吉富罗非鱼养殖池塘微生物群落研究
发布时间:2021-01-15 16:44
水产养殖池塘是一种受到高强度人为干预的生态系统,其中的微生物对过多营养物质的输入具有直接的响应,同时这些微生物是代谢这些过多营养物质的最重要的生物类群。因此,研究水产养殖池塘中微生物群落状况对于了解养殖过程对池塘生态功能和池塘的环境承载力的变化具有重要的意义。既2007年以后,罗非鱼成为继鲢、鳙、草、鲤、鲫之后我国第六大淡水养殖品种,其中池塘集约化养殖产量一度占到总产量的约50%,因而,池塘集约化养殖罗非鱼在我国淡水养殖中占有重要位置。有鉴于此,本试验采用高通量测序技术对罗非鱼养殖池塘中细菌群落、古菌群落和真菌群落结构状况进行了研究,采用荧光定量PCR技术对不同密度罗非鱼养殖池塘中氨氧化细菌、古菌的动态变化进行了研究,采用分离、培养的方法对罗非鱼养殖池塘中分离到的3株异养硝化细菌的无机氮利用特性进行了研究,以期为有关研究提供基础数据。1吉富罗非鱼养殖高峰期池塘细菌群落的空间分布状况研究对吉富罗非鱼(Oreochromis niloticus)养殖高峰期池塘细菌群落的空间分布状况进行了研究,结果表明,放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、蓝细...
【文章来源】:南京农业大学江苏省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】:164 页
【学位级别】:博士
【部分图文】:
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杂交形成"桥"式结构,通过桥式扩增进行文库模板的富集,最终形成"DNA簇"。??其次,测序时的不同之处在于前者的信号产生方式是酶联级联反应,后者则是分别被??4种不同巧光素标记的dNTP。图1-2为叫umina?Solexa测序平台的测序原理图。??另夕h和454测序平台相比,Illumina?Solexa测序平台操作更为简单、成本更低、??测序速度更快、测序通量也更高(焦晶凯和莫稽红,2014)。但是读长也低。??‘。。心g’?\||?I??:??I?口钞一亦??I?.???/?—????I?I?>??J??Ubrary?Preparation?dH?Growth?Jjj?Sequencing??lm:ige?Acquisition?r?is&?Calling??图1-2?Illumina?Solexa平台的测序原理??Fig.?1-2?The?seque打cing?workflow?of?the?Illumina?Solexa?system??(httt)://www.biomart.cn/specials/illumina/article^7617)??I.4.5.3高通量测序技术的优势??作为一种测序技术本身,高通量测序技术采用了大规模平行测序的技术,使得多??11??
通过对高通量测序结果的进一步分析,得到72747条原始序列,优化后80.09%的序??列被认定为有效序列,这些序列可W归结为18个口,30个纲和30个属。稀释性曲线分??析(图2-1)表明,水样(W11/W12/W21/W22/W31/W32/W41/W42)和肠道样品(C1??和C巧更趋向于进入平台期(saturationplateau),表明表层沉积物样品(CJ1和CJ2)中??拥有更为丰富的微生物资源信息。??〇??皂]???CJ1??li-?? ̄I?I?1?!?I?I ̄??0?1000?2000?3000?4000?5000?6000??Number?of?Reads?Sampled??label:?0.97??图2-1相似度97%时的稀释性曲线图??Fig.?2-1?民arefactio打?curves?of?OTUs?clustered?at?97〇/〇?sequence?identity??22??
【参考文献】:
期刊论文
[1]罗非鱼养殖池塘底泥微生物群落代谢功能的动态变化[J]. 杨莺莺,袁翠霖,李卓佳,杨铿,林小涛. 广东农业科学. 2014(19)
[2]池塘残饵对底泥氮、磷释放影响的模拟研究[J]. 吕元蛟,李瑞娇,张念,赵峰,谢从新,张敏. 环境科学. 2014(06)
[3]水产诊所 春季常见水产寄生虫与真菌混合感染的防治[J]. 谭爱萍,罗理,姜兰. 海洋与渔业. 2014(05)
[4]Illumina MiSeq平台高覆盖率测定干酪中的细菌微生物多样性[J]. 焦晶凯,莫蓓红. 中国酿造. 2014(05)
[5]一种新型的复合生态浮床及其对浮游植物群落结构的影响[J]. 李艳枫,刘凌,陈宁,夏倩,邢西刚,燕文明,张喜,王浠浠. 水资源保护. 2014(02)
[6]精养团头鲂池塘沉积物微生物群落的结构特征及组成多样性分析[J]. 李晓,李冰,董玉峰,朱健. 水产学报. 2014(02)
[7]罗非鱼主养池塘水体微生物群落对碳源代谢的动态变化[J]. 曹煜成,李卓佳,文国樑,袁翠霖,杨莺莺,胡晓娟,林小涛. 农业环境科学学报. 2014(01)
[8]淡水养殖池塘微生态环境调控研究综述[J]. 范立民,徐跑,吴伟,瞿建宏,裘丽萍,陈家长. 生态学杂志. 2013(11)
[9]滇池水葫芦规模化控养生态环境效应分析[J]. 张霞,蔡宗寿,陈丽红,陈颖. 环境工程. 2013(S1)
[10]环境微生物的宏基因组学研究新进展[J]. 孙欣,高莹,杨云锋. 生物多样性. 2013(04)
硕士论文
[1]典型淡水养殖池塘厌氧氨氧化细菌的菌群结构、多样性和定量研究[D]. 王谨.中国海洋大学 2013
[2]生态浮床对藻类群落结构及N、P的影响[D]. 张伟.南京农业大学 2012
[3]草鱼混养系统菌群结构与功能多样性的研究[D]. 郑瑶瑶.中国海洋大学 2012
[4]乌伊岭湿地水生真菌多样性的研究[D]. 吴雪梅.东北林业大学 2010
本文编号:2979163
【文章来源】:南京农业大学江苏省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】:164 页
【学位级别】:博士
【部分图文】:
图1-1?454平台的测序原理??Fig.?1-1?The?sequencing?workflow?of?化e?454?sys化m??(htt:p://454.com/products/technology.asp)??"
杂交形成"桥"式结构,通过桥式扩增进行文库模板的富集,最终形成"DNA簇"。??其次,测序时的不同之处在于前者的信号产生方式是酶联级联反应,后者则是分别被??4种不同巧光素标记的dNTP。图1-2为叫umina?Solexa测序平台的测序原理图。??另夕h和454测序平台相比,Illumina?Solexa测序平台操作更为简单、成本更低、??测序速度更快、测序通量也更高(焦晶凯和莫稽红,2014)。但是读长也低。??‘。。心g’?\||?I??:??I?口钞一亦??I?.???/?—????I?I?>??J??Ubrary?Preparation?dH?Growth?Jjj?Sequencing??lm:ige?Acquisition?r?is&?Calling??图1-2?Illumina?Solexa平台的测序原理??Fig.?1-2?The?seque打cing?workflow?of?the?Illumina?Solexa?system??(httt)://www.biomart.cn/specials/illumina/article^7617)??I.4.5.3高通量测序技术的优势??作为一种测序技术本身,高通量测序技术采用了大规模平行测序的技术,使得多??11??
通过对高通量测序结果的进一步分析,得到72747条原始序列,优化后80.09%的序??列被认定为有效序列,这些序列可W归结为18个口,30个纲和30个属。稀释性曲线分??析(图2-1)表明,水样(W11/W12/W21/W22/W31/W32/W41/W42)和肠道样品(C1??和C巧更趋向于进入平台期(saturationplateau),表明表层沉积物样品(CJ1和CJ2)中??拥有更为丰富的微生物资源信息。??〇??皂]???CJ1??li-?? ̄I?I?1?!?I?I ̄??0?1000?2000?3000?4000?5000?6000??Number?of?Reads?Sampled??label:?0.97??图2-1相似度97%时的稀释性曲线图??Fig.?2-1?民arefactio打?curves?of?OTUs?clustered?at?97〇/〇?sequence?identity??22??
【参考文献】:
期刊论文
[1]罗非鱼养殖池塘底泥微生物群落代谢功能的动态变化[J]. 杨莺莺,袁翠霖,李卓佳,杨铿,林小涛. 广东农业科学. 2014(19)
[2]池塘残饵对底泥氮、磷释放影响的模拟研究[J]. 吕元蛟,李瑞娇,张念,赵峰,谢从新,张敏. 环境科学. 2014(06)
[3]水产诊所 春季常见水产寄生虫与真菌混合感染的防治[J]. 谭爱萍,罗理,姜兰. 海洋与渔业. 2014(05)
[4]Illumina MiSeq平台高覆盖率测定干酪中的细菌微生物多样性[J]. 焦晶凯,莫蓓红. 中国酿造. 2014(05)
[5]一种新型的复合生态浮床及其对浮游植物群落结构的影响[J]. 李艳枫,刘凌,陈宁,夏倩,邢西刚,燕文明,张喜,王浠浠. 水资源保护. 2014(02)
[6]精养团头鲂池塘沉积物微生物群落的结构特征及组成多样性分析[J]. 李晓,李冰,董玉峰,朱健. 水产学报. 2014(02)
[7]罗非鱼主养池塘水体微生物群落对碳源代谢的动态变化[J]. 曹煜成,李卓佳,文国樑,袁翠霖,杨莺莺,胡晓娟,林小涛. 农业环境科学学报. 2014(01)
[8]淡水养殖池塘微生态环境调控研究综述[J]. 范立民,徐跑,吴伟,瞿建宏,裘丽萍,陈家长. 生态学杂志. 2013(11)
[9]滇池水葫芦规模化控养生态环境效应分析[J]. 张霞,蔡宗寿,陈丽红,陈颖. 环境工程. 2013(S1)
[10]环境微生物的宏基因组学研究新进展[J]. 孙欣,高莹,杨云锋. 生物多样性. 2013(04)
硕士论文
[1]典型淡水养殖池塘厌氧氨氧化细菌的菌群结构、多样性和定量研究[D]. 王谨.中国海洋大学 2013
[2]生态浮床对藻类群落结构及N、P的影响[D]. 张伟.南京农业大学 2012
[3]草鱼混养系统菌群结构与功能多样性的研究[D]. 郑瑶瑶.中国海洋大学 2012
[4]乌伊岭湿地水生真菌多样性的研究[D]. 吴雪梅.东北林业大学 2010
本文编号:2979163
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