鮸鱼补体基因家族成员分子结构及表达分析
发布时间：2021-02-19 17:34
鱼类作为出现最早的较为低等的脊椎动物,已经进化出了与高等脊椎动物相似的适应性免疫反应。虽然适应性免疫反应在鱼类中应答效率较低,但是他们似乎能够充分利用发达的先天免疫系统来弥补它们在抗体反应中的不足。补体系统作为先天性免疫的一种,在鱼类抵抗外来微生物入侵中发挥着极为重要的作用。本研究中我们利用本地blast选用近缘物种的基因作为目标序列去搜索鮸鱼转录组和基因组数据库从而得到9种鮸鱼补体基因,包括补体基因Bf/C2、C4、C5、C6、C7-1、C7-2、C8α、C8β和C8γ的序列全长,然后对基因在正常情况和感染后的表达进行了研究,最后结合其他物种的这九种基因进行基因结构和线性分析。对补体Bf/C2进行的生物信息学研究表明,鮸鱼补体Bf/C2序列全长为2,301bp,编码766个氨基酸,包含19个外显子和18个内含子,与其他鱼类具有相似的基因结构。基因线性分析表明,鱼类补体Bf/C2具有相对较高的保守性。荧光定量PCR实验结果显示,补体Bf/C2虽然在鮸鱼未感染组织中均有表达,但是不同的组织表达具有差异性。而在感染鳗弧菌的组织中,补体Bf/C2在肝脏和肾脏中的表达是上调的,在脾脏中的表达是...
【文章来源】：浙江海洋大学浙江省
【文章页数】：65 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
鮸鱼补体Bf/C2的核苷酸序列(A)和预测的蛋白结构域(B)
第二章 鮸鱼补体 Bf/C2 的分子结构及表达2.2.2 补体 Bf/C2 基因系统树的构建所有补体 Bf/C2 基因序列比对之后用 jModeltest 计算最优核苷酸替代模型为GTR+I+G 模型，用 MrBayes v3.2 软件构建系统树。构建的系统树如图 2-3，除了极个别的分化枝节点具有不高的后验概率(pp 值)外，其余的节点的 pp 值都是 1，表明所构建的系统树可信度较高。整个树形分为三部分，处于树形最外端的被定义为外群，而在处于里面的部分主要分为两大类群：鱼类和哺乳类，分别代表水生和陆生生物。其中鮸鱼跟两个鲀类聚祖先聚在一块后再与三刺鱼聚在一起，证明鮸鱼与两个鲀类具有较近的亲缘关系。
16图 2-4 几种鱼类补体 Bf/C2 的基因线性比较，相同的基因用相同颜色代表，箭头代表了他们的转录方向。Fig 2.4 Genomic synteny of Bf/C2 among several fish. The same color represented the same genes andthe arrows indicated the transcriptional direction.2.2.3 基因线性分析利用鱼类基因组数据对鮸鱼与其他鱼类补体 Bf/C2 进行了共线性分析，见图 2-4。鮸鱼补体 Bf/C2 基因位于 scaffold111 上，它周围的基因包括 fam115，pnkp、mfrp、nudt8、cbln20、tagln 和 pcsk7，其中 pnkp 基因没有在红鳍东方鲀和绿河鲀中发现，而且 trim29这个基因在其他鱼类中都存在，唯独没有在鮸鱼中发现。三刺鱼和罗非鱼补体 Bf/C2分别位于染色体 1 和 scaffoldGL831207 上，周围除了具有与鮸鱼相同的基因外，比鮸鱼多了一个 trim29，这个基因在其他鱼类中也存在。青鳉的 Bf/C2 位于染色体 13 上，除了具有与鮸鱼相同的基因外，青鳉中存在两个 cbln20 基因，其他鱼类只存在一个cbln20 基因。红鳍东方鲀补体 Bf/C2 位于 scaffold363 上，与其他鱼类相比除了缺少
【参考文献】：
期刊论文
[1]鱼类补体系统成分及补体特异性和功能的研究进展[J]. 王志平,张士璀,王光锋. 水生生物学报. 2008(05)
博士论文
[1]草鱼4个补体基因克隆表达和连锁及与细菌性败血症的关联分析[D]. 沈玉帮.上海海洋大学 2013
[2]文昌鱼体液和鱼类血清补体溶血系统比较研究[D]. 王长法.中国海洋大学 2003
硕士论文
[1]牙鲆免疫系统的结构及其部分免疫细胞的功能研究[D]. 王卫卫.中国海洋大学 2009
本文编号：3041455
【文章来源】：浙江海洋大学浙江省
【文章页数】：65 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
鮸鱼补体Bf/C2的核苷酸序列(A)和预测的蛋白结构域(B)
第二章 鮸鱼补体 Bf/C2 的分子结构及表达2.2.2 补体 Bf/C2 基因系统树的构建所有补体 Bf/C2 基因序列比对之后用 jModeltest 计算最优核苷酸替代模型为GTR+I+G 模型，用 MrBayes v3.2 软件构建系统树。构建的系统树如图 2-3，除了极个别的分化枝节点具有不高的后验概率(pp 值)外，其余的节点的 pp 值都是 1，表明所构建的系统树可信度较高。整个树形分为三部分，处于树形最外端的被定义为外群，而在处于里面的部分主要分为两大类群：鱼类和哺乳类，分别代表水生和陆生生物。其中鮸鱼跟两个鲀类聚祖先聚在一块后再与三刺鱼聚在一起，证明鮸鱼与两个鲀类具有较近的亲缘关系。
16图 2-4 几种鱼类补体 Bf/C2 的基因线性比较，相同的基因用相同颜色代表，箭头代表了他们的转录方向。Fig 2.4 Genomic synteny of Bf/C2 among several fish. The same color represented the same genes andthe arrows indicated the transcriptional direction.2.2.3 基因线性分析利用鱼类基因组数据对鮸鱼与其他鱼类补体 Bf/C2 进行了共线性分析，见图 2-4。鮸鱼补体 Bf/C2 基因位于 scaffold111 上，它周围的基因包括 fam115，pnkp、mfrp、nudt8、cbln20、tagln 和 pcsk7，其中 pnkp 基因没有在红鳍东方鲀和绿河鲀中发现，而且 trim29这个基因在其他鱼类中都存在，唯独没有在鮸鱼中发现。三刺鱼和罗非鱼补体 Bf/C2分别位于染色体 1 和 scaffoldGL831207 上，周围除了具有与鮸鱼相同的基因外，比鮸鱼多了一个 trim29，这个基因在其他鱼类中也存在。青鳉的 Bf/C2 位于染色体 13 上，除了具有与鮸鱼相同的基因外，青鳉中存在两个 cbln20 基因，其他鱼类只存在一个cbln20 基因。红鳍东方鲀补体 Bf/C2 位于 scaffold363 上，与其他鱼类相比除了缺少
【参考文献】：
期刊论文
[1]鱼类补体系统成分及补体特异性和功能的研究进展[J]. 王志平,张士璀,王光锋. 水生生物学报. 2008(05)
博士论文
[1]草鱼4个补体基因克隆表达和连锁及与细菌性败血症的关联分析[D]. 沈玉帮.上海海洋大学 2013
[2]文昌鱼体液和鱼类血清补体溶血系统比较研究[D]. 王长法.中国海洋大学 2003
硕士论文
[1]牙鲆免疫系统的结构及其部分免疫细胞的功能研究[D]. 王卫卫.中国海洋大学 2009
本文编号：3041455
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