婧,向燕,关梅. 贵州农业科学. 2015(12)
[2]利用微卫星标记分析3个暗纹东方鲀(Takifugu obscurus)养殖群体的遗传多样性[J]. 邹杰,马爱军,赵艳飞,何伟国,王婷,岳亮,刘大勇,郭正龙. 渔业科学进展. 2015(02)
[3]DNA条形码技术在鱼肉及其制品鉴别中的应用[J]. 李新光,王璐,赵峰,马丽萍,孙永,周德庆. 食品科学. 2013(18)
[4]DNA条形码技术在水生生物分类中的研究进展[J]. 薛银刚,许霞,蔡焕兴,徐东炯,陈桥. 环境监控与预警. 2012(06)
[5]基于线粒体COI序列分析对紫贻贝群体遗传多样性的研究分析[J]. 沈玉帮,张俊彬,冯冰冰,李家乐. 海洋通报. 2011(04)
[6]海参DNA条形码的构建及应用[J]. 律迎春,左涛,唐庆娟,段高飞,王春霞,李晋,徐洁,薛长湖. 中国水产科学. 2011(04)
[7]中国近海13种对虾分子系统演化和近似种问题的研究[J]. 麦维军,张吕平,沈琪,胡超群. 安徽农业科学. 2011(18)
[8]澳洲宝石鲈线粒体DNA COI基因的克隆与序列分析[J]. 张龙岗,郭金峰,孟庆磊,安丽,董学飒,付佩胜. 生物技术通报. 2011(04)
[9]鱼类线粒体DNA及其研究进展[J]. 陈四海,区又君,李加儿. 生物技术通报. 2011(03)
[10]基于线粒体COⅠ基因DNA条形码的中国鲚属物种有效性分析[J]. 周晓犊,杨金权,唐文乔,刘东. 动物分类学报. 2010(04)
硕士论文
[1]河川沙塘鳢家系的建立及5个主要家系的遗传分析[D]. 丁严冬.南京师范大学 2015
[2]河川沙塘鳢群体遗传多样性及其系统进化研究[D]. 侯新远.南京师范大学 2014
[3]长江流域不同泥鳅群体遗传多样性的PCR-RFLP分析[D]. 郑鹏飞.华中农业大学 2010
本文编号：2939935
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