不同地理种群黄河裸裂尻鱼遗传多样性研究
发布时间：2021-01-10 06:54
黄河裸裂尻鱼（Schizopygopsis pylzovi）属于鲤形目（Cypriniformes）裂腹鱼属,主要分布在青藏高原和黄河上游的干支流水域,是当地重要的经济鱼类之一。本研究以我国西部黄河流域不同水域的黄河裸裂尻鱼（Schizopygopsis pylzovi）种群为研究对象,应用线粒体DNA控制区序列与细胞色素b基因（Cyt b）序列,分析不同生境或水系黄河裸裂尻鱼种群的遗传多样性组成,初步探讨了不同水域黄河裸裂尻鱼种群间的遗传组成和结构。论文主要研究结果如下:采用细胞色素b基因序列对不同水域黄河裸裂尻鱼种群进行序列分析,研究不同水域黄河裸裂尻鱼的遗传组成和变异。合并NCBI下载的15尾黄河裸裂尻鱼Cyt b序列进行分析,比对后获得Cyt b序列长为1137bp。结果表明,所有序列中,共检测到335个碱基替换位点,替换比例为29.5%;简约信息位点数为304,占变异位点总数的85.6%;所有序列中,A、T、G和C的含量分别为25.5%、30.9%、17.0%、26.6%。在不同水域黄河裸裂尻鱼种群个体中,共检测到55种单倍型。除2种单倍型在超过2个种群间共享,5种单倍型在2...
【文章来源】：武汉轻工大学湖北省
【文章页数】：66 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
黄河裸裂尻鱼基因组DNA琼脂糖凝胶检测结果
果样品 DNA 的提取及线粒体 DNA Cyt b 序列的扩增标准酚/氯仿法提取黄河裸裂尻鱼的基因组 DNA 并进行凝胶电泳检测。河裸裂尻鱼种群部分 DNA 的琼脂糖电泳图。图中所提取样品的 DNA 条这表明所提取的 DNA 质量较好。图 3.2 是对 TaqDNA 聚合酶浓度和退度优化后获得最佳反应条件后进行 DNA 样品的 PCR 扩增产物电泳图，0bp 左右。图 3.1 黄河裸裂尻鱼基因组 DNA 琼脂糖凝胶检测结果
Li's D*检验值和 Fu and Li's F*检验值统计学结果差异极显著（P<0.01）。表 3.4 不同黄河裸裂尻鱼种群 Cytb 序列单倍型分布的中性检验中性检验 DTH GEM GTH DL LQ MDTajima’s D -2.269** -0.808 -2.011* 4.035** -0.552 3.094**Fu and Li's D* -3.396** -0.622 -2.617** 1.969** 1.469* 1.241Fu and Li's F* -3.564** -0.736 -2.803** 3.155** 0.920 2.257**注：*表示差异显著(P< 0.05)，**表示差异极显著(P < 0.01)3.2.5 单倍型碱基错位分布分析 Mismatch distribution基于单倍型数据，采用 DnaSP 软件以恒定群体大小为期望模型（Constantpopulation size），生成 DTH 种群和 GTH 种群的单倍型碱基错位分布图（图 3.3 和图3.4），结果表明，单倍型碱基错位分布呈现单峰，说明偏离原种群恒定假设模型；同时采用 Arlequin 生成 DTH 种群和 GTH 种群单倍型碱基错位分布图（图 3.5 和 3.6），结果表明，参数 SSD 和参数 R 统计学检验均不显著，即不能拒绝群体扩张假说。
【参考文献】：
期刊论文
[1]Docker技术在生物信息学中的应用[J]. 佟凡,王小磊,李江域,屈武斌,赵东升. 军事医学. 2016(07)
[2]基于线粒体D-loop基因的珠江翘嘴鲌遗传多样性与遗传分化研究[J]. 杨子拓,孙际佳,李桂峰,肖诗斌,张鹤千,杨慧荣,赵会宏,刘丽. 中山大学学报(自然科学版). 2016(02)
[3]长江流域■种群遗传多样性和遗传结构分析[J]. 范启,何舜平. 水生生物学报. 2014(04)
[4]多核平台PAML并行算法研究[J]. 杨菊,吴卓锋,王刚,刘晓光. 计算机工程与科学. 2013(09)
[5]甘肃省几种裂腹鱼类系统发育关系探讨[J]. 张艳萍,杜岩岩,娄忠玉,王太. 西北师范大学学报(自然科学版). 2013(05)
[6]赤眼鳟线粒体D-loop和Cyt b基因序列的对比分析[J]. 杨慧荣,赵会宏,蒙子宁,刘丽,林权卓. 中山大学学报(自然科学版). 2012(05)
[7]黄河裸裂尻鱼五种群mtDNA控制区的遗传结构[J]. 祁得林,晁燕,郭松长,赵新全. 动物学报. 2008(06)
[8]黄河裸裂尻鱼乳酸脱氢酶同工酶研究[J]. 唐文家,祁得林,杨成,申志新. 水产科学. 2008(01)
[9]鱼类同工酶研究进展、趋势[J]. 吴艳丽,邵德田. 黑龙江水产. 2007(06)
[10]黄河裸裂尻鱼群体遗传结构和Cyt b序列变异[J]. 赵凯,杨公社,李俊兵,何舜平. 水生生物学报. 2006(02)
博士论文
[1]CUDA计算技术在生物序列数据处理中的应用研究[D]. 孙伟东.东北大学 2011
本文编号：2968269
【文章来源】：武汉轻工大学湖北省
【文章页数】：66 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
黄河裸裂尻鱼基因组DNA琼脂糖凝胶检测结果
果样品 DNA 的提取及线粒体 DNA Cyt b 序列的扩增标准酚/氯仿法提取黄河裸裂尻鱼的基因组 DNA 并进行凝胶电泳检测。河裸裂尻鱼种群部分 DNA 的琼脂糖电泳图。图中所提取样品的 DNA 条这表明所提取的 DNA 质量较好。图 3.2 是对 TaqDNA 聚合酶浓度和退度优化后获得最佳反应条件后进行 DNA 样品的 PCR 扩增产物电泳图，0bp 左右。图 3.1 黄河裸裂尻鱼基因组 DNA 琼脂糖凝胶检测结果
Li's D*检验值和 Fu and Li's F*检验值统计学结果差异极显著（P<0.01）。表 3.4 不同黄河裸裂尻鱼种群 Cytb 序列单倍型分布的中性检验中性检验 DTH GEM GTH DL LQ MDTajima’s D -2.269** -0.808 -2.011* 4.035** -0.552 3.094**Fu and Li's D* -3.396** -0.622 -2.617** 1.969** 1.469* 1.241Fu and Li's F* -3.564** -0.736 -2.803** 3.155** 0.920 2.257**注：*表示差异显著(P< 0.05)，**表示差异极显著(P < 0.01)3.2.5 单倍型碱基错位分布分析 Mismatch distribution基于单倍型数据，采用 DnaSP 软件以恒定群体大小为期望模型（Constantpopulation size），生成 DTH 种群和 GTH 种群的单倍型碱基错位分布图（图 3.3 和图3.4），结果表明，单倍型碱基错位分布呈现单峰，说明偏离原种群恒定假设模型；同时采用 Arlequin 生成 DTH 种群和 GTH 种群单倍型碱基错位分布图（图 3.5 和 3.6），结果表明，参数 SSD 和参数 R 统计学检验均不显著，即不能拒绝群体扩张假说。
【参考文献】：
期刊论文
[1]Docker技术在生物信息学中的应用[J]. 佟凡,王小磊,李江域,屈武斌,赵东升. 军事医学. 2016(07)
[2]基于线粒体D-loop基因的珠江翘嘴鲌遗传多样性与遗传分化研究[J]. 杨子拓,孙际佳,李桂峰,肖诗斌,张鹤千,杨慧荣,赵会宏,刘丽. 中山大学学报(自然科学版). 2016(02)
[3]长江流域■种群遗传多样性和遗传结构分析[J]. 范启,何舜平. 水生生物学报. 2014(04)
[4]多核平台PAML并行算法研究[J]. 杨菊,吴卓锋,王刚,刘晓光. 计算机工程与科学. 2013(09)
[5]甘肃省几种裂腹鱼类系统发育关系探讨[J]. 张艳萍,杜岩岩,娄忠玉,王太. 西北师范大学学报(自然科学版). 2013(05)
[6]赤眼鳟线粒体D-loop和Cyt b基因序列的对比分析[J]. 杨慧荣,赵会宏,蒙子宁,刘丽,林权卓. 中山大学学报(自然科学版). 2012(05)
[7]黄河裸裂尻鱼五种群mtDNA控制区的遗传结构[J]. 祁得林,晁燕,郭松长,赵新全. 动物学报. 2008(06)
[8]黄河裸裂尻鱼乳酸脱氢酶同工酶研究[J]. 唐文家,祁得林,杨成,申志新. 水产科学. 2008(01)
[9]鱼类同工酶研究进展、趋势[J]. 吴艳丽,邵德田. 黑龙江水产. 2007(06)
[10]黄河裸裂尻鱼群体遗传结构和Cyt b序列变异[J]. 赵凯,杨公社,李俊兵,何舜平. 水生生物学报. 2006(02)
博士论文
[1]CUDA计算技术在生物序列数据处理中的应用研究[D]. 孙伟东.东北大学 2011
本文编号：2968269
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/scyylw/2968269.html
