马氏珠母贝SNP标记开发与其生长性状的关联分析
发布时间：2021-02-25 09:00
马氏珠母贝是用来培育和生产海水珍珠的主要贝类,是我国海洋经济的重要组成部分。本研究利用马氏珠母贝参考基因组中与生物矿化相关的基因,开发SNP标记,分析马氏珠母贝生长性状以及珍珠质层厚度与矿化基因位点的基因型的相关性,意在探索基因型对表型性状的影响,为马氏珠母贝的分子标记辅助育种以及重要生长性状的QTL定位提供一定的依据。本研究得到以下结果：1.利用马氏珠母贝参考基因组,找出了5可能的SNP位点,在SNP位点上下游设计引物,用10个个体测序检测SNP位点的真实性和多态性。经后续实验从中筛选出3个SNP位点。Prismalin-1、N19和MSI60三个引物适合采用Tm-shift法,每个位点的两个特异性引物一个为添加长尾的正向引物,一个为添加短尾的正向引物。2.8个家系的基因分型结果表明MSI60基因的SNP位点多态性较低,在CB、CH和CJ三个家系中无多态性；3.采用Pearson对样品进行关联分析,N19基因的SNP位点与样品的壳高之间存在显著相关性（P=0.046）；Prismalin-14基因的SNP位点与家系CN中5个性状均具显著相关性（P<0.05）；N19基因的SNP...
【文章来源】：海南大学海南省 211工程院校
【文章页数】：52 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
目录
第一章 研究综述
1. 马氏珠母贝遗传育种的现状
2. DNA分子标记技术的种类和特征
2.1 以分子杂交技术为基础的分子标记技术
2.1.1 限制性片段长度多态性（RFLP）
2.1.2 可变数目串联重复多态性（VNTR）
2.2 基于PCR技术的分子标记技术
2.2.1 随机引物的PCR标记技术
2.2.1.1 随机扩增多态性DNA（RAPD）
2.2.1.2 靶位区域扩增多态性（TRAP）
2.2.2 特异引物的PCR标记
2.2.2.1 简单重复序列（SSR）
2.2.2.2 单引物扩增反应（SPAR）
2.3 基于DNA测序分析的分子标记技术
2.3.1 表达序列标签（EST）标记技术
3. SNP标记的开发及研究进展
3.1 SNP的发现
3.2 SNP基因分型的传统研究方法
3.2.1 单碱基测序（引物延伸分型技术,PET）
3.2.2 异源双链分析
3.2.3 连接介导PCR
3.2.4. 高分辨率溶解曲线（HRM）
4. 本实验研究的目的及意义
第二章 马氏珠母贝矿化基因SNP标记的开发
1 实验材料
1.1 样品来源
1.2 试剂和配置方法
1.3 实验仪器
2. 实验方法
2.1 DNA的提取和检测
2.2 SNP的查找和引物设计
2.3 引物的筛选
3 实验结果
3.1 DNA检测
3.2 引物的筛选
4 讨论
4.1 DNA提取
4.2 荧光染料以及Tm-shift荧光染料法
4.3 SNP引物的设计
第三章 马氏珠母贝矿化基因SNP与生长性状的关联分析
1 实验材料
1.1 样品来源
1.2 试剂和配制方法
1.3 实验仪器
2 实验方法
2.1 DNA提取和检测
2.2 生长性状的测量
2.3 贝壳珍珠质层的厚度测量
2.4 PCR扩增
2.5 基因分型与生长相关性状关联分析
3 结果与分析
3.1 基因组DNA的电泳图
3.2 壳长、壳高、绞合线长、壳宽和总重的测量结果
3.3 珍珠质层厚度测量结果
3.4 矿化基因SNP位点分型信息
3.5 SNP位点分型与生长性状的关联分析
4. 讨论
第四章 总结与展望
参考文献
附录
在校期间科研成果
项目资助
致谢
【参考文献】：
期刊论文
[1]Tm-shift基因分型方法在遗传学中的应用[J]. 袁芳,徐进,季林丹,费丽娟,刘盼盼,张莉娜. 遗传. 2012(11)
[2]DNA分子标记及其在水产动物研究中的应用[J]. 姚一彬,刘巧林,周伟,刘敏,黎玉元. 湖南饲料. 2011(06)
[3]A Cost-effective High-resolution Melting Approach using the EvaGreen Dye for DNA Polymorphism Detection and Genotyping in Plants[J]. Yi-Dan Li1, Zhi-Zhan Chu3, Xiang-Guo Liu1, Hai-Chun Jing2, Yao-Guang Liu3 and Dong-Yun Hao1 1Biotechnology Research Centre, Jilin Academy of Agricultural Sciences, Changchun 130033, China 2Institute of Botany, the Chinese Academy of Sciences, Beijing 100093, China 3College of Life Sciences, South China Agricultural University, Guangzhou 510642, China. Journal of Integrative Plant Biology. 2010(12)
[4]马氏珠母贝（Pinctada martensii）2个地理群体杂交子代的杂种优势和遗传变异[J]. 王爱民,王嫣,顾志峰,黎明,石耀华,李思发. 海洋与湖沼. 2010(01)
[5]镜鲤体重相关分子标记与优良子代的筛选和培育[J]. 孙效文,鲁翠云,曹顶臣,梁利群. 水产学报. 2009(02)
[6]马氏珠母贝两个不同地理种群的形态性状和贝壳珍珠质颜色比较分析[J]. 顾志峰,王嫣,石耀华,方建光,王清印,毛玉泽,王爱民. 渔业科学进展. 2009(01)
[7]微卫星分子标记辅助镜鲤家系构建[J]. 鲁翠云,曹顶臣,孙效文,梁利群. 中国水产科学. 2008(06)
[8]用鲤鱼EST-SSRs分子标记分析长江黑龙江鲤种群结构[J]. 鲁翠云,全迎春,李大宇,孙效文,梁利群. 农业生物技术学报. 2007(06)
[9]微卫星DNA标记分析德国镜鲤的遗传潜力[J]. 侯宁,张研,鲁翠云,李勇,李大宇,季旭,丁雷,孙效文. 遗传. 2007(12)
[10]微卫星DNA标记分析野生鲤鱼群体的遗传多样性（英文）[J]. 李大宇,康大海,殷倩茜,孙效文,梁利群. 遗传学报. 2007(11)
博士论文
[1]马氏珠母贝生长相关杂种优势和EST序列分析[D]. 王爱民.上海海洋大学 2011
[2]海湾扇贝微卫星标记的开发及遗传连锁图谱的构建[D]. 李宏俊.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2009
[3]合浦珠母贝贝壳形成相关蛋白及基因的研究[D]. 张岑.清华大学 2006
硕士论文
[1]马氏珠母贝EST-SSR和SNP标记开发及其与生长及珍珠层性状的关联分析[D]. 邱樱.海南大学 2013
[2]马氏珠母贝生长与生物矿化相关基因的SNP标记开发[D]. 张楠.海南大学 2012
本文编号：3050740
【文章来源】：海南大学海南省 211工程院校
【文章页数】：52 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
目录
第一章 研究综述
1. 马氏珠母贝遗传育种的现状
2. DNA分子标记技术的种类和特征
2.1 以分子杂交技术为基础的分子标记技术
2.1.1 限制性片段长度多态性（RFLP）
2.1.2 可变数目串联重复多态性（VNTR）
2.2 基于PCR技术的分子标记技术
2.2.1 随机引物的PCR标记技术
2.2.1.1 随机扩增多态性DNA（RAPD）
2.2.1.2 靶位区域扩增多态性（TRAP）
2.2.2 特异引物的PCR标记
2.2.2.1 简单重复序列（SSR）
2.2.2.2 单引物扩增反应（SPAR）
2.3 基于DNA测序分析的分子标记技术
2.3.1 表达序列标签（EST）标记技术
3. SNP标记的开发及研究进展
3.1 SNP的发现
3.2 SNP基因分型的传统研究方法
3.2.1 单碱基测序（引物延伸分型技术,PET）
3.2.2 异源双链分析
3.2.3 连接介导PCR
3.2.4. 高分辨率溶解曲线（HRM）
4. 本实验研究的目的及意义
第二章 马氏珠母贝矿化基因SNP标记的开发
1 实验材料
1.1 样品来源
1.2 试剂和配置方法
1.3 实验仪器
2. 实验方法
2.1 DNA的提取和检测
2.2 SNP的查找和引物设计
2.3 引物的筛选
3 实验结果
3.1 DNA检测
3.2 引物的筛选
4 讨论
4.1 DNA提取
4.2 荧光染料以及Tm-shift荧光染料法
4.3 SNP引物的设计
第三章 马氏珠母贝矿化基因SNP与生长性状的关联分析
1 实验材料
1.1 样品来源
1.2 试剂和配制方法
1.3 实验仪器
2 实验方法
2.1 DNA提取和检测
2.2 生长性状的测量
2.3 贝壳珍珠质层的厚度测量
2.4 PCR扩增
2.5 基因分型与生长相关性状关联分析
3 结果与分析
3.1 基因组DNA的电泳图
3.2 壳长、壳高、绞合线长、壳宽和总重的测量结果
3.3 珍珠质层厚度测量结果
3.4 矿化基因SNP位点分型信息
3.5 SNP位点分型与生长性状的关联分析
4. 讨论
第四章 总结与展望
参考文献
附录
在校期间科研成果
项目资助
致谢
【参考文献】：
期刊论文
[1]Tm-shift基因分型方法在遗传学中的应用[J]. 袁芳,徐进,季林丹,费丽娟,刘盼盼,张莉娜. 遗传. 2012(11)
[2]DNA分子标记及其在水产动物研究中的应用[J]. 姚一彬,刘巧林,周伟,刘敏,黎玉元. 湖南饲料. 2011(06)
[3]A Cost-effective High-resolution Melting Approach using the EvaGreen Dye for DNA Polymorphism Detection and Genotyping in Plants[J]. Yi-Dan Li1, Zhi-Zhan Chu3, Xiang-Guo Liu1, Hai-Chun Jing2, Yao-Guang Liu3 and Dong-Yun Hao1 1Biotechnology Research Centre, Jilin Academy of Agricultural Sciences, Changchun 130033, China 2Institute of Botany, the Chinese Academy of Sciences, Beijing 100093, China 3College of Life Sciences, South China Agricultural University, Guangzhou 510642, China. Journal of Integrative Plant Biology. 2010(12)
[4]马氏珠母贝（Pinctada martensii）2个地理群体杂交子代的杂种优势和遗传变异[J]. 王爱民,王嫣,顾志峰,黎明,石耀华,李思发. 海洋与湖沼. 2010(01)
[5]镜鲤体重相关分子标记与优良子代的筛选和培育[J]. 孙效文,鲁翠云,曹顶臣,梁利群. 水产学报. 2009(02)
[6]马氏珠母贝两个不同地理种群的形态性状和贝壳珍珠质颜色比较分析[J]. 顾志峰,王嫣,石耀华,方建光,王清印,毛玉泽,王爱民. 渔业科学进展. 2009(01)
[7]微卫星分子标记辅助镜鲤家系构建[J]. 鲁翠云,曹顶臣,孙效文,梁利群. 中国水产科学. 2008(06)
[8]用鲤鱼EST-SSRs分子标记分析长江黑龙江鲤种群结构[J]. 鲁翠云,全迎春,李大宇,孙效文,梁利群. 农业生物技术学报. 2007(06)
[9]微卫星DNA标记分析德国镜鲤的遗传潜力[J]. 侯宁,张研,鲁翠云,李勇,李大宇,季旭,丁雷,孙效文. 遗传. 2007(12)
[10]微卫星DNA标记分析野生鲤鱼群体的遗传多样性（英文）[J]. 李大宇,康大海,殷倩茜,孙效文,梁利群. 遗传学报. 2007(11)
博士论文
[1]马氏珠母贝生长相关杂种优势和EST序列分析[D]. 王爱民.上海海洋大学 2011
[2]海湾扇贝微卫星标记的开发及遗传连锁图谱的构建[D]. 李宏俊.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2009
[3]合浦珠母贝贝壳形成相关蛋白及基因的研究[D]. 张岑.清华大学 2006
硕士论文
[1]马氏珠母贝EST-SSR和SNP标记开发及其与生长及珍珠层性状的关联分析[D]. 邱樱.海南大学 2013
[2]马氏珠母贝生长与生物矿化相关基因的SNP标记开发[D]. 张楠.海南大学 2012
本文编号：3050740
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/scyylw/3050740.html
